More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_2357 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  100 
 
 
151 aa  308  2e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  76.03 
 
 
162 aa  239  1e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  73.15 
 
 
150 aa  234  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  73.61 
 
 
153 aa  234  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  71.81 
 
 
155 aa  233  8e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  72.48 
 
 
153 aa  233  8e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  72.3 
 
 
161 aa  232  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  70.86 
 
 
154 aa  231  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  72.79 
 
 
154 aa  231  4.0000000000000004e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  73.61 
 
 
151 aa  229  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  73.61 
 
 
151 aa  228  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  73.1 
 
 
154 aa  228  3e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  71.43 
 
 
154 aa  226  6e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  73.29 
 
 
153 aa  226  6e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  71.43 
 
 
154 aa  226  6e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  71.92 
 
 
151 aa  226  9e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  71.33 
 
 
154 aa  226  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  67.95 
 
 
155 aa  217  5e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0154  ribonuclease H  68.21 
 
 
151 aa  216  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0867  ribonuclease H  67.55 
 
 
175 aa  214  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2527  ribonuclease H  67.55 
 
 
151 aa  214  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.832874  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1258  ribonuclease H  73.94 
 
 
153 aa  211  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  66.67 
 
 
154 aa  210  3.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  66.67 
 
 
154 aa  210  3.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  66.67 
 
 
154 aa  210  3.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  67.57 
 
 
166 aa  210  4.9999999999999996e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  67.15 
 
 
154 aa  210  4.9999999999999996e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  67.36 
 
 
155 aa  209  7.999999999999999e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  66.9 
 
 
155 aa  209  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  66.9 
 
 
155 aa  209  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  66.9 
 
 
155 aa  209  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  66.9 
 
 
155 aa  209  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  66.9 
 
 
155 aa  209  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  68.12 
 
 
154 aa  208  2e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  64.71 
 
 
157 aa  208  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  65.97 
 
 
154 aa  209  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  67.13 
 
 
155 aa  207  4e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  66.43 
 
 
150 aa  207  4e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  67.13 
 
 
155 aa  207  6e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  67.13 
 
 
155 aa  207  6e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  67.13 
 
 
155 aa  207  6e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  67.13 
 
 
155 aa  207  6e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  67.13 
 
 
155 aa  207  6e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  67.13 
 
 
155 aa  207  6e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  67.13 
 
 
155 aa  207  6e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  67.13 
 
 
155 aa  207  6e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  66.42 
 
 
155 aa  206  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0409  ribonuclease H  60 
 
 
155 aa  205  1e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  65.71 
 
 
148 aa  204  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  65.71 
 
 
148 aa  204  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  66.43 
 
 
148 aa  205  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  67.15 
 
 
147 aa  204  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  67.15 
 
 
147 aa  204  4e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  67.15 
 
 
147 aa  204  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  65.71 
 
 
146 aa  203  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  66.67 
 
 
160 aa  203  5e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  65 
 
 
148 aa  203  6e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2573  ribonuclease H  63.87 
 
 
157 aa  203  7e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0063199  hitchhiker  0.000000590654 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  68.89 
 
 
150 aa  203  9e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  63.64 
 
 
145 aa  202  9e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  65 
 
 
148 aa  202  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  65 
 
 
148 aa  202  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  65 
 
 
148 aa  202  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  65 
 
 
148 aa  202  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  65 
 
 
148 aa  202  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  65 
 
 
148 aa  202  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  66.42 
 
 
147 aa  201  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0182  ribonuclease H  67.79 
 
 
157 aa  201  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0614621  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  66.43 
 
 
147 aa  202  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  63.5 
 
 
156 aa  201  2e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  66.67 
 
 
154 aa  200  4e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  64.23 
 
 
154 aa  201  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  64.23 
 
 
158 aa  200  5e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  61.15 
 
 
161 aa  200  5e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  66.42 
 
 
147 aa  200  6e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  66.42 
 
 
147 aa  200  6e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  67.15 
 
 
149 aa  199  9.999999999999999e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  61.9 
 
 
152 aa  199  1.9999999999999998e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  65.25 
 
 
148 aa  197  3.9999999999999996e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  65.71 
 
 
145 aa  197  3.9999999999999996e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  66.91 
 
 
143 aa  197  5e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  68.31 
 
 
149 aa  197  5e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  63.19 
 
 
170 aa  196  7e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  64.75 
 
 
156 aa  195  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  64.49 
 
 
163 aa  195  2.0000000000000003e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  62.04 
 
 
156 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  69.17 
 
 
146 aa  194  3e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  65.44 
 
 
142 aa  194  3e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  63.57 
 
 
148 aa  194  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  61.59 
 
 
154 aa  194  4.0000000000000005e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  61.59 
 
 
154 aa  194  4.0000000000000005e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  61.15 
 
 
158 aa  194  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  59.12 
 
 
185 aa  193  5.000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  64.03 
 
 
153 aa  193  6e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  61.15 
 
 
158 aa  193  6e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  62.86 
 
 
151 aa  193  8.000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  60.43 
 
 
158 aa  193  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  62.86 
 
 
148 aa  192  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  63.04 
 
 
147 aa  192  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  58.99 
 
 
158 aa  191  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>