More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_1829 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 282 aa  564  1e-160  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  54.29 
 
 		 284 aa  304  1.0000000000000001e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  54.64 
 
 		 289 aa  303  2.0000000000000002e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  53.71 
 
 		 292 aa  302  4.0000000000000003e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  53.11 
 
 		 279 aa  290  2e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  53.87 
 
 		 284 aa  289  4e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  56.3 
 
 		 285 aa  288  7e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  52.75 
 
 		 286 aa  286  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  53.26 
 
 		 285 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  55.88 
 
 		 280 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  54.91 
 
 		 283 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  53.99 
 
 		 285 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  55.76 
 
 		 279 aa  282  4.0000000000000003e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  55.51 
 
 		 278 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  52.94 
 
 		 280 aa  274  9e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  51.85 
 
 		 286 aa  272  4.0000000000000004e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  56.13 
 
 		 277 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  52.03 
 
 		 280 aa  263  2e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  46.93 
 
 		 291 aa  262  4.999999999999999e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  51.94 
 
 		 288 aa  251  1e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  53.05 
 
 		 278 aa  251  1e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  51.6 
 
 		 278 aa  248  6e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 279 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 279 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  48.31 
 
 		 279 aa  245  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  46.82 
 
 		 278 aa  241  9e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  48.13 
 
 		 278 aa  241  1e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  46.24 
 
 		 276 aa  238  5.999999999999999e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  52.17 
 
 		 282 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  51.06 
 
 		 290 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  50.36 
 
 		 278 aa  229  5e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  50.35 
 
 		 287 aa  224  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  47.94 
 
 		 282 aa  220  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  49.46 
 
 		 292 aa  218  1e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  47.74 
 
 		 283 aa  206  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  49.63 
 
 		 276 aa  198  7e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  38.19 
 
 		 289 aa  175  8e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 		 269 aa  167  2e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  40.29 
 
 		 274 aa  162  7e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 		 277 aa  160  3e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 277 aa  159  4e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 277 aa  159  5e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  40.7 
 
 		 290 aa  159  6e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 277 aa  158  7e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  37.16 
 
 		 286 aa  159  7e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 277 aa  158  8e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 277 aa  158  1e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 277 aa  157  1e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  32.02 
 
 		 268 aa  157  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  32.02 
 
 		 268 aa  157  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  39.56 
 
 		 276 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.32 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  34.56 
 
 		 277 aa  153  4e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  41 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  39.61 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  33.21 
 
 		 280 aa  150  3e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 279 aa  146  3e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  37.8 
 
 		 271 aa  142  7e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  35.4 
 
 		 282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  36.78 
 
 		 283 aa  140  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 		 278 aa  140  3e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  31.42 
 
 		 280 aa  140  3e-32  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  36.5 
 
 		 279 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 290 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  31 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  41.06 
 
 		 271 aa  137  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 273 aa  137  2e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  35.21 
 
 		 272 aa  136  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 272 aa  136  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 272 aa  136  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 		 275 aa  136  4e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  35.21 
 
 		 272 aa  136  4e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 272 aa  136  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 272 aa  135  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3670  shikimate 5-dehydrogenase  34.31 
 
 		 273 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0245991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3963  shikimate 5-dehydrogenase  36 
 
 		 275 aa  135  8e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0106492  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3768  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 272 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0463839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  36.3 
 
 		 272 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  36.3 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3598  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 272 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00141014  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  34.31 
 
 		 273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  33.71 
 
 		 275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  36.78 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  32.45 
 
 		 273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  34.88 
 
 		 265 aa  133  3e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0006  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3597  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 		 273 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000016966  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  32.82 
 
 		 298 aa  132  5e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 272 aa  132  5e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  34.31 
 
 		 271 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  32.44 
 
 		 285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>