More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_1371 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  616  1e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  53.4 
 
 		 300 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  51.7 
 
 		 312 aa  304  1.0000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 299 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 290 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 292 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 292 aa  265  8e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  46.13 
 
 		 334 aa  248  8e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 307 aa  241  2e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  45.27 
 
 		 292 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 		 312 aa  237  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 279 aa  234  1.0000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 328 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 328 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 301 aa  213  4.9999999999999996e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 302 aa  169  7e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 291 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 		 296 aa  165  9e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 298 aa  162  9e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 294 aa  161  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  31.76 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 294 aa  159  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 299 aa  155  6e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 294 aa  155  7e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 293 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4178  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 313 aa  152  5e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 319 aa  152  5e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  33.33 
 
 		 288 aa  152  8e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3003  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 292 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3178  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 334 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.72 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  150  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 316 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  35.52 
 
 		 328 aa  150  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0840  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 288 aa  149  6e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 294 aa  149  8e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 293 aa  149  8e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 283 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3503  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.061821 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  33.81 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2289  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1055  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.234404  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2716  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0320253 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 301 aa  145  8.000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  35.61 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 349 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 349 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 315 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 315 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5859  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 315 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2973  putative transcriptional regulator  34.28 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0761  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  30.63 
 
 		 294 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2707  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.97 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0135797  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 319 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0355  transcriptional regulator  30.36 
 
 		 293 aa  139  7e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.837334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 315 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  37.05 
 
 		 294 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35250  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 298 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.587508 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.11 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>