278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0064 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 
520 aa  1056  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  59.63 
 
 
543 aa  619  1e-176  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  59.36 
 
 
545 aa  611  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  57.88 
 
 
553 aa  603  1e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  62.14 
 
 
511 aa  602  1e-171  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  61.39 
 
 
524 aa  599  1e-170  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  62.24 
 
 
512 aa  597  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  58.48 
 
 
526 aa  593  1e-168  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  57.06 
 
 
546 aa  591  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  60.47 
 
 
518 aa  591  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  56.98 
 
 
548 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  56.24 
 
 
546 aa  583  1e-165  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  57.09 
 
 
546 aa  583  1e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  58.49 
 
 
504 aa  580  1e-164  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  58.3 
 
 
516 aa  578  1e-164  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  60.39 
 
 
511 aa  573  1e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  60.39 
 
 
511 aa  572  1e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  60.79 
 
 
503 aa  566  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  55.53 
 
 
519 aa  548  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  54.75 
 
 
520 aa  544  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  55.26 
 
 
515 aa  542  1e-153  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  51.54 
 
 
513 aa  528  1e-149  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  53.51 
 
 
513 aa  531  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  52.33 
 
 
500 aa  521  1e-147  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  52.33 
 
 
500 aa  521  1e-146  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  53.79 
 
 
493 aa  515  1e-145  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  52.8 
 
 
500 aa  510  1e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  54.02 
 
 
502 aa  490  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  52.71 
 
 
484 aa  466  1e-130  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.1 
 
 
528 aa  468  1e-130  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  50.54 
 
 
482 aa  463  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  49.33 
 
 
507 aa  461  1e-128  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  50.88 
 
 
490 aa  437  1e-121  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  48.63 
 
 
498 aa  417  1e-115  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  44.91 
 
 
458 aa  394  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.3 
 
 
510 aa  384  1e-105  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.67 
 
 
466 aa  345  2e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  39.14 
 
 
477 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  39.14 
 
 
477 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  39.14 
 
 
477 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  39.14 
 
 
477 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  38.94 
 
 
477 aa  323  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.55 
 
 
477 aa  322  7e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  38.36 
 
 
477 aa  321  2e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  38.36 
 
 
477 aa  321  2e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  38.36 
 
 
477 aa  321  2e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  38.36 
 
 
477 aa  321  2e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  38.36 
 
 
477 aa  321  2e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  38.36 
 
 
477 aa  321  2e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  38.36 
 
 
477 aa  321  2e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  38.36 
 
 
477 aa  321  2e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  38.67 
 
 
482 aa  320  4e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.68 
 
 
456 aa  319  8e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  37.77 
 
 
477 aa  317  3e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  38.9 
 
 
497 aa  317  4e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  38.77 
 
 
497 aa  313  3e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  37.79 
 
 
478 aa  314  3e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  37.86 
 
 
477 aa  313  4e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  39.08 
 
 
497 aa  312  8e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  39.08 
 
 
497 aa  312  8e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  38.17 
 
 
511 aa  312  1e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  38.06 
 
 
477 aa  311  2e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  37.43 
 
 
511 aa  311  2e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  38.46 
 
 
497 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  38.58 
 
 
497 aa  311  2e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  38.16 
 
 
477 aa  310  5e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  39.65 
 
 
489 aa  309  7e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  38.16 
 
 
477 aa  308  1e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.19 
 
 
497 aa  308  1e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  38.16 
 
 
477 aa  308  1e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  38.34 
 
 
497 aa  308  1e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  38.06 
 
 
477 aa  307  3e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  37.77 
 
 
477 aa  305  9e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  36.71 
 
 
505 aa  305  1e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  36.28 
 
 
493 aa  302  8e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.36 
 
 
472 aa  301  3e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  38.54 
 
 
497 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  37.7 
 
 
499 aa  298  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  37.62 
 
 
503 aa  295  1e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  37.62 
 
 
503 aa  294  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4312  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.33 
 
 
501 aa  293  4e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.267881 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  36.74 
 
 
501 aa  293  4e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  38.21 
 
 
505 aa  293  4e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  37.48 
 
 
485 aa  292  9e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.42 
 
 
497 aa  292  1e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  37.67 
 
 
483 aa  291  2e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  9.90086e-07 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  36.99 
 
 
501 aa  291  3e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  38.67 
 
 
478 aa  291  3e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.67 
 
 
494 aa  290  4e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.63 
 
 
474 aa  290  4e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.55 
 
 
501 aa  290  4e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.55 
 
 
501 aa  290  5e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.45 
 
 
482 aa  290  5e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  37.79 
 
 
498 aa  290  6e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  37.79 
 
 
498 aa  290  6e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  38.54 
 
 
493 aa  289  8e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  37.62 
 
 
508 aa  289  9e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  37.74 
 
 
505 aa  289  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  36.66 
 
 
487 aa  288  2e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0778  sigma-54 (RpoN)  38.18 
 
 
530 aa  288  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>