More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0042 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0042  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
390 aa  779  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
378 aa  107  5e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
382 aa  105  1e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.63 
 
 
396 aa  102  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  24.31 
 
 
392 aa  102  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
377 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 
378 aa  100  5e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  4.3194e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
376 aa  97.8  3e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
396 aa  97.8  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  32.42 
 
 
379 aa  97.4  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.12 
 
 
399 aa  95.9  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 
397 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 
397 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 
397 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.9 
 
 
373 aa  94  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  29.27 
 
 
373 aa  93.6  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 
397 aa  93.2  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
397 aa  93.2  7e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  9.37878e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  24.37 
 
 
379 aa  92  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 
373 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.4 
 
 
397 aa  91.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 
373 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
395 aa  91.3  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.19381e-07 
 
 
-
 
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.41 
 
 
386 aa  90.9  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3906  Extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 
386 aa  90.9  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0937  Extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
380 aa  90.9  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  9.52162e-07  normal  0.230854 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 
386 aa  90.9  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
376 aa  89.4  9e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  5.68006e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
372 aa  89  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 
419 aa  88.2  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 
368 aa  87.4  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 
390 aa  87.4  4e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
376 aa  87  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.35 
 
 
371 aa  86.7  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  24.75 
 
 
374 aa  86.7  6e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.81 
 
 
404 aa  86.3  8e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2305  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
380 aa  85.5  1e-15  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  24.29 
 
 
404 aa  84.7  2e-15  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
383 aa  84.3  3e-15  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  24.11 
 
 
386 aa  84.7  3e-15  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
393 aa  84.3  4e-15  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.7 
 
 
374 aa  84.3  4e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.81 
 
 
395 aa  84  4e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.94 
 
 
371 aa  84  4e-15  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  24.03 
 
 
404 aa  84  4e-15  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.94 
 
 
371 aa  84  4e-15  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
375 aa  83.6  5e-15  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
402 aa  84  5e-15  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  28.64 
 
 
373 aa  83.6  6e-15  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  28.78 
 
 
373 aa  82.4  1e-14  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 
373 aa  82.8  1e-14  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.78 
 
 
388 aa  82.4  1e-14  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  8.09144e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
373 aa  81.6  2e-14  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  1.14958e-07  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  24.39 
 
 
382 aa  81.6  2e-14  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1117  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 
371 aa  82  2e-14  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  8.9327e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
373 aa  81.6  2e-14  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  7.56343e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
384 aa  81.3  3e-14  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  24.76 
 
 
394 aa  80.5  4e-14  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 
371 aa  80.9  4e-14  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  23.71 
 
 
386 aa  80.9  4e-14  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 
373 aa  80.9  4e-14  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.4 
 
 
399 aa  80.1  6e-14  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0834  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
373 aa  80.1  6e-14  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
370 aa  80.1  6e-14  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  23.75 
 
 
405 aa  80.1  7e-14  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0110  Extracellular ligand-binding receptor  25.73 
 
 
380 aa  79.7  8e-14  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  28.67 
 
 
372 aa  79.3  9e-14  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
375 aa  79.7  9e-14  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.32 
 
 
373 aa  79.7  9e-14  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 
401 aa  79.3  1e-13  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 
373 aa  79.3  1e-13  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.79 
 
 
395 aa  79  1e-13  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3863  extracellular ligand-binding receptor  29.59 
 
 
366 aa  78.2  2e-13  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0437256 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  27.34 
 
 
374 aa  79  2e-13  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  25.44 
 
 
383 aa  78.6  2e-13  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3328  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
366 aa  78.6  2e-13  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  26.48 
 
 
397 aa  78.2  2e-13  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  23.33 
 
 
383 aa  78.6  2e-13  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2331  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
377 aa  79  2e-13  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  23 
 
 
381 aa  77.8  3e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
389 aa  77.4  4e-13  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  23.95 
 
 
396 aa  77  5e-13  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  23.6 
 
 
381 aa  77  5e-13  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  23.95 
 
 
396 aa  77  6e-13  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  33.71 
 
 
391 aa  77  6e-13  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  24.88 
 
 
398 aa  76.6  7e-13  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0255  Extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
367 aa  76.3  8e-13  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3743  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  29.23 
 
 
367 aa  76.3  8e-13  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
407 aa  76.3  8e-13  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3942  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  29.23 
 
 
367 aa  76.3  8e-13  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4780  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  29.23 
 
 
367 aa  76.3  8e-13  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  28.31 
 
 
393 aa  76.3  9e-13  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
393 aa  75.9  1e-12  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  23.44 
 
 
396 aa  75.9  1e-12  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  22.33 
 
 
394 aa  75.5  1e-12  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  1.02798e-08  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3872  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
370 aa  75.9  1e-12  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
376 aa  76.3  1e-12  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  21.29 
 
 
379 aa  76.3  1e-12  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5327  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  27.27 
 
 
372 aa  75.9  1e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.25236 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 
376 aa  75.9  1e-12  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>