More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0040 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
227 aa  449  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 
249 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  48.33 
 
 
238 aa  191  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  48.33 
 
 
240 aa  192  5e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  42.5 
 
 
226 aa  174  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3450  transcriptional regulator, GntR family  43.2 
 
 
231 aa  172  4e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.101357  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3906  GntR family transcriptional regulator  44.75 
 
 
244 aa  166  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756884  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  46.48 
 
 
216 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4135  GntR family transcriptional regulator  43.84 
 
 
226 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1023  GntR family transcriptional regulator  45.58 
 
 
226 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0544  GntR family transcriptional regulator  45.58 
 
 
226 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.314121  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0982  GntR family transcriptional regulator  45.13 
 
 
226 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0526617 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0887  GntR family transcriptional regulator  43.3 
 
 
258 aa  147  1e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2372  GntR family transcriptional regulator  46.86 
 
 
226 aa  146  2e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.126259  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0899  GntR family transcriptional regulator  42.41 
 
 
226 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.742389  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  43.06 
 
 
216 aa  141  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  37.62 
 
 
223 aa  135  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
225 aa  123  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  30.24 
 
 
231 aa  120  1e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  4.81506e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  34.34 
 
 
228 aa  117  1e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
223 aa  116  2e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  33.84 
 
 
228 aa  117  2e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.73 
 
 
228 aa  115  6e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
230 aa  112  4e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
229 aa  110  1e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 
237 aa  110  2e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0046  regulatory protein GntR, HTH  33.81 
 
 
247 aa  110  2e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 
228 aa  110  2e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
228 aa  110  2e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 
228 aa  110  2e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  31.12 
 
 
223 aa  109  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 
277 aa  109  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  36 
 
 
233 aa  109  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  6.8764e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2118  GntR family transcriptional regulator  37.1 
 
 
233 aa  109  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.654279  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
228 aa  107  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  8.99292e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  29.11 
 
 
228 aa  107  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  8.55657e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  29.11 
 
 
228 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.56729e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5572  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 
244 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
228 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  1.51748e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  35.78 
 
 
239 aa  107  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.11 
 
 
228 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  4.22433e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3706  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 
223 aa  107  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
228 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  29.11 
 
 
228 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  7.49692e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  29.11 
 
 
228 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
228 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.22448e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
228 aa  106  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
222 aa  106  3e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  5.25729e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  28 
 
 
215 aa  106  3e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  35.26 
 
 
230 aa  105  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
233 aa  105  6e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
234 aa  105  7e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
226 aa  105  8e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
242 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
235 aa  103  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  33.64 
 
 
228 aa  102  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
222 aa  102  5e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8055  transcriptional regulator, GntR family  36.02 
 
 
250 aa  102  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  33.64 
 
 
230 aa  102  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  32.83 
 
 
228 aa  102  7e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18860  transcriptional regulator, GntR family  34.95 
 
 
221 aa  102  7e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0812431  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
243 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  36.98 
 
 
239 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1622  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
228 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.62397  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
235 aa  100  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
229 aa  100  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
231 aa  99.4  4e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  1.18605e-05  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0530  GntR family transcriptional regulator  38.59 
 
 
220 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.710712  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
230 aa  98.6  7e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1681  GntR family transcriptional regulator  29.36 
 
 
228 aa  98.6  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1661  transcriptional regulator, GntR family  29.36 
 
 
228 aa  98.6  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022131  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 
229 aa  98.6  7e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 
229 aa  98.6  8e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
227 aa  98.6  8e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  8.93003e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1613  transcriptional regulator, GntR family  29.36 
 
 
228 aa  98.6  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.419265  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8046  transcriptional regulator, GntR family  32.7 
 
 
224 aa  98.2  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529008  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  32.88 
 
 
231 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1827  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
228 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000849458  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 
231 aa  97.1  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  39.5 
 
 
219 aa  97.4  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
253 aa  96.7  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
246 aa  97.1  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4432  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
218 aa  97.1  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200664  normal  0.344729 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 
239 aa  97.1  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
214 aa  96.7  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5932  GntR family transcriptional regulator  38 
 
 
210 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733777  normal  0.0408892 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 
218 aa  96.3  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  40.1 
 
 
233 aa  96.7  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3461  transcriptional regulator, GntR family  35.02 
 
 
226 aa  96.7  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
233 aa  96.3  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
233 aa  96.3  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
233 aa  96.3  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  37.32 
 
 
226 aa  95.5  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 
232 aa  95.9  5e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
229 aa  95.5  5e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
247 aa  95.9  5e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  29.74 
 
 
226 aa  95.5  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 
237 aa  95.5  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.741615 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
229 aa  95.1  7e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  33.67 
 
 
231 aa  95.1  8e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.224257 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>