More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0010 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0010  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
239 aa  476  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  hitchhiker  0.00449189 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5666  transcriptional regulator, GntR family  63.39 
 
 
234 aa  274  8e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88554  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4655  GntR family transcriptional regulator  58.82 
 
 
240 aa  238  9e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1271  transcriptional regulator, GntR family  40.49 
 
 
227 aa  140  1e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0431  GntR family transcriptional regulator  38.68 
 
 
249 aa  137  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2524  transcriptional regulator, GntR family  41.26 
 
 
226 aa  137  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3745  transcriptional regulator, GntR family  41.15 
 
 
238 aa  135  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2179  transcriptional regulator, GntR family  40.78 
 
 
221 aa  134  1e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1190  transcriptional regulator, GntR family  40.47 
 
 
219 aa  134  2e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.814536  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
239 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4254  GntR family transcriptional regulator  37.68 
 
 
251 aa  130  1e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 
237 aa  130  1e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1074  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
243 aa  130  2e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.605051  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0389  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 
225 aa  129  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0504  transcriptional regulator, GntR family  38.92 
 
 
218 aa  128  8e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0329427 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4128  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
244 aa  122  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.116859  normal  0.239591 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0339  GntR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
236 aa  120  2e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
224 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  35.35 
 
 
234 aa  119  5e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
248 aa  118  1e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  36.77 
 
 
244 aa  117  2e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  35.68 
 
 
226 aa  116  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
222 aa  114  1e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4646  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 
234 aa  113  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1096  transcriptional regulator, putative  38.61 
 
 
237 aa  108  5e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6054  transcriptional regulator, GntR family  30.95 
 
 
248 aa  108  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.41 
 
 
221 aa  108  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1572  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.69 
 
 
221 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.247698  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.69 
 
 
221 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
227 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.69 
 
 
221 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.69 
 
 
221 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6220  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
266 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.5 
 
 
221 aa  106  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  1.44632e-05 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.5 
 
 
221 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  3.56206e-05 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.69 
 
 
221 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 
221 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.5 
 
 
221 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2209  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.5 
 
 
221 aa  106  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2357  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
245 aa  105  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33 
 
 
221 aa  105  7e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  33 
 
 
221 aa  105  7e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3573  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
237 aa  102  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  35.15 
 
 
240 aa  101  9e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2281  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 
236 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  0.0140544 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4275  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
236 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.477622  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3188  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
236 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804639  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4031  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
236 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4335  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
236 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3751  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
236 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4225  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
236 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3900  hypothetical protein  32.56 
 
 
238 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.365064 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0860  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
238 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1038  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
238 aa  97.1  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1124  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
238 aa  96.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2339  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
280 aa  96.3  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2985  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
248 aa  95.1  8e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1984  putative HTH-type transcriptional regulator  34.98 
 
 
215 aa  94.4  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.235414 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2417  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 
230 aa  94.4  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.220762 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0838  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
217 aa  94.4  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0913555 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 
215 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0776  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
219 aa  91.7  8e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0470  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
262 aa  91.3  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
217 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0607  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
221 aa  90.5  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0421705  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
290 aa  89.7  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4432  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
218 aa  89.7  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200664  normal  0.344729 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
233 aa  89.4  5e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
230 aa  88.6  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3956  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
226 aa  88.6  8e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374286  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3677  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
214 aa  87  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2985  HTH-type transcriptional regulator  30.2 
 
 
219 aa  86.7  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1255  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
244 aa  85.5  7e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
229 aa  85.5  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
230 aa  84.3  1e-15  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8629  transcriptional regulator, GntR family  35.05 
 
 
223 aa  84  2e-15  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0981  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
228 aa  83.6  2e-15  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2641  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
216 aa  83.6  3e-15  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0602  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
220 aa  82.4  6e-15  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0180782  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
233 aa  80.9  2e-14  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0093  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 
216 aa  80.5  2e-14  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  27.92 
 
 
221 aa  79.3  4e-14  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  3.28211e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1978  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
222 aa  79.7  4e-14  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
222 aa  79.3  4e-14  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0509  GntR family transcriptional regulator  27.03 
 
 
220 aa  79.3  5e-14  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.137799 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1760  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
222 aa  79  7e-14  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.298302  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1807  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
222 aa  79  7e-14  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.521171 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1741  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
222 aa  79  7e-14  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00122783  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4366  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 
222 aa  77  2e-13  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  28.93 
 
 
228 aa  76.6  3e-13  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 
226 aa  76.6  3e-13  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 
255 aa  76.3  5e-13  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
238 aa  75.9  6e-13  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  2.523e-09 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  29.51 
 
 
232 aa  75.1  9e-13  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  34.59 
 
 
229 aa  74.3  1e-12  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
227 aa  73.9  2e-12  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3521  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
227 aa  73.6  2e-12  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
214 aa  73.9  2e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2902  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
237 aa  73.9  2e-12  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.270812  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2595  GntR domain protein  29.89 
 
 
227 aa  73.9  2e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.709124  normal  0.171909 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>