More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0009 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0009  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
234 aa  461  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.865732  hitchhiker  0.000720123 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.98 
 
 
251 aa  261  8e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0326295 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.44 
 
 
231 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.25 
 
 
238 aa  223  2e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.34 
 
 
239 aa  199  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.472803  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2448  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.61 
 
 
263 aa  197  1e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.117337  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.81 
 
 
259 aa  190  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.550074  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2717  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.72 
 
 
241 aa  187  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.76 
 
 
240 aa  179  3e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0723888  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3149  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.35 
 
 
240 aa  179  3e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.58 
 
 
235 aa  178  6e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.46 
 
 
240 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.819971  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.46 
 
 
240 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.46 
 
 
240 aa  174  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10890  putative short-chain dehydrogenase  44.25 
 
 
241 aa  173  3e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0306888  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.54 
 
 
240 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.76943  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4757  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.01 
 
 
236 aa  167  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0999  putative short-chain dehydrogenase  43.36 
 
 
241 aa  164  1e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
252 aa  161  9e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3054  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  41.92 
 
 
243 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.106955  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.48 
 
 
252 aa  145  5e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.117337  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4672  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
253 aa  142  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.572467  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
245 aa  141  7e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
255 aa  141  7e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0481  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.35 
 
 
241 aa  140  2e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5000  dehydrogenases with different specificities-like protein  57.14 
 
 
214 aa  140  2e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.456323  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2133  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.91 
 
 
241 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.617453 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 
263 aa  139  5e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.49 
 
 
269 aa  138  7e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
263 aa  137  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
260 aa  137  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.36 
 
 
252 aa  136  3e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0379988 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
255 aa  135  4e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0755029  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.63 
 
 
247 aa  135  4e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  6.57249e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.34 
 
 
260 aa  135  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  36.21 
 
 
256 aa  135  7e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  7.99282e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0260  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.33 
 
 
252 aa  135  7e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.734052  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.93 
 
 
247 aa  134  1e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.203668  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.1 
 
 
255 aa  134  1e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
253 aa  133  2e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2406  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.48 
 
 
241 aa  133  2e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 
264 aa  133  2e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0960385  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
262 aa  133  2e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
245 aa  132  4e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.5049  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1381  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.8 
 
 
248 aa  132  5e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.049098  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
262 aa  132  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
251 aa  131  7e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1561  short chain dehydrogenase  41.81 
 
 
516 aa  131  8e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.636243  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.68 
 
 
248 aa  131  8e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.42 
 
 
241 aa  131  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
251 aa  130  1e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0664  cylG protein  34.85 
 
 
240 aa  131  1e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.78 
 
 
257 aa  130  1e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
267 aa  130  1e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 
251 aa  130  2e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
274 aa  130  2e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.446578 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.49 
 
 
251 aa  130  2e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
261 aa  130  2e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
254 aa  129  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
254 aa  129  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
264 aa  129  4e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
254 aa  129  4e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0672528  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6963  putative 3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  36.07 
 
 
244 aa  129  4e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10096  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
249 aa  129  4e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
257 aa  129  4e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
270 aa  129  5e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
249 aa  129  5e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.695001  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.84 
 
 
245 aa  129  5e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5273  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.11 
 
 
260 aa  128  8e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000251333 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
262 aa  128  9e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2695  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  40.17 
 
 
277 aa  127  1e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0031  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.41 
 
 
250 aa  127  1e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.42 
 
 
260 aa  127  1e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0028  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.41 
 
 
250 aa  127  1e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0543061  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
245 aa  127  1e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.93 
 
 
241 aa  127  1e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.550134  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.04 
 
 
246 aa  127  1e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2646  phosphatidylserine decarboxylase  38.21 
 
 
258 aa  127  1e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.229989  normal  0.216925 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
252 aa  127  2e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.89 
 
 
246 aa  127  2e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.04 
 
 
236 aa  126  2e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.433499  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.04 
 
 
246 aa  127  2e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
252 aa  127  2e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.17 
 
 
271 aa  127  2e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
257 aa  126  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.242227  normal  0.57964 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
246 aa  126  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
268 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.256895  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
255 aa  126  3e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
268 aa  125  4e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.657901 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3977  putative 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.37 
 
 
255 aa  126  4e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686311  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.21 
 
 
251 aa  125  4e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
258 aa  125  5e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
256 aa  125  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0601767 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.21 
 
 
266 aa  125  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
262 aa  125  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.24 
 
 
244 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  6.16439e-05 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4743  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.67 
 
 
254 aa  125  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00112688 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4527  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  36.22 
 
 
244 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
256 aa  125  7e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
246 aa  125  7e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.8635e-12 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>