More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0003 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  100 
 
 
378 aa  742  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  8.74576e-07 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  60.42 
 
 
379 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  58.05 
 
 
378 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  58.31 
 
 
378 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  56.99 
 
 
378 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  56.84 
 
 
379 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  58.09 
 
 
385 aa  387  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  57.41 
 
 
398 aa  382  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  58.45 
 
 
382 aa  371  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.95 
 
 
385 aa  369  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.42 
 
 
385 aa  365  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  57.89 
 
 
382 aa  367  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  56.42 
 
 
384 aa  363  3e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  58.2 
 
 
379 aa  354  1e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  56.98 
 
 
384 aa  353  2e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  53.49 
 
 
391 aa  347  2e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  51.37 
 
 
374 aa  333  2e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  50.13 
 
 
374 aa  332  9e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  49.08 
 
 
374 aa  327  2e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  54.93 
 
 
403 aa  323  4e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  50 
 
 
409 aa  313  4e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  50.79 
 
 
412 aa  306  4e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.05963e-21 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  50.53 
 
 
387 aa  305  1e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  50 
 
 
384 aa  305  1e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  49.47 
 
 
384 aa  300  4e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  45.5 
 
 
378 aa  284  2e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  46.84 
 
 
375 aa  265  1e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  47.04 
 
 
356 aa  264  2e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  46.77 
 
 
384 aa  254  2e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  45.65 
 
 
392 aa  246  6e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  40.48 
 
 
361 aa  240  3e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  41.96 
 
 
375 aa  240  3e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  43.55 
 
 
368 aa  236  4e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  43.55 
 
 
363 aa  236  7e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  43.63 
 
 
363 aa  236  7e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  3.68793e-06 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  44.2 
 
 
369 aa  227  3e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  41.21 
 
 
358 aa  218  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  40.73 
 
 
357 aa  218  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  45.33 
 
 
357 aa  211  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  43.4 
 
 
379 aa  204  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  41.13 
 
 
373 aa  182  7e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  30.69 
 
 
365 aa  178  2e-43  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  30.11 
 
 
372 aa  172  9e-42  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  29.97 
 
 
372 aa  170  3e-41  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  31.49 
 
 
392 aa  129  6e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  32.56 
 
 
349 aa  128  2e-28  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  26.4 
 
 
360 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  5.23089e-05 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  30.87 
 
 
398 aa  115  1e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  32.6 
 
 
380 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  27.81 
 
 
360 aa  114  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.78 
 
 
377 aa  114  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  32.13 
 
 
380 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  32.13 
 
 
380 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  26.69 
 
 
365 aa  114  4e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  1.80359e-07 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  27.02 
 
 
360 aa  114  4e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  25.78 
 
 
369 aa  112  7e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  25.53 
 
 
366 aa  112  9e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  27.61 
 
 
360 aa  111  2e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  1.17147e-09 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  27.15 
 
 
360 aa  111  2e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  2.74736e-09 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  27.18 
 
 
364 aa  111  2e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  28.3 
 
 
370 aa  111  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  27.61 
 
 
360 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  28.13 
 
 
360 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.33 
 
 
372 aa  110  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.87 
 
 
386 aa  110  3e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  28.13 
 
 
360 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  28 
 
 
358 aa  109  6e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.61 
 
 
364 aa  109  7e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  26.89 
 
 
360 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  2.00533e-11 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  24.14 
 
 
374 aa  108  2e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  26.89 
 
 
360 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  26.89 
 
 
360 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  1.41072e-09 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.04 
 
 
378 aa  108  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  26.76 
 
 
360 aa  107  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.37 
 
 
397 aa  107  3e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  27.79 
 
 
370 aa  106  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.69508e-07  hitchhiker  1.45417e-07 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.76 
 
 
382 aa  106  6e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.83 
 
 
381 aa  105  9e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0003  recombination protein F  29.82 
 
 
364 aa  104  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0323054 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.85 
 
 
373 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.42 
 
 
376 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  32.3 
 
 
371 aa  104  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  27.61 
 
 
361 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  30.56 
 
 
349 aa  103  4e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  30.66 
 
 
385 aa  103  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  25.65 
 
 
374 aa  103  5e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  26.06 
 
 
360 aa  103  6e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  27.35 
 
 
361 aa  103  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  26.29 
 
 
369 aa  103  6e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  29.83 
 
 
401 aa  102  7e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  23.22 
 
 
362 aa  103  7e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  29.85 
 
 
390 aa  102  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  3.32989e-05  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  26.26 
 
 
360 aa  102  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  26.54 
 
 
361 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.25 
 
 
380 aa  101  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  30.33 
 
 
389 aa  101  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  26.27 
 
 
361 aa  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  27.91 
 
 
386 aa  101  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  27.95 
 
 
368 aa  101  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.95 
 
 
372 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>