More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_4955 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_4955  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
424 aa  881    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.868884 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4581  TetR family transcriptional regulator  42.65 
 
 
453 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0520678  hitchhiker  0.00576912 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4414  transcriptional regulator, TetR family  40.85 
 
 
419 aa  291  2e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.617294  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3407  TetR family transcriptional regulator  43.25 
 
 
422 aa  289  6e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.282297 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1610  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 
424 aa  243  3e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0810  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 
437 aa  235  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2659  TetR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
418 aa  225  9e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
240 aa  72  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
223 aa  71.2  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 
209 aa  68.9  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 
219 aa  66.6  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 
246 aa  66.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  26 
 
 
211 aa  66.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
256 aa  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2747  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 
233 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.02505  normal  0.237475 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0153  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 
210 aa  65.1  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 
244 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  26.59 
 
 
260 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 
211 aa  64.3  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  30.72 
 
 
205 aa  64.3  0.000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  23.76 
 
 
220 aa  62.4  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  26.19 
 
 
207 aa  61.2  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  26.29 
 
 
252 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  24.26 
 
 
219 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47520  putative transcriptional regulator  43.55 
 
 
197 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 
219 aa  59.7  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1011  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
770 aa  59.3  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1600  TetR family transcriptional regulator  25.82 
 
 
288 aa  58.2  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
205 aa  57.8  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4464  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 
204 aa  57.8  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0680244 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 
223 aa  57.4  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  25.64 
 
 
204 aa  57  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1934  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 
202 aa  57  0.0000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0322407  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  24.4 
 
 
212 aa  56.6  0.0000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 
242 aa  56.6  0.0000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2689  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
186 aa  56.6  0.0000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2746  regulatory protein TetR  25 
 
 
186 aa  56.6  0.0000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
212 aa  56.6  0.0000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  24.61 
 
 
201 aa  56.2  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
191 aa  56.2  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
231 aa  55.5  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0719  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
408 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0260522 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3699  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
220 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3068  TetR family transcriptional regulator  26.13 
 
 
214 aa  55.5  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.493248  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  43.06 
 
 
238 aa  54.7  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 
196 aa  54.7  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1071  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
240 aa  54.3  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  25.39 
 
 
208 aa  54.3  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  37.35 
 
 
201 aa  54.3  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  25.39 
 
 
213 aa  54.7  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3494  transcriptional regulator, TetR family  25.29 
 
 
208 aa  53.5  0.000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 
213 aa  53.5  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7959  putative transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 
194 aa  53.1  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  26.15 
 
 
242 aa  53.1  0.000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0111  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 
207 aa  53.1  0.000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.482364  normal  0.0755622 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0116  transcriptional regulator, TetR family  24.54 
 
 
218 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.49 
 
 
236 aa  52.8  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3549  transcriptional regulator AefR  38.33 
 
 
200 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  24.39 
 
 
220 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2734  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 
225 aa  53.1  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  28.08 
 
 
213 aa  52.8  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2179  transcriptional regulator, TetR family  33.77 
 
 
192 aa  52.8  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  37.65 
 
 
193 aa  52.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 
215 aa  52.4  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 
245 aa  52.8  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.49 
 
 
236 aa  52.8  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4066  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 
211 aa  52.8  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3221  TetR family transcriptional regulator  23.22 
 
 
232 aa  52.8  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1864  transcriptional regulator, TetR family  30.51 
 
 
204 aa  52.4  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0665556  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  29.03 
 
 
211 aa  53.1  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 
189 aa  52.8  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2209  transcriptional regulator, TetR family  30.51 
 
 
204 aa  52.4  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  23.81 
 
 
189 aa  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4006  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 
202 aa  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
243 aa  52.4  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 
202 aa  51.6  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 
224 aa  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0266  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 
207 aa  51.6  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.437766  hitchhiker  0.000931508 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5293  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
210 aa  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199638  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3550  TetR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
209 aa  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123962  normal  0.200142 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 
200 aa  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 
218 aa  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  36.78 
 
 
207 aa  51.6  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2516  transcriptional regulator, TetR family  25.57 
 
 
188 aa  51.6  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 
213 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4734  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
242 aa  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1461  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
197 aa  51.2  0.00003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0279876 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  24.74 
 
 
208 aa  51.2  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2767  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
214 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0855812  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  31.03 
 
 
213 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4683  transcriptional regulator, TetR family  23.37 
 
 
385 aa  51.6  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6181  transcriptional regulator, TetR family  25.3 
 
 
202 aa  51.2  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 
204 aa  51.2  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1507  TetR family transcriptional regulator  21.82 
 
 
412 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.759911  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1530  TetR family transcriptional regulator  21.82 
 
 
412 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20320  transcriptional regulator, TetR family  25.43 
 
 
203 aa  51.6  0.00003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1909  transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 
209 aa  51.2  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0574085  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2695  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 
185 aa  51.2  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000333836  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  52.27 
 
 
332 aa  51.2  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1365  transcriptional regulator  32.93 
 
 
211 aa  50.8  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.575727 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>