More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3436 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_3436  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
586 aa  1205    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0569509  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  32.85 
 
 
544 aa  249  7e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7121  AMP-dependent synthetase and ligase  33.51 
 
 
542 aa  237  5.0000000000000005e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  32.18 
 
 
535 aa  229  8e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  31.62 
 
 
551 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0592  putative AMP-dependent synthetase and ligase  30.69 
 
 
543 aa  220  7e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29458  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2066  AMP-dependent synthetase and ligase  31.05 
 
 
527 aa  213  5.999999999999999e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.34 
 
 
538 aa  205  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.42 
 
 
545 aa  206  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  30.36 
 
 
547 aa  205  2e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1761  AMP-dependent synthetase and ligase  30.61 
 
 
550 aa  202  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  28.01 
 
 
552 aa  201  3.9999999999999996e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  30.67 
 
 
549 aa  194  5e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.27 
 
 
534 aa  192  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.27 
 
 
534 aa  192  2e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  29.44 
 
 
560 aa  188  3e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1907  AMP-dependent synthetase and ligase  27.95 
 
 
543 aa  186  8e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.549821  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 
546 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.22 
 
 
550 aa  181  4.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0898  AMP-dependent synthetase and ligase  27.91 
 
 
537 aa  178  3e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  26.93 
 
 
509 aa  173  6.999999999999999e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  27.55 
 
 
516 aa  170  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.55 
 
 
535 aa  167  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  27.45 
 
 
520 aa  163  7e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  27.42 
 
 
572 aa  162  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  26.82 
 
 
512 aa  162  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7061  AMP-dependent synthetase and ligase  28.02 
 
 
513 aa  160  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.131857 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  27.65 
 
 
525 aa  159  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11230  long-chain-acyl-CoA synthetase  28.78 
 
 
597 aa  157  4e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0151554  normal  0.367156 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  27.26 
 
 
536 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000011697 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  27.32 
 
 
540 aa  154  5e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  27.12 
 
 
518 aa  151  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  26.17 
 
 
708 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4081  long-chain-acyl-CoA synthetase  26.15 
 
 
592 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0876602  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3261  AMP-dependent synthetase and ligase  28.32 
 
 
534 aa  148  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4007  long-chain-acyl-CoA synthetase  26.15 
 
 
592 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.657785  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4237  long-chain-acyl-CoA synthetase  26.15 
 
 
592 aa  147  6e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168634 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2185  long-chain-acyl-CoA synthetase  26.07 
 
 
600 aa  147  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00664297  normal  0.684418 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  27.78 
 
 
537 aa  146  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  27.08 
 
 
508 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2710  AMP-dependent synthetase and ligase  27.12 
 
 
507 aa  145  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0406608  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2434  AMP-dependent synthetase and ligase  27.47 
 
 
534 aa  145  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.097494  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2203  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 
534 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334168  normal  0.340753 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  28.03 
 
 
524 aa  144  6e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  28.32 
 
 
528 aa  143  7e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0109  AMP-dependent synthetase and ligase  28.15 
 
 
528 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2809  long-chain-acyl-CoA synthetase  26.8 
 
 
609 aa  142  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.02 
 
 
513 aa  141  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4510  long-chain-acyl-CoA synthetase  25.41 
 
 
601 aa  141  3e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2696  long-chain-acyl-CoA synthetase  27.08 
 
 
608 aa  141  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.22324 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  24.65 
 
 
512 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  26.83 
 
 
518 aa  140  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3202  AMP-dependent synthetase and ligase  26.85 
 
 
533 aa  140  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0351635  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  26.81 
 
 
538 aa  140  7.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.402279 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4810  AMP-dependent synthetase and ligase  27.67 
 
 
528 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672528  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  27.1 
 
 
517 aa  139  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  26.86 
 
 
505 aa  139  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  27.94 
 
 
529 aa  138  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.45 
 
 
518 aa  137  5e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  28.25 
 
 
521 aa  137  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2406  AMP-dependent synthetase and ligase  28.22 
 
 
509 aa  137  6.0000000000000005e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0466191 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1573  AMP-binding domain protein  25 
 
 
552 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.116566  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  25.84 
 
 
561 aa  136  8e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  24.07 
 
 
517 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3855  AMP-dependent synthetase and ligase  28.37 
 
 
550 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4595  AMP-dependent synthetase and ligase  23.42 
 
 
525 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  26.82 
 
 
527 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  24.6 
 
 
520 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  26.48 
 
 
1043 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.07 
 
 
522 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7494  acyl-CoA synthetase  28.83 
 
 
521 aa  135  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.489378  normal  0.204527 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  25 
 
 
521 aa  134  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  24.07 
 
 
522 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  23.88 
 
 
522 aa  135  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0473  AMP-binding domain protein  24.91 
 
 
568 aa  134  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.09 
 
 
537 aa  134  3.9999999999999996e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3444  AMP-dependent synthetase and ligase  26.3 
 
 
598 aa  134  3.9999999999999996e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3550  AMP-dependent synthetase and ligase  28.3 
 
 
520 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  25.98 
 
 
535 aa  134  6e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  23.69 
 
 
517 aa  134  6.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  23.88 
 
 
505 aa  133  7.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  26.29 
 
 
518 aa  133  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  23.67 
 
 
528 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1473  AMP-dependent synthetase and ligase  25.05 
 
 
536 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  23.36 
 
 
517 aa  133  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  26.14 
 
 
518 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1704  long-chain-fatty-acid-CoA-ligase  26.79 
 
 
532 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.49493  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  23.88 
 
 
522 aa  133  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1862  AMP-dependent synthetase and ligase  21.92 
 
 
554 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000194856  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  27.41 
 
 
508 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.81 
 
 
517 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  23.31 
 
 
517 aa  131  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2593  AMP-binding domain protein  24.92 
 
 
574 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.62 
 
 
517 aa  131  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  23.12 
 
 
517 aa  131  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  25.48 
 
 
560 aa  131  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.62 
 
 
517 aa  130  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  24.27 
 
 
552 aa  130  7.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3345  acid-CoA ligase family protein  24.54 
 
 
547 aa  130  8.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  25.34 
 
 
559 aa  130  8.000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>