257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3271 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 
295 aa  610  9.999999999999999e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  67.25 
 
 
289 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  46.34 
 
 
297 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.21 
 
 
294 aa  216  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.21 
 
 
294 aa  205  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.81 
 
 
292 aa  203  2e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.41 
 
 
283 aa  186  4e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 
283 aa  165  9e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  34.53 
 
 
282 aa  159  6e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.09 
 
 
288 aa  156  3e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.73 
 
 
282 aa  155  6e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.34 
 
 
282 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.96 
 
 
282 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.25 
 
 
285 aa  150  2e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  34.41 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.69 
 
 
290 aa  141  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  31.5 
 
 
295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  32.52 
 
 
293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  31.14 
 
 
295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.83 
 
 
281 aa  119  7.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 
293 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  31.56 
 
 
283 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  26.79 
 
 
290 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.22 
 
 
288 aa  113  3e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.06 
 
 
297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.3 
 
 
289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.95 
 
 
275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.08 
 
 
283 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.76 
 
 
279 aa  109  6e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.75 
 
 
283 aa  108  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  30.25 
 
 
270 aa  107  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  31.03 
 
 
268 aa  104  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.41 
 
 
282 aa  98.6  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.92 
 
 
262 aa  96.3  5e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.51 
 
 
290 aa  93.6  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  30.37 
 
 
295 aa  84.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.44 
 
 
295 aa  83.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.46 
 
 
264 aa  84  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  34.96 
 
 
278 aa  82.4  0.000000000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.22 
 
 
274 aa  81.3  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.05 
 
 
264 aa  79  0.00000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.86 
 
 
260 aa  78.2  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  27.88 
 
 
262 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  27.43 
 
 
262 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.43 
 
 
262 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  27.43 
 
 
262 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  29.34 
 
 
262 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  27.43 
 
 
262 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  27.64 
 
 
250 aa  73.9  0.000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  29.34 
 
 
262 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.77 
 
 
303 aa  73.2  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  26.99 
 
 
262 aa  72.8  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  32.61 
 
 
262 aa  72.4  0.000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1112  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.94 
 
 
259 aa  71.6  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.23 
 
 
270 aa  71.2  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2411  xylose isomerase domain-containing protein  30.4 
 
 
260 aa  70.1  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.446483 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.47 
 
 
275 aa  67  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2394  xylose isomerase domain-containing protein  28.8 
 
 
259 aa  65.1  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.77 
 
 
265 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  28.36 
 
 
268 aa  62.4  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  27.62 
 
 
263 aa  59.7  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  24.89 
 
 
259 aa  59.3  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  27.2 
 
 
260 aa  59.3  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  28 
 
 
271 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4194  xylose isomerase-like TIM barrel  24.78 
 
 
334 aa  57.8  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00304718 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  25.69 
 
 
263 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  30.51 
 
 
256 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  26.39 
 
 
260 aa  57  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  24.23 
 
 
260 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  28 
 
 
271 aa  56.2  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  25.6 
 
 
262 aa  56.2  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  24.72 
 
 
262 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5812  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.36 
 
 
321 aa  56.2  0.0000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5990  xylose isomerase domain-containing protein  26.07 
 
 
339 aa  55.8  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0730403  normal  0.114286 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.4 
 
 
310 aa  55.8  0.0000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  28.8 
 
 
259 aa  55.8  0.0000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  26.09 
 
 
280 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2976  xylose isomerase domain-containing protein  26.72 
 
 
295 aa  55.5  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.12 
 
 
286 aa  55.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  29.6 
 
 
299 aa  55.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  26.27 
 
 
258 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  26.27 
 
 
258 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.81 
 
 
264 aa  55.5  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.831007 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  26.27 
 
 
258 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29590  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.89 
 
 
739 aa  54.3  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  29.7 
 
 
257 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  30.51 
 
 
265 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19810  hydroxypyruvate isomerase protein  27.56 
 
 
262 aa  53.9  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  23.41 
 
 
268 aa  53.9  0.000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  31.97 
 
 
258 aa  53.9  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.35 
 
 
258 aa  53.9  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  30.41 
 
 
265 aa  53.5  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  23.91 
 
 
260 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  23.91 
 
 
260 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  25.15 
 
 
259 aa  53.1  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  25.42 
 
 
258 aa  52.8  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  27.88 
 
 
258 aa  53.1  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  24.51 
 
 
255 aa  52.8  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  29.81 
 
 
262 aa  53.1  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  26.09 
 
 
280 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>