More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_2508 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  598  1e-170  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  63.95 
 
 		 300 aa  409  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 287 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 287 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 306 aa  168  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.66 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 287 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 386 aa  155  8e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 298 aa  152  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 298 aa  152  5e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 304 aa  146  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 288 aa  142  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 286 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 291 aa  132  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 294 aa  129  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 292 aa  128  9.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 291 aa  126  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 316 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 290 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 294 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 294 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 289 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 290 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 290 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  30.1 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.46 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 295 aa  113  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 294 aa  113  5e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 321 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 300 aa  112  9e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 293 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 306 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 291 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30 
 
 		 296 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 297 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 284 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 291 aa  99.8  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 296 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 305 aa  97.4  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 296 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 296 aa  94.7  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0559  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 352 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0351204  normal  0.326115 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0481  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 331 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0399  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 331 aa  94  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 288 aa  93.6  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 292 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 288 aa  93.2  5e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2595  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 301 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 288 aa  92.8  6e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.72 
 
 		 325 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 288 aa  92.8  6e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 292 aa  92.8  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 293 aa  92.8  7e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  26.58 
 
 		 313 aa  92.4  8e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3121  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.739955  normal  0.0893475 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 288 aa  92  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 288 aa  92  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  24.5 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1146  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 329 aa  92  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>