More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_1916 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_1916  isocitrate lyase family protein  100 
 
 
287 aa  581  1.0000000000000001e-165  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0326533 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0806  isocitrate lyase family protein  89.2 
 
 
287 aa  520  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3767  2,3-dimethylmalate lyase  60.28 
 
 
289 aa  354  7.999999999999999e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4841  2,3-dimethylmalate lyase  60.99 
 
 
284 aa  348  6e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5990  2,3-dimethylmalate lyase  56.94 
 
 
292 aa  329  3e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0792782 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1933  isocitrate lyase family protein  58.16 
 
 
299 aa  328  4e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0689  methylisocitrate lyase  57.45 
 
 
292 aa  322  5e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.106645  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2154  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  41.4 
 
 
289 aa  241  9e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.908949 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  45.08 
 
 
306 aa  229  3e-59  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1130  2,3-dimethylmalate lyase  44.4 
 
 
287 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  44.66 
 
 
304 aa  228  1e-58  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4051  isocitrate lyase family protein  42.34 
 
 
287 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4025  isocitrate lyase family protein  41.97 
 
 
284 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4144  isocitrate lyase family protein  41.97 
 
 
284 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3949  isocitrate lyase family protein  41.97 
 
 
284 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  42.44 
 
 
311 aa  223  3e-57  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4757  2,3-dimethylmalate lyase  40 
 
 
287 aa  223  4e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000491467  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0256  putative methylisocitrate lyase  38.52 
 
 
288 aa  218  6e-56  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.764901 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5166  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  41.61 
 
 
292 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.919323  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  41.85 
 
 
312 aa  211  7.999999999999999e-54  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7954  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  44.01 
 
 
288 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1632  2,3-dimethylmalate lyase  42.11 
 
 
286 aa  211  1e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.171622 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4291  2,3-dimethylmalate lyase  44.88 
 
 
295 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.268229 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0864  2,3-dimethylmalate lyase  42.34 
 
 
289 aa  210  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000979692  hitchhiker  0.000000949403 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  44.71 
 
 
285 aa  207  1e-52  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2082  2,3-dimethylmalate lyase  42.8 
 
 
286 aa  207  1e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.218009  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5405  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  43.18 
 
 
293 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00321329  normal  0.260192 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1203  2,3-dimethylmalate lyase  43.18 
 
 
293 aa  206  4e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00337991  normal  0.996052 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1614  2,3-dimethylmalate lyase  46.25 
 
 
295 aa  206  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.863287  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4474  2,3-dimethylmalate lyase  42.91 
 
 
294 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.787404  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  44.18 
 
 
274 aa  204  2e-51  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3579  PEP phosphonomutase  45 
 
 
286 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00948814  hitchhiker  0.00984431 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2513  2,3-dimethylmalate lyase  44 
 
 
293 aa  201  8e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1054  isocitrate lyase family protein  46.52 
 
 
282 aa  198  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.138813  normal  0.876203 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2775  2,3-dimethylmalate lyase  37.28 
 
 
287 aa  197  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0204  2,3-dimethylmalate lyase  48.15 
 
 
325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0800  methylisocitrate lyase  39.48 
 
 
307 aa  196  3e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0629223  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  46.38 
 
 
302 aa  194  1e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0283  putative methylisocitrate lyase  43.37 
 
 
289 aa  194  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.548186  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  41.37 
 
 
301 aa  194  2e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0071  2-methylisocitrate lyase  50.22 
 
 
296 aa  193  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  47.39 
 
 
308 aa  192  7e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3294  2-methylisocitrate lyase  44.54 
 
 
294 aa  192  8e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.203078 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4268  2,3-dimethylmalate lyase  37.1 
 
 
291 aa  191  9e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.485286  normal  0.877406 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3825  2-methylisocitrate lyase  44.92 
 
 
292 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  44.08 
 
 
302 aa  191  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  41.48 
 
 
297 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0315  2-methylisocitrate lyase  44.92 
 
 
292 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3975  2-methylisocitrate lyase  41.96 
 
 
298 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.583072 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  41.96 
 
 
298 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3629  2-methylisocitrate lyase  44.92 
 
 
292 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  43.9 
 
 
302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0122  2-methylisocitrate lyase  43.53 
 
 
298 aa  189  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.528863  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0345  2-methylisocitrate lyase  44.49 
 
 
292 aa  189  4e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3287  2-methylisocitrate lyase  40.74 
 
 
297 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179718  normal  0.0341449 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4755  2-methylisocitrate lyase  41.11 
 
 
297 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730915  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5344  2-methylisocitrate lyase  41.11 
 
 
297 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0562563  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5517  2-methylisocitrate lyase  41.11 
 
 
297 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  43.67 
 
 
302 aa  189  5e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  43.67 
 
 
302 aa  188  7e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  45.53 
 
 
302 aa  188  9e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3945  2-methylisocitrate lyase  44.07 
 
 
292 aa  188  9e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4021  2-methylisocitrate lyase  44.07 
 
 
292 aa  188  9e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4047  2-methylisocitrate lyase  44.07 
 
 
292 aa  188  9e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  43.67 
 
 
302 aa  187  1e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  43.67 
 
 
302 aa  187  1e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0420  2-methylisocitrate lyase  42.19 
 
 
295 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0232158 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0408  2-methylisocitrate lyase  42.19 
 
 
295 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000002587 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  43.67 
 
 
302 aa  187  1e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4140  2-methylisocitrate lyase  44.07 
 
 
292 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  43.67 
 
 
302 aa  187  2e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0402  2-methylisocitrate lyase  42.19 
 
 
295 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3644  2-methylisocitrate lyase  44.07 
 
 
292 aa  187  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  43.67 
 
 
302 aa  187  2e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0458  2,3-dimethylmalate lyase  36.36 
 
 
296 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1657  2,3-dimethylmalate lyase  47.16 
 
 
306 aa  186  3e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.106264  normal  0.68628 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0462  2-methylisocitrate lyase  42.19 
 
 
295 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.237337  hitchhiker  0.00000000745318 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3436  2-methylisocitrate lyase  43.36 
 
 
296 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00574123  normal  0.104863 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0400  2-methylisocitrate lyase  41.8 
 
 
295 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0664462  hitchhiker  0.000000000169441 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2648  methylisocitrate lyase  42.96 
 
 
305 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.843725  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0819  2-methylisocitrate lyase  42.17 
 
 
290 aa  185  7e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.445655  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0461  2,3-dimethylmalate lyase  37.96 
 
 
301 aa  185  7e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1177  2-methylisocitrate lyase  42.17 
 
 
290 aa  185  7e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.984478  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1092  carboxyvinyl-carboxyphosphonatephosphorylmutase  39.04 
 
 
293 aa  185  9e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.301564  normal  0.346372 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1935  2-methylisocitrate lyase  42.97 
 
 
294 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146073  hitchhiker  0.00000021306 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2334  2-methylisocitrate lyase  42.97 
 
 
296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474392  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2189  2-methylisocitrate lyase  41.18 
 
 
297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2479  methylisocitrate lyase  46.55 
 
 
304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0974909  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0108  methylisocitrate lyase  46.05 
 
 
302 aa  183  3e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0279515  normal  0.0353052 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3275  methylisocitrate lyase  41.09 
 
 
296 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4791  2,3-dimethylmalate lyase  42.12 
 
 
307 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.147274  normal  0.246336 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0661  2,3-dimethylmalate lyase  37.72 
 
 
310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.428755 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0054  2-methylisocitrate lyase  39.06 
 
 
297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0397  2-methylisocitrate lyase  41.09 
 
 
296 aa  182  6e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4356  2-methylisocitrate lyase  42.56 
 
 
303 aa  182  6e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0052  2-methylisocitrate lyase  39.06 
 
 
297 aa  182  7e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00286  2-methylisocitrate lyase  41.09 
 
 
296 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2287  methylisocitrate lyase  41.83 
 
 
297 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.298126  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3293  2-methylisocitrate lyase  41.09 
 
 
296 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00290  hypothetical protein  41.09 
 
 
296 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>