More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_0880 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_0880  Formyl-CoA transferase  100 
 
 
389 aa  786  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000116287  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1886  Alpha-methylacyl-CoA racemase  71.31 
 
 
384 aa  548  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.494704 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.21 
 
 
402 aa  461  1e-128  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3677  hypothetical protein  56.76 
 
 
390 aa  442  1e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0288524  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.29 
 
 
411 aa  338  1e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44 
 
 
426 aa  325  8e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  42.64 
 
 
393 aa  317  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  41.3 
 
 
395 aa  311  1e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.91 
 
 
394 aa  311  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.65 
 
 
423 aa  310  3e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.41 
 
 
419 aa  305  6e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.82 
 
 
386 aa  305  7e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  41.95 
 
 
389 aa  305  1e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.95 
 
 
395 aa  304  1e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  40.58 
 
 
393 aa  304  2e-81  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.12 
 
 
416 aa  304  2e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  41.8 
 
 
411 aa  304  2e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.39 
 
 
416 aa  302  8e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.67 
 
 
407 aa  301  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.87 
 
 
407 aa  301  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.47 
 
 
404 aa  300  4e-80  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.35 
 
 
418 aa  298  1e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.35 
 
 
418 aa  296  3e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.7 
 
 
388 aa  296  4e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.85 
 
 
395 aa  294  2e-78  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.440176  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.12 
 
 
415 aa  292  8e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.3 
 
 
395 aa  292  8e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  38.5 
 
 
435 aa  291  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.85 
 
 
407 aa  290  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.07 
 
 
389 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.48 
 
 
413 aa  290  3e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  3.37447e-05  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.21 
 
 
411 aa  290  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.58 
 
 
434 aa  290  3e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5909  L-carnitine dehydratase  41.67 
 
 
383 aa  289  6e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.84 
 
 
406 aa  289  7e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  2.47826e-10  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.63 
 
 
406 aa  288  8e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  38.6 
 
 
413 aa  287  2e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  40 
 
 
412 aa  287  2e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  38.6 
 
 
413 aa  287  2e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  39.58 
 
 
406 aa  286  3e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  8.39359e-05  hitchhiker  9.73372e-05 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.05 
 
 
406 aa  287  3e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.71 
 
 
393 aa  286  4e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.42 
 
 
410 aa  286  4e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  40.87 
 
 
421 aa  286  5e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2399  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.74 
 
 
389 aa  286  5e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  39.09 
 
 
406 aa  286  6e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  39.69 
 
 
406 aa  286  6e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  39.09 
 
 
406 aa  286  6e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  39.09 
 
 
406 aa  286  6e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40 
 
 
390 aa  285  7e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  39.64 
 
 
544 aa  285  7e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  39.64 
 
 
568 aa  285  8e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  39.64 
 
 
577 aa  285  8e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.64 
 
 
406 aa  285  1e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.27 
 
 
409 aa  285  1e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.16 
 
 
407 aa  285  1e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.8 
 
 
406 aa  283  3e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  8.03065e-07  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  38.8 
 
 
406 aa  283  3e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  7.10796e-11  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.87 
 
 
390 aa  283  3e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.96 
 
 
407 aa  283  4e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  9.22953e-07  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.78 
 
 
405 aa  282  6e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.88 
 
 
426 aa  282  6e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.01 
 
 
415 aa  282  6e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.14 
 
 
407 aa  282  6e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  39.79 
 
 
406 aa  282  7e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  38.08 
 
 
407 aa  282  8e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.06 
 
 
406 aa  282  8e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.64 
 
 
415 aa  282  9e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  40 
 
 
406 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2169  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.74 
 
 
381 aa  281  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.27 
 
 
403 aa  281  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.1 
 
 
415 aa  281  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  37.82 
 
 
407 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  39.57 
 
 
396 aa  280  4e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  39.04 
 
 
396 aa  280  4e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.44 
 
 
406 aa  279  5e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  4.40239e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  39.16 
 
 
406 aa  279  5e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  1.46578e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.33 
 
 
381 aa  278  8e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.44 
 
 
387 aa  278  9e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.89 
 
 
413 aa  278  1e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  42.33 
 
 
381 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.51 
 
 
406 aa  278  1e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1054  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.43 
 
 
398 aa  277  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.434292  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  40.83 
 
 
401 aa  277  3e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  37.97 
 
 
396 aa  277  3e-73  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.1 
 
 
399 aa  276  7e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0247  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.34 
 
 
382 aa  275  7e-73  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  39.68 
 
 
381 aa  275  8e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  39.68 
 
 
381 aa  275  8e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.02 
 
 
433 aa  275  9e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.86 
 
 
406 aa  275  1e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  39.36 
 
 
416 aa  275  1e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  38.15 
 
 
425 aa  275  1e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.25 
 
 
406 aa  275  1e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  40.21 
 
 
411 aa  274  2e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  38.56 
 
 
448 aa  274  2e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.9 
 
 
407 aa  274  2e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.14 
 
 
424 aa  274  2e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.68 
 
 
413 aa  273  3e-72  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2997  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.36 
 
 
419 aa  273  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>