More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_0731 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  634    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  78.57 
 
 		 316 aa  459  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  67.93 
 
 		 324 aa  387  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  66.67 
 
 		 304 aa  386  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  62.87 
 
 		 324 aa  374  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  62.99 
 
 		 318 aa  369  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  67.02 
 
 		 332 aa  360  1e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  62.41 
 
 		 374 aa  339  4e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  57.33 
 
 		 317 aa  338  7e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  61.59 
 
 		 327 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  60 
 
 		 315 aa  333  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  55.56 
 
 		 309 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  55.44 
 
 		 316 aa  282  6.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  50 
 
 		 310 aa  228  9e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.23 
 
 		 342 aa  227  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.21 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.11 
 
 		 323 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.9 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.49 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.76 
 
 		 317 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.97 
 
 		 305 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.7 
 
 		 270 aa  207  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.32 
 
 		 294 aa  192  8e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.23 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.23 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.27 
 
 		 328 aa  188  8e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.01 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.4 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  39.05 
 
 		 338 aa  183  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  36.69 
 
 		 591 aa  99.8  6e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  30.91 
 
 		 168 aa  97.8  2e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  37.66 
 
 		 208 aa  94.7  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  31.48 
 
 		 171 aa  93.2  5e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  37.8 
 
 		 179 aa  92.8  7e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  34.73 
 
 		 172 aa  90.5  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  34.42 
 
 		 199 aa  90.5  3e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  27.78 
 
 		 172 aa  89.7  5e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  32.02 
 
 		 190 aa  87.4  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  33.54 
 
 		 200 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  34.34 
 
 		 552 aa  86.3  7e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  33.54 
 
 		 201 aa  85.9  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  31.1 
 
 		 171 aa  85.9  7e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  38.26 
 
 		 182 aa  85.5  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  36.84 
 
 		 169 aa  85.1  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  31.98 
 
 		 198 aa  84.7  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0768  Shikimate kinase  34.68 
 
 		 177 aa  84.3  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.694283 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  26.51 
 
 		 166 aa  84  0.000000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  29.09 
 
 		 172 aa  83.2  0.000000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  30.77 
 
 		 199 aa  82.8  0.000000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  24.16 
 
 		 185 aa  82.8  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  29.59 
 
 		 176 aa  82.4  0.000000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  32.91 
 
 		 183 aa  82  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  34.9 
 
 		 179 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  33.92 
 
 		 184 aa  81.3  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  30.07 
 
 		 198 aa  80.5  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  30.72 
 
 		 175 aa  80.5  0.00000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  30.72 
 
 		 175 aa  80.5  0.00000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  30.07 
 
 		 198 aa  80.5  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  33.11 
 
 		 195 aa  80.1  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  29.88 
 
 		 593 aa  79.7  0.00000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  32.47 
 
 		 191 aa  79.7  0.00000000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01231  shikimate kinase  30.23 
 
 		 197 aa  79.7  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.428162 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  35.33 
 
 		 174 aa  79.3  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  34.81 
 
 		 216 aa  79  0.00000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.56 
 
 		 579 aa  79  0.00000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.56 
 
 		 604 aa  79  0.00000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  31.55 
 
 		 615 aa  77.8  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  33.12 
 
 		 177 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  32.9 
 
 		 170 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  28.57 
 
 		 185 aa  77.8  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  35.66 
 
 		 183 aa  78.2  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  38.03 
 
 		 182 aa  77.8  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  31.95 
 
 		 187 aa  77.8  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  33.56 
 
 		 579 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  28.99 
 
 		 185 aa  77.4  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  32.72 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  30.43 
 
 		 190 aa  77.4  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  33.55 
 
 		 183 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  31.61 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  33.12 
 
 		 170 aa  76.6  0.0000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  27.81 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  28.57 
 
 		 185 aa  76.6  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  30.54 
 
 		 180 aa  75.9  0.0000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  35.06 
 
 		 179 aa  76.3  0.0000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  29.7 
 
 		 196 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  30.3 
 
 		 196 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  32.28 
 
 		 203 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  34.44 
 
 		 173 aa  75.1  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  33.53 
 
 		 175 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  30.82 
 
 		 197 aa  74.7  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  31.02 
 
 		 202 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  30.94 
 
 		 190 aa  74.7  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  32.02 
 
 		 462 aa  74.3  0.000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  31.93 
 
 		 178 aa  74.3  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  32.91 
 
 		 184 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  31.4 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  28.99 
 
 		 176 aa  73.9  0.000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  31.51 
 
 		 192 aa  73.9  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  32.47 
 
 		 170 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  32.32 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>