249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_0075 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_0075  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 84 aa  174  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1429  RNA chaperone Hfq  92.77 
 
 		 83 aa  160  5.0000000000000005e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.180806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1095  RNA chaperone Hfq  90.24 
 
 		 83 aa  153  6e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1175  RNA chaperone Hfq  90.24 
 
 		 83 aa  153  6e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.843427  normal  0.622907 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2192  RNA chaperone Hfq  92.41 
 
 		 81 aa  152  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5014  RNA chaperone Hfq  87.8 
 
 		 83 aa  152  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0484733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1877  RNA-binding protein Hfq  89.74 
 
 		 89 aa  147  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.542624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2302  host factor Hfq  89.02 
 
 		 82 aa  147  6e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.232756  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2603  RNA-binding protein Hfq  87.18 
 
 		 89 aa  144  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0475975  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1220  RNA-binding protein Hfq  83.54 
 
 		 79 aa  141  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00041911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2863  RNA chaperone Hfq  82.5 
 
 		 80 aa  140  8e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1156  RNA-binding protein Hfq  83.54 
 
 		 79 aa  139  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1064  RNA-binding protein Hfq  83.54 
 
 		 79 aa  139  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2081  RNA-binding protein Hfq  81.01 
 
 		 79 aa  137  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0916086  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2101  RNA-binding protein Hfq  79.75 
 
 		 79 aa  136  8.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0726249  normal  0.0347469 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3385  RNA-binding protein Hfq  82.05 
 
 		 78 aa  134  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1991  RNA-binding protein Hfq  79.75 
 
 		 96 aa  134  4e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.423806  normal  0.0165954 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2980  RNA-binding protein Hfq  79.49 
 
 		 78 aa  134  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2222  RNA-binding protein Hfq  87.32 
 
 		 79 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.388443  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1340  RNA-binding protein Hfq  87.32 
 
 		 79 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256557  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2184  RNA-binding protein Hfq  87.32 
 
 		 79 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1101  RNA-binding protein Hfq  87.32 
 
 		 79 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.306857  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2239  RNA-binding protein Hfq  87.32 
 
 		 79 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.245195  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1718  RNA-binding protein Hfq  87.32 
 
 		 80 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1745  RNA-binding protein Hfq  87.32 
 
 		 80 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1829  RNA-binding protein Hfq  87.32 
 
 		 79 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0067  RNA-binding protein Hfq  87.32 
 
 		 79 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0573116  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5108  RNA-binding protein Hfq  87.32 
 
 		 79 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.203051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1468  RNA-binding protein Hfq  87.32 
 
 		 79 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.859104  normal  0.368277 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2536  RNA-binding protein Hfq  87.32 
 
 		 78 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.011646  hitchhiker  0.0000364006 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1599  RNA-binding protein Hfq  87.32 
 
 		 78 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00956933  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6272  RNA-binding protein Hfq  87.32 
 
 		 79 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.298535  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1415  RNA-binding protein Hfq  87.32 
 
 		 78 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000152957 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1831  RNA-binding protein Hfq  87.32 
 
 		 79 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.781797  normal  0.415294 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1807  RNA-binding protein Hfq  87.32 
 
 		 79 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1589  RNA-binding protein Hfq  86.96 
 
 		 81 aa  131  3.9999999999999996e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000194767 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0447  RNA-binding protein Hfq  74.07 
 
 		 81 aa  129  9e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1286  RNA chaperone Hfq  80.26 
 
 		 80 aa  128  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.519898  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0669  RNA chaperone Hfq  77.63 
 
 		 80 aa  126  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3919  RNA-binding protein Hfq  70.37 
 
 		 99 aa  122  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0446304  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3978  RNA chaperone Hfq  70 
 
 		 83 aa  122  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0431  RNA-binding protein Hfq  72.15 
 
 		 102 aa  121  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000376356  unclonable  0.0000000212811 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  76.39 
 
 		 82 aa  120  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3205  host factor Hfq  75 
 
 		 89 aa  121  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148283  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  77.22 
 
 		 90 aa  121  4e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4170  RNA chaperone Hfq  68.24 
 
 		 94 aa  120  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0476291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0797  RNA chaperone Hfq  71.08 
 
 		 93 aa  120  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733569  hitchhiker  0.00597566 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  68.24 
 
 		 86 aa  120  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4722  RNA-binding protein Hfq  71.25 
 
 		 102 aa  120  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4629  RNA-binding protein Hfq  71.25 
 
 		 102 aa  120  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4639  RNA-binding protein Hfq  71.25 
 
 		 102 aa  120  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.139289  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4758  RNA-binding protein Hfq  71.25 
 
 		 102 aa  120  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3653  RNA-binding protein Hfq  69.62 
 
 		 101 aa  120  8e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.588771  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3799  RNA-binding protein Hfq  69.62 
 
 		 101 aa  120  8e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00202048  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0699  RNA-binding protein Hfq  69.62 
 
 		 101 aa  120  8e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3721  RNA-binding protein Hfq  69.14 
 
 		 99 aa  120  9e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000253579  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0897  RNA chaperone Hfq  75.34 
 
 		 80 aa  120  9e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.301883  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0496  RNA chaperone Hfq  82.35 
 
 		 84 aa  119  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0593828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  70 
 
 		 102 aa  119  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0821  RNA chaperone Hfq  72 
 
 		 201 aa  119  9.999999999999999e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3238  RNA chaperone Hfq  78.79 
 
 		 77 aa  119  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04039  RNA-binding protein Hfq  70 
 
 		 102 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0456989  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  70 
 
 		 102 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0325  host factor-I protein  65.43 
 
 		 83 aa  118  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4643  RNA-binding protein Hfq  70 
 
 		 102 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5688  RNA-binding protein Hfq  70 
 
 		 102 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  66.67 
 
 		 82 aa  119  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04001  hypothetical protein  70 
 
 		 102 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0345418  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2758  RNA-binding protein Hfq  76 
 
 		 87 aa  119  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269118  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3841  RNA-binding protein Hfq  70 
 
 		 102 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0120982  unclonable  0.00000000853498 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0535  RNA-binding protein Hfq  72.73 
 
 		 99 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000282638  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4414  RNA-binding protein Hfq  70 
 
 		 102 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112271  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4730  RNA-binding protein Hfq  70 
 
 		 102 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.528458  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0492  RNA-binding protein Hfq  72.73 
 
 		 99 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00316881  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4779  RNA-binding protein Hfq  70 
 
 		 102 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00124447  normal  0.127412 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07540  RNA-binding protein Hfq  68.67 
 
 		 84 aa  118  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5673  RNA-binding protein Hfq  69.14 
 
 		 82 aa  118  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0355  RNA-binding protein Hfq  72.5 
 
 		 103 aa  118  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0252672  hitchhiker  0.00389143 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65310  RNA-binding protein Hfq  69.14 
 
 		 82 aa  118  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3025  host factor-I protein  68.35 
 
 		 91 aa  118  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0026686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  73.97 
 
 		 90 aa  118  3.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1493  host factor Hfq  69.62 
 
 		 183 aa  117  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3540  RNA chaperone Hfq  69.23 
 
 		 92 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.132549  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0921  RNA-binding protein Hfq  69.62 
 
 		 183 aa  117  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002259  RNA-binding protein Hfq  75.68 
 
 		 87 aa  117  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.912109  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0566  RNA chaperone Hfq  75.71 
 
 		 92 aa  117  6e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0286817  normal  0.207792 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2777  RNA-binding protein Hfq  77.46 
 
 		 88 aa  117  7e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.909441  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1884  RNA chaperone Hfq  69.23 
 
 		 88 aa  117  7e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00094  RNA-binding protein Hfq  75.68 
 
 		 87 aa  117  7e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0573  RNA chaperone Hfq  70.51 
 
 		 89 aa  117  7e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174076  hitchhiker  0.000000000517763 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1559  RNA chaperone Hfq  69.23 
 
 		 88 aa  117  7e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.192347  unclonable  0.0000000000337191 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1277  host factor Hfq  70.27 
 
 		 83 aa  116  9e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.94018  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3311  RNA chaperone Hfq  70.73 
 
 		 85 aa  116  9e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486536  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1471  RNA-binding protein Hfq  80.6 
 
 		 91 aa  115  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1105  RNA-binding protein Hfq  78.79 
 
 		 96 aa  116  9.999999999999999e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  67.07 
 
 		 86 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0603  host factor-I protein  81.25 
 
 		 90 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3710  RNA chaperone Hfq  81.25 
 
 		 90 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.42469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3893  RNA chaperone Hfq  81.25 
 
 		 90 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0570071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3767  RNA chaperone Hfq  81.25 
 
 		 90 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00011566  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>