139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_R0024 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_R0024  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0014  tRNA-Cys  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0019  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.644685  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0016  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.47627  normal  0.431701 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0037  tRNA-Cys  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.659023  normal  0.593785 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0045  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.155229 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0047  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.603755  normal  0.101389 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0050  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000242266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0047  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.314349  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00030  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000465953  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0045  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000913492  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0037  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348473  normal  0.348376 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Cys-2  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0528288  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2682  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000012319  normal  0.0455137 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0060  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0916033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0020  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.26604  normal  0.28588 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2880  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1177  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000000957331  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1273  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  hitchhiker  0.000536522 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1743  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0319496  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0050  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000510343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0055  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0117277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0022  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.230202  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2106  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000475423  hitchhiker  1.49698e-16 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0038  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0035978  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0036  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.423302  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0038  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0012  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.245718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2453  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.287104  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2828  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0221727  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2765  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0332395  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2099  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000300865  normal  0.0154301 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2825  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2158  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  hitchhiker  0.000000000143723 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1300  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000293612  hitchhiker  0.000000418527 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1776  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00638418  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0050  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.019086  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0048  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0059965  normal  0.349002 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0037  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.489649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0038  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.292986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0984  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000166451  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4670  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.8536599999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5038  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000304834  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0056  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00141577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0046  tRNA-Cys  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0953188  normal  0.971333 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0090  tRNA-Cys  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00230411  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0046  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0038  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0039  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.217901 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tCys01  tRNA-Cys  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0071  tRNA-Cys  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0114475  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0073  tRNA-Cys  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000369177  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2056  tRNA-Cys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000925021  hitchhiker  0.000585084 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4237  tRNA-Cys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.48815e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t034  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t042  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0051  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.046905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0056  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.432315  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0065  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000190442  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0083  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000521603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0093  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000115835  hitchhiker  0.00000126474 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0083  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000198028  normal  0.283647 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0097  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00055295  hitchhiker  0.00188437 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0057  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.118539  normal  0.121245 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0080  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000246163  normal  0.0500468 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0090  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  0.0212765 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0062  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000588832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0068  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000602799  normal  0.450807 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t063  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000070127  hitchhiker  0.00000000885042 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t02  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0046  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000220142  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0058  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000366309  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0062  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000739962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0066  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000241588  normal  0.915141 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0043  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000926476  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0058  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.392765  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0053  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.046905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0060  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000314996  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0068  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000111443  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0041  tRNA-Cys  90 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034808 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0087  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0090  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0094  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242696  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0096  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00280984  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0099  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00219559  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0101  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00407806  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0103  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00197165  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0070  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000013606  normal  0.202636 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0078  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0197112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0057  tRNA-Cys  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.680669  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t072  tRNA-Cys  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000613196  normal  0.0212572 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0049  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0852361  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0038  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0024  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.85349  decreased coverage  0.000572692 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3176t  tRNA-Cys  90.38 
 
 		 71 bp  63.9  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000794009  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t59  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23444  normal  0.0400691 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0049  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.650084 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0033  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.109964  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0073  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.091827  normal  0.542101 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0702  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.109988  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>