299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_R0010 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_R0010  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0033  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.140057 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0040  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0034  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.139081 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0048  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0043  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0523959 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0028  tRNA-Lys  98.61 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000473663  hitchhiker  0.000687264 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0083  tRNA-Lys  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0014  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000717707 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0082  tRNA-Lys  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0081  tRNA-Lys  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS04002  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000208325  normal  0.100759 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2817  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510108  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2266  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.279607  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0071  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0421157  hitchhiker  0.003467 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0012  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0061328  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0013  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0641793  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0013  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00193967  normal  0.0198521 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0338  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.12303  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0148  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.530718  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0120  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2342  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108735  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0076  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41661  normal  0.163514 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0010  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00296143  hitchhiker  0.00854354 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0017  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0143613  normal  0.44726 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0017  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000270775  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0018  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000139962  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0050  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00633493  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0140  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0076  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000822229  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0073  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.576385  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0076  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.373863  normal  0.566101 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0020  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0002  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.099087  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0083  tRNA-Lys  100 
 
 
73 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.456541  normal  0.8786 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0040  tRNA-Lys  92.96 
 
 
76 bp  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0004  tRNA-Lys  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.912706  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0008  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.40155  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS04831  tRNA-Lys  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0006  tRNA-Lys  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.276121  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0045  tRNA-Lys  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000363633  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0035  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.292449  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0039  tRNA-Lys  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0035  tRNA-Lys  97.67 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198298 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  92.59 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0048  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.780393  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0132  tRNA-Lys  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0291  tRNA-Lys  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0054  tRNA-Lys  92.16 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0051  tRNA-Lys  87.14 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0146839  normal  0.022056 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26570  tRNA-Lys  87.14 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000438766  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0036  tRNA-Lys  95.24 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0021  tRNA-Lys  97.37 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0031  tRNA-Lys  95.24 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0028  tRNA-Lys  95.24 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.196186  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0010  tRNA-Lys  95.24 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0023  tRNA-Lys  95.24 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0320395 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0043  tRNA-Lys  95.24 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.465009  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  97.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0071  tRNA-Lys  86.96 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.641081  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0035  tRNA-Lys  97.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0989882  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  97.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0036  tRNA-Lys  97.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.415695  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys01  tRNA-Lys  93.18 
 
 
79 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000157886  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys02  tRNA-Lys  93.18 
 
 
79 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000433132  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys03  tRNA-Lys  93.18 
 
 
79 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00045675  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1934  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.810073  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  90.38 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0015  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0010  tRNA-Lys  91.49 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0550905 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0008  tRNA-Lys  93.02 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.054171  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  97.06 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2658  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0806589  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    97.06 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3259  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3206  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1952  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0021  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13563  hitchhiker  0.00625278 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  97.06 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  97.06 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  97.06 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  97.06 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0060  tRNA-Lys  88.89 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268431  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  97.06 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  97.06 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3244  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.489776  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  97.06 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  97.06 
 
 
78 bp  60  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0064  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0550345  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0012  tRNA-Lys  97.06 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0006  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.711036 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0011  tRNA-Lys  97.06 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0058  tRNA-Lys  88.89 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.314069  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  97.06 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  97.06 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0824  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  97.06 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.972639 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>