More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6380 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
241 aa  471  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  64.83 
 
 
239 aa  287  9e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  65.09 
 
 
239 aa  281  7.000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  55.91 
 
 
226 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  55.08 
 
 
234 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  54.66 
 
 
234 aa  207  8e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  52.17 
 
 
231 aa  192  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  52.17 
 
 
231 aa  192  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1500  RNA polymerase sigma factor  52.17 
 
 
235 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0073  RNA polymerase sigma factor  52.17 
 
 
235 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1217  RNA polymerase sigma factor  52.17 
 
 
231 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  53.36 
 
 
231 aa  191  6e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0061  RNA polymerase sigma factor  52.7 
 
 
222 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6256  RNA polymerase sigma factor  53.15 
 
 
237 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.21 
 
 
243 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.75 
 
 
243 aa  171  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  41.36 
 
 
236 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  46.3 
 
 
228 aa  167  1e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  46.3 
 
 
228 aa  166  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  45.5 
 
 
223 aa  165  6.9999999999999995e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  40.91 
 
 
237 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.1 
 
 
226 aa  156  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.83 
 
 
225 aa  155  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  41.52 
 
 
244 aa  154  9e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  41.67 
 
 
230 aa  154  1e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  41.74 
 
 
223 aa  154  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  40.61 
 
 
229 aa  149  5e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  40.97 
 
 
226 aa  148  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  40.93 
 
 
230 aa  148  8e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  44.39 
 
 
229 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3426  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.59 
 
 
229 aa  131  7.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.307484  normal  0.28274 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.92 
 
 
222 aa  120  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.63 
 
 
226 aa  120  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4850  RNA polymerase sigma factor  30.57 
 
 
221 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.662783  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.48 
 
 
193 aa  119  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  37 
 
 
211 aa  119  4.9999999999999996e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.84 
 
 
185 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.63 
 
 
220 aa  109  5e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0803  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.8 
 
 
184 aa  108  8.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.22 
 
 
189 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.96 
 
 
198 aa  107  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.38 
 
 
206 aa  106  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.68 
 
 
193 aa  106  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.15 
 
 
192 aa  105  7e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.22 
 
 
200 aa  104  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.93 
 
 
209 aa  104  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.2 
 
 
199 aa  103  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.94 
 
 
193 aa  102  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.16 
 
 
208 aa  102  5e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.212033  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.94 
 
 
193 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.94 
 
 
193 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.94 
 
 
193 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.94 
 
 
193 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
192 aa  102  8e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  38.04 
 
 
200 aa  101  9e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4992  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.67 
 
 
208 aa  101  9e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.94 
 
 
193 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.53 
 
 
192 aa  101  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  30 
 
 
192 aa  101  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.94 
 
 
193 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.76 
 
 
192 aa  101  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.94 
 
 
192 aa  101  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
208 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.53 
 
 
192 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.94 
 
 
193 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.41 
 
 
193 aa  99.4  4e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.53 
 
 
192 aa  99.4  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2611  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.69 
 
 
184 aa  99.8  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37 
 
 
200 aa  99  6e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.61 
 
 
223 aa  99  6e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0794  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  29.61 
 
 
228 aa  98.6  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.078533  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  31.94 
 
 
193 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  36.96 
 
 
187 aa  98.6  7e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9040  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.44 
 
 
219 aa  98.6  7e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  32.96 
 
 
208 aa  98.6  8e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.95 
 
 
190 aa  98.6  8e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.96 
 
 
208 aa  98.6  8e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.22 
 
 
199 aa  97.8  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.36 
 
 
216 aa  97.8  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1596  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.17 
 
 
235 aa  98.2  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
191 aa  97.8  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.33 
 
 
198 aa  97.8  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.71 
 
 
224 aa  98.2  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.69 
 
 
206 aa  97.4  2e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.69 
 
 
206 aa  97.4  2e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01711  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.59 
 
 
206 aa  97.1  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45569  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.47 
 
 
192 aa  96.7  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 
199 aa  96.7  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.47 
 
 
192 aa  96.7  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.47 
 
 
192 aa  96.7  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 
199 aa  96.7  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.47 
 
 
192 aa  96.7  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.14 
 
 
199 aa  95.9  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.98 
 
 
194 aa  96.3  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.602875  normal  0.18502 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4855  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40 
 
 
208 aa  96.3  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.224896 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 
205 aa  96.3  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 
205 aa  96.3  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
194 aa  96.3  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
199 aa  95.5  6e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3676  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.89 
 
 
191 aa  95.5  7e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302795  normal  0.408035 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>