225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6367 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6367  hypothetical protein  100 
 
 
254 aa  507  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0512992  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05397  hypothetical protein  66.4 
 
 
260 aa  337  8e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.491165 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2917  LamB/YcsF family protein  68.25 
 
 
256 aa  331  5e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0902  LamB/YcsF family protein  56.4 
 
 
255 aa  272  4e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.773139  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7659  LamB/YcsF family protein  53.78 
 
 
255 aa  261  6e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.54081  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2592  LamB/YcsF family protein  52.23 
 
 
256 aa  254  7e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1526  LamB/YcsF family protein  49.58 
 
 
255 aa  247  1e-64  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1712  LamB/YcsF family protein  49.58 
 
 
255 aa  246  2e-64  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  decreased coverage  0.00394761  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1899  LamB/YcsF family protein  49.17 
 
 
255 aa  246  3e-64  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0519  LamB/YcsF family protein  55.92 
 
 
256 aa  244  9e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4552  LamB/YcsF family protein  52.28 
 
 
255 aa  231  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.152048 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5021  LamB/YcsF family protein  53.72 
 
 
260 aa  229  3e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0831182 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7092  hypothetical protein  52.87 
 
 
251 aa  229  4e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.105335  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6367  LamB/YcsF family protein  51.04 
 
 
255 aa  228  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.826752 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3426  LamB/YcsF family protein  46.83 
 
 
256 aa  227  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.864417  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2042  LamB/YcsF family protein  47.58 
 
 
255 aa  226  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4134  LamB/YcsF family protein  46.91 
 
 
257 aa  226  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.607272 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3454  LamB/YcsF family protein  48.56 
 
 
256 aa  226  3e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3099  LamB/YcsF family protein  48.56 
 
 
256 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.489969 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0497  LamB/YcsF family protein  47.76 
 
 
254 aa  225  5e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2956  LamB/YcsF family protein  48.39 
 
 
254 aa  225  5e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0465  LamB/YcsF family protein  50 
 
 
261 aa  225  5e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2634  LamB/YcsF family protein  47.64 
 
 
254 aa  225  5e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.412357  decreased coverage  4.04715e-05 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3140  LamB/YcsF family protein  50.41 
 
 
258 aa  224  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3513  LamB/YcsF family protein  51.23 
 
 
251 aa  224  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.655915 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3294  LamB/YcsF family protein  48.57 
 
 
255 aa  223  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0708  LamB/YcsF family protein  47.6 
 
 
258 aa  223  3e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00425486  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2834  LamB/YcsF family protein  48.03 
 
 
254 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886287  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4561  LamB/YcsF family protein  52.89 
 
 
260 aa  222  5e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal  0.157453 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1948  LamB/YcsF family protein  45.08 
 
 
251 aa  222  5e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000410312  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5814  LamB/YcsF family protein  48.16 
 
 
257 aa  221  8e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492113  normal  0.0676141 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2043  LamB/YcsF family protein  46.61 
 
 
256 aa  221  1e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.815905 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6351  LamB/YcsF family protein  51.65 
 
 
254 aa  219  3e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1103  LamB/YcsF family protein  49.38 
 
 
255 aa  218  5e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0380368  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3392  LamB/YcsF family protein  46.64 
 
 
253 aa  216  3e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0612122 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2622  LamB/YcsF family protein  47.97 
 
 
255 aa  216  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.180431 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1594  LamB/YcsF family protein  42 
 
 
256 aa  215  7e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5650  LamB/YcsF family protein  45.2 
 
 
255 aa  215  7e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5378  LamB/YcsF family protein  46.06 
 
 
256 aa  214  1e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5077  LamB/YcsF family protein  50.6 
 
 
255 aa  214  1e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.709601  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3118  LamB/YcsF family protein  42.8 
 
 
253 aa  213  2e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000358938  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5728  LamB/YcsF family protein  47.95 
 
 
252 aa  213  2e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.536045  normal  0.717107 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2060  LamB/YcsF family protein  43.72 
 
 
252 aa  213  3e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.284201  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2847  LamB/YcsF family protein  42.39 
 
 
253 aa  213  3e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2150  LamB/YcsF family protein  42.8 
 
 
253 aa  212  4e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1504  LamB/YcsF family protein  48.41 
 
 
262 aa  212  4e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2074  LamB/YcsF family protein  44.67 
 
 
250 aa  212  5e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.910264  normal  0.628028 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1143  LamB/YcsF family protein  43.27 
 
 
257 aa  211  6e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.395519  normal  0.256013 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3119  LamB/YcsF family protein  42.8 
 
 
253 aa  211  7e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5851  LamB/YcsF family protein  45.42 
 
 
254 aa  211  9e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2055  LamB/YcsF family protein  48.35 
 
 
257 aa  210  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2401  LamB/YcsF family protein  49.42 
 
 
258 aa  210  1e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2872  LamB/YcsF family protein  42.39 
 
 
254 aa  210  2e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3100  LamB/YcsF family protein  42.32 
 
 
253 aa  209  2e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2808  LamB/YcsF family protein  42.74 
 
 
253 aa  209  3e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0374  LamB/YcsF family protein  46 
 
 
274 aa  209  4e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.336565 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2272  LamB/YcsF family protein  47.11 
 
 
255 aa  209  4e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2880  LamB/YcsF family protein  41.91 
 
 
253 aa  208  7e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.178795  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3095  LamB/YcsF family protein  41.91 
 
 
253 aa  208  7e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3086  LamB/YcsF family protein  41.15 
 
 
253 aa  208  7e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.621895  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00400  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  50.41 
 
 
252 aa  208  8e-53  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.736442 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0476  LamB/YcsF family protein  49.19 
 
 
260 aa  207  1e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.26266  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2026  LamB/YcsF family protein  46.28 
 
 
256 aa  207  1e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0388826 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01950  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  44.44 
 
 
255 aa  207  1e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.581711 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1503  LamB/YcsF family protein  45.16 
 
 
255 aa  207  1e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0456158 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1269  LamB/YcsF family protein  41.32 
 
 
255 aa  207  1e-52  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2905  LamB/YcsF family protein  47.54 
 
 
250 aa  207  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.493812 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3352  LamB/YcsF family protein  48.76 
 
 
253 aa  205  6e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1341  LamB/YcsF family protein  44.8 
 
 
255 aa  204  9e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0173  LamB/YcsF family protein  42.92 
 
 
254 aa  204  1e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1829  LamB/YcsF family protein  44.77 
 
 
242 aa  204  2e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.548363  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5927  LamB/YcsF family protein  48.22 
 
 
252 aa  201  8e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.286455  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0193  LamB/YcsF family protein  45.9 
 
 
250 aa  200  2e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1386  LamB/YcsF family protein  45.82 
 
 
266 aa  200  2e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.624042 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0083  LamB/YcsF family protein  50 
 
 
304 aa  200  2e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5327  LamB/YcsF family protein  45.57 
 
 
254 aa  199  4e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1970  LamB/YcsF family protein  45.08 
 
 
254 aa  199  4e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.149579  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0089  LamB/YcsF family protein  47.06 
 
 
246 aa  199  4e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0380957  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0592  LamB/YcsF family protein  46.69 
 
 
264 aa  199  4e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0413581  normal  0.62944 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0064  LamB/YcsF family protein  45.8 
 
 
246 aa  198  7e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0228  LamB/YcsF family protein  45.49 
 
 
254 aa  198  7e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0320  LamB/YcsF family protein  48.15 
 
 
257 aa  198  8e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0177  LamB/YcsF family protein  45.04 
 
 
252 aa  197  1e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0099  LamB/YcsF family protein  46.34 
 
 
254 aa  197  1e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0180068 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19260  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  49.19 
 
 
255 aa  196  2e-49  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2973  LamB/YcsF family protein  46.18 
 
 
301 aa  196  2e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0191185  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3309  LamB/YcsF family protein  44.26 
 
 
254 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.716241  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2338  LamB/YcsF family protein  43.2 
 
 
256 aa  196  3e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2425  LamB/YcsF family protein  46.09 
 
 
274 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.16977  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3058  LamB/YcsF family protein  46.09 
 
 
254 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0249954 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2113  LamB/YcsF family protein  44.26 
 
 
254 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3370  LamB/YcsF family protein  44.26 
 
 
254 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3039  LamB/YcsF family protein  46.09 
 
 
274 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.596492  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3743  LamB/YcsF family protein  45.08 
 
 
250 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal  0.479135 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2978  LamB/YcsF family protein  44.26 
 
 
254 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.8067  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2802  LamB/YcsF family protein  46.38 
 
 
273 aa  196  4e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0447  LamB/YcsF family protein  44.26 
 
 
262 aa  195  5e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09670  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  46.09 
 
 
253 aa  195  5e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.673064  normal  0.33099 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1696  LamB/YcsF family protein  40.98 
 
 
250 aa  195  6e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0251  LamB/YcsF family protein  44.26 
 
 
254 aa  195  6e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>