51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6349 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6349  Putative protein involved in formation of curli polymers-like protein  100 
 
 		 467 aa  944    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2651  HfaB protein  37.42 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1082  HfaB protein  37.36 
 
 		 334 aa  154  5e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.167536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2748  HfaB protein  37.04 
 
 		 287 aa  146  6e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.941879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3727  HfaB protein  33.85 
 
 		 336 aa  137  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1066  curli production assembly/transport component CsgG  35.06 
 
 		 271 aa  107  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1416  curli production assembly/transport subunit CsgG  27.11 
 
 		 277 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0591449 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1520  curli production assembly/transport component CsgG  30.62 
 
 		 283 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.301126  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2419  curli production assembly/transport component CsgG  28.57 
 
 		 308 aa  66.6  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.139852 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2608  Curli production assembly/transport component CsgG  26.74 
 
 		 277 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0251589  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01041  hypothetical protein  26.74 
 
 		 277 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.756314  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2096  curli production assembly/transport subunit CsgG  26.74 
 
 		 277 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.832846 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2562  curli production assembly/transport component CsgG  26.74 
 
 		 277 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.25398 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1156  curli production assembly/transport subunit CsgG  26.74 
 
 		 277 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01034  outer membrane lipoprotein  26.74 
 
 		 277 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.743614  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1155  curli production assembly/transport subunit CsgG  26.74 
 
 		 277 aa  65.1  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.411032  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1729  curli production assembly/transport component CsgG  29.95 
 
 		 282 aa  64.3  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.214664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2588  curli production assembly/transport component CsgG  25.27 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2732  putative curli production assembly/transport component csgg precursor  28.96 
 
 		 313 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0569292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1276  curli production assembly/transport component CsgG  28.97 
 
 		 313 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1820  curli production assembly/transport component CsgG  28.23 
 
 		 282 aa  62  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0010127  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2234  curli production assembly/transport component CsgG  26.17 
 
 		 277 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.734266 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2051  curli production assembly/transport component CsgG  26.17 
 
 		 277 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.351157  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1205  curli production assembly/transport component CsgG  26.17 
 
 		 277 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.749123  normal  0.584294 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1250  curli production assembly/transport component CsgG  26.17 
 
 		 277 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.589697 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1235  curli production assembly/transport component CsgG  26.17 
 
 		 277 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.947173 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1553  curli production assembly/transport component CsgG  25.81 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.301914  normal  0.209181 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0030  Curli production assembly/transport component CsgG  28.11 
 
 		 307 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.133065 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2857  curli production assembly/transport component CsgG, putative  25.65 
 
 		 261 aa  57.4  0.0000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.680035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2351  curli production assembly/transport component CsgG  27.27 
 
 		 454 aa  55.1  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2474  curli production assembly/transport component CsgG  26.81 
 
 		 283 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.248627 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01506  putative transport protein for curli synthesis  23.81 
 
 		 253 aa  53.1  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1026  Curli production assembly/transport component CsgG  24.47 
 
 		 268 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3334  curli production assembly/transport component CsgG  24.47 
 
 		 268 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3253  curli production assembly/transport component CsgG  24.18 
 
 		 268 aa  53.1  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2984  curli production assembly/transport component CsgG  25.24 
 
 		 268 aa  52.8  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0643  curli production assembly/transport component CsgG  26.17 
 
 		 255 aa  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140532  unclonable  0.000000015798 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1038  curli production assembly/transport component CsgG  24.47 
 
 		 268 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2299  curli production assembly/transport component CsgG  26.98 
 
 		 283 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4730  Curli production assembly/transport component CsgG  26.29 
 
 		 478 aa  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.509697 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0870  curli production assembly/transport component CsgG  23.38 
 
 		 268 aa  51.6  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3152  curli production assembly/transport component CsgG  23.38 
 
 		 268 aa  51.6  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1005  curli production assembly/transport component CsgG  24.29 
 
 		 268 aa  52  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3472  curli production assembly/transport component CsgG  26.98 
 
 		 282 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.669591 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2465  curli production assembly/transport component CsgG  26.98 
 
 		 283 aa  50.4  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3685  curli production assembly/transport component CsgG, putative  22.79 
 
 		 268 aa  49.7  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1993  curli production assembly/transport component CsgG  25.37 
 
 		 286 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00606032  normal  0.0509044 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3754  Curli production assembly/transport component CsgG  25.41 
 
 		 291 aa  47.4  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.845428  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0971  curli production assembly/transport component CsgG  22.14 
 
 		 265 aa  45.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0873  hypothetical protein  23.78 
 
 		 517 aa  44.7  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.76679  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6061  Curli production assembly/transport component CsgG  27.52 
 
 		 476 aa  43.9  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>