More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6181 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 537 aa  1103    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3769  AMP-dependent synthetase and ligase  49.32 
 
 		 568 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.43817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  43.09 
 
 		 538 aa  429  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.402279 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1495  AMP-dependent synthetase and ligase  42.51 
 
 		 541 aa  392  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  41.77 
 
 		 544 aa  378  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1334  AMP-dependent synthetase and ligase  40.66 
 
 		 538 aa  369  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.149861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  34.81 
 
 		 509 aa  250  4e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.71 
 
 		 534 aa  248  2e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.52 
 
 		 534 aa  247  4e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  36.89 
 
 		 535 aa  238  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 		 544 aa  236  7e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 		 551 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 517 aa  232  1e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  35.85 
 
 		 549 aa  232  1e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.69 
 
 		 518 aa  231  3e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  34.09 
 
 		 545 aa  223  6e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  35.51 
 
 		 550 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.28 
 
 		 517 aa  221  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  32.38 
 
 		 490 aa  217  4e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.65 
 
 		 517 aa  211  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2066  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 		 527 aa  207  3e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  31.67 
 
 		 512 aa  207  4e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  31.02 
 
 		 509 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  32.61 
 
 		 511 aa  204  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  32.52 
 
 		 492 aa  203  7e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3345  acid-CoA ligase family protein  31.01 
 
 		 547 aa  200  5e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  31.76 
 
 		 525 aa  200  5e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  32.26 
 
 		 532 aa  199  1.0000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4269  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 539 aa  197  5.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772082  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  32.41 
 
 		 500 aa  196  1e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.97 
 
 		 517 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.15 
 
 		 516 aa  196  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  32.49 
 
 		 520 aa  194  4e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.77 
 
 		 517 aa  194  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.57 
 
 		 517 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.57 
 
 		 517 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.77 
 
 		 517 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2709  AMP-dependent synthetase and ligase  34.71 
 
 		 531 aa  192  1e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0786644  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3855  AMP-dependent synthetase and ligase  32.04 
 
 		 550 aa  191  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.27 
 
 		 537 aa  192  2e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2837  AMP-dependent synthetase and ligase  32.14 
 
 		 554 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.336629  normal  0.585824 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 506 aa  191  4e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0894  acyl-CoA synthetase  32.83 
 
 		 520 aa  190  7e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.493906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  34.3 
 
 		 535 aa  189  8e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.09 
 
 		 513 aa  189  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.71 
 
 		 514 aa  189  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  33.21 
 
 		 513 aa  188  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2884  AMP-dependent synthetase and ligase  33.61 
 
 		 807 aa  187  5e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.17736  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3550  AMP-dependent synthetase and ligase  33.01 
 
 		 520 aa  187  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  29.92 
 
 		 520 aa  187  6e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.41 
 
 		 538 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  31.21 
 
 		 554 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.909948 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  29.56 
 
 		 510 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3532  AMP-binding enzyme  31.16 
 
 		 554 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.291256  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3818  AMP-dependent synthetase and ligase  33.68 
 
 		 501 aa  184  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7121  AMP-dependent synthetase and ligase  31.75 
 
 		 542 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  31.46 
 
 		 512 aa  184  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  31 
 
 		 572 aa  183  6e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  30.14 
 
 		 536 aa  183  8.000000000000001e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1402  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 532 aa  183  8.000000000000001e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2790  malonyl-CoA synthase  32.57 
 
 		 512 aa  183  8.000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  29.9 
 
 		 528 aa  182  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  30.74 
 
 		 514 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3333  AMP-dependent synthetase and ligase  32.24 
 
 		 519 aa  182  1e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01070  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  31.81 
 
 		 516 aa  182  1e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3832  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 509 aa  182  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.66 
 
 		 505 aa  182  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4702  AMP-dependent synthetase and ligase  32.29 
 
 		 506 aa  182  1e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.49 
 
 		 556 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  30.96 
 
 		 515 aa  181  2e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.49 
 
 		 556 aa  182  2e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.49 
 
 		 556 aa  182  2e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  32.62 
 
 		 525 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  35.17 
 
 		 507 aa  181  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 		 505 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  28.29 
 
 		 514 aa  181  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.66 
 
 		 522 aa  181  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  27.66 
 
 		 522 aa  181  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.45 
 
 		 517 aa  180  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  30.91 
 
 		 521 aa  180  4.999999999999999e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.66 
 
 		 512 aa  180  7e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.45 
 
 		 517 aa  180  7e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  27.45 
 
 		 517 aa  180  8e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  31.9 
 
 		 511 aa  178  2e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0588  AMP-dependent synthetase and ligase  30.41 
 
 		 515 aa  178  2e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.204195  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1667  AMP-dependent synthetase and ligase  30.96 
 
 		 528 aa  178  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2096  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  31.14 
 
 		 622 aa  178  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.45 
 
 		 522 aa  178  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.35 
 
 		 570 aa  178  2e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0592  putative AMP-dependent synthetase and ligase  29.9 
 
 		 543 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29458  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  31.41 
 
 		 495 aa  177  3e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  31.52 
 
 		 527 aa  177  4e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.45 
 
 		 522 aa  176  7e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2675  AMP-dependent synthetase and ligase  33.19 
 
 		 501 aa  176  8e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493637  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7147  AMP-dependent synthetase and ligase  30.97 
 
 		 511 aa  175  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0152334 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2539  putative acyl-CoA synthetase  29.4 
 
 		 546 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.389975 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  30.59 
 
 		 576 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  32.39 
 
 		 511 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  29.92 
 
 		 521 aa  175  1.9999999999999998e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2710  AMP-dependent synthetase and ligase  31.59 
 
 		 507 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0406608  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>