More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6126 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  607  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  71.33 
 
 		 295 aa  433  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.99 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.99 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.99 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.99 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.99 
 
 		 303 aa  256  5e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.99 
 
 		 303 aa  255  6e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.99 
 
 		 303 aa  255  6e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.99 
 
 		 303 aa  255  6e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.3 
 
 		 303 aa  255  7e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.57 
 
 		 300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.02 
 
 		 306 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.64 
 
 		 303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.3 
 
 		 303 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.6 
 
 		 303 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.95 
 
 		 303 aa  250  2e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.6 
 
 		 303 aa  249  4e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.95 
 
 		 303 aa  247  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.86 
 
 		 303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.71 
 
 		 304 aa  239  4e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.03 
 
 		 314 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  43.01 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  43.01 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.01 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.36 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.01 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  43.01 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.01 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.01 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.01 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.01 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.66 
 
 		 305 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.66 
 
 		 305 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.66 
 
 		 305 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.66 
 
 		 305 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.66 
 
 		 305 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.36 
 
 		 300 aa  229  5e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.36 
 
 		 308 aa  229  6e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.31 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.66 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.66 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.66 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.55 
 
 		 306 aa  225  6e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.36 
 
 		 307 aa  225  7e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.01 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.21 
 
 		 302 aa  223  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 306 aa  222  6e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 311 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 		 310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 327 aa  219  5e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 308 aa  216  4e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 311 aa  215  5.9999999999999996e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 317 aa  215  8e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  41.33 
 
 		 323 aa  214  9e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.38 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 311 aa  210  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 		 312 aa  208  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  42.03 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  40.96 
 
 		 312 aa  206  4e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.34 
 
 		 334 aa  206  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 317 aa  205  6e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 309 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 295 aa  203  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.12 
 
 		 320 aa  202  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 299 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.31 
 
 		 328 aa  202  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 311 aa  201  9e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 315 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 303 aa  200  3e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 294 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 311 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 295 aa  199  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 305 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 305 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.66 
 
 		 328 aa  198  9e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  40.69 
 
 		 294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  40.07 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.66 
 
 		 323 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.34 
 
 		 322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.31 
 
 		 348 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 322 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.1 
 
 		 320 aa  195  7e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>