More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6072 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 311 aa  637    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  29.48 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 295 aa  123  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 349 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 347 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 345 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 348 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 361 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 332 aa  119  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 321 aa  115  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 302 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 325 aa  113  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.89 
 
 		 320 aa  113  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 306 aa  113  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 307 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  28.89 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 320 aa  109  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 311 aa  109  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 314 aa  108  9.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  25.43 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0237  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 306 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000618389  unclonable  0.0000000000250683 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 297 aa  106  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 297 aa  106  5e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 304 aa  106  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 316 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0229  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.00000000369009  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 299 aa  102  7e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4883  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 301 aa  102  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 296 aa  102  9e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 292 aa  101  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0290  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 309 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000353581  unclonable  0.0000000000404999 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2796  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 309 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000015017  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3600  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.76 
 
 		 322 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326456  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3409  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000205674  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0788  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 334 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0214  transcription regulator protein  27.84 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1794  transcriptional regulator, LysR family  28.26 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 309 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 327 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 309 aa  98.2  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000718825  unclonable  0.0000000000104245 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 314 aa  98.2  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1668  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 296 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.45 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 291 aa  97.1  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 311 aa  97.1  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1939  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 290 aa  96.7  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.514267  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 324 aa  96.7  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 303 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 303 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 297 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 315 aa  95.9  9e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 297 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 297 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 294 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0310  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 292 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418472  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 292 aa  94  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 323 aa  94.4  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 292 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 303 aa  94  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 292 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.21 
 
 		 298 aa  93.6  4e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  27.88 
 
 		 312 aa  93.6  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 313 aa  92.8  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>