More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5976 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3306  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.04 
 
 		 545 aa  662    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135648  normal  0.0145757 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1925  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.31 
 
 		 561 aa  679    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113828  normal  0.439232 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1843  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.75 
 
 		 556 aa  652    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1027  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.78 
 
 		 560 aa  689    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.41 
 
 		 544 aa  672    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1749  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60 
 
 		 542 aa  682    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0360029  normal  0.897782 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1439  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.41 
 
 		 544 aa  672    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.64772  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1203  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.41 
 
 		 544 aa  672    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2171  AMP-dependent synthetase and ligase  59 
 
 		 546 aa  664    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109477 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2946  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.07 
 
 		 546 aa  686    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.916006 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1398  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.38 
 
 		 541 aa  740    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2456  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.18 
 
 		 548 aa  664    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2639  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.44 
 
 		 480 aa  690    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.97 
 
 		 584 aa  688    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.754963  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5208  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.69 
 
 		 547 aa  693    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.592335 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2026  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.22 
 
 		 545 aa  659    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2296  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.41 
 
 		 546 aa  675    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1367  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.51 
 
 		 547 aa  688    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0878998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2141  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.31 
 
 		 589 aa  674    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.109386  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1769  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.78 
 
 		 558 aa  665    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00212051 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2393  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.61 
 
 		 542 aa  651    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0010153  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.06 
 
 		 547 aa  694    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.049446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2579  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.36 
 
 		 542 aa  655    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.76612  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2275  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  59.81 
 
 		 562 aa  674    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0961938  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1837  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  58.29 
 
 		 541 aa  665    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0196277  normal  0.206597 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.41 
 
 		 544 aa  672    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.641249  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2932  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.56 
 
 		 547 aa  653    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0465511  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.92 
 
 		 534 aa  715    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.856558  normal  0.360106 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1799  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.93 
 
 		 547 aa  668    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2335  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.41 
 
 		 546 aa  675    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5976  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 551 aa  1140    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.636472  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6172  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.88 
 
 		 569 aa  691    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489705  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1678  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.85 
 
 		 545 aa  659    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1895  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.69 
 
 		 547 aa  688    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.74 
 
 		 542 aa  707    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.810818 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1455  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.18 
 
 		 542 aa  704    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0933982  hitchhiker  0.0000905753 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1907  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.06 
 
 		 569 aa  694    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.45334  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5305  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.83 
 
 		 549 aa  627  1e-178  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0380  putative acyl-CoA synthetase  57.49 
 
 		 545 aa  625  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  54.85 
 
 		 543 aa  611  1e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7037  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5445  AMP-dependent synthetase and ligase  53.26 
 
 		 544 aa  602  1.0000000000000001e-171  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.513748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  54.9 
 
 		 546 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2845  AMP-dependent synthetase and ligase  53.66 
 
 		 540 aa  597  1e-169  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0622  AMP-dependent synthetase and ligase  53.38 
 
 		 550 aa  590  1e-167  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.49286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3283  AMP-dependent synthetase and ligase  52.4 
 
 		 553 aa  587  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5439  medium-chain-fatty-acid-CoA ligase  52.31 
 
 		 545 aa  585  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0799  putative acyl-CoA synthetase  50.37 
 
 		 546 aa  588  1e-166  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0930157  normal  0.263269 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0437  AMP-dependent synthetase and ligase  51.88 
 
 		 547 aa  579  1e-164  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4824  AMP-dependent synthetase and ligase  52.56 
 
 		 551 aa  581  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.874224 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  50.28 
 
 		 547 aa  573  1.0000000000000001e-162  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000420413  normal  0.904573 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5172  AMP-dependent synthetase and ligase  51.38 
 
 		 549 aa  568  1e-161  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.569954  normal  0.858795 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1585  AMP-dependent synthetase and ligase  51.75 
 
 		 549 aa  567  1e-160  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1913  AMP-dependent synthetase and ligase  49.08 
 
 		 549 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000707868  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4187  AMP-dependent synthetase and ligase  51.5 
 
 		 545 aa  556  1e-157  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.554867  normal  0.517417 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4392  AMP-dependent synthetase and ligase  50.47 
 
 		 542 aa  554  1e-156  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  51.91 
 
 		 533 aa  551  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0260985  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1267  putative acyl-CoA synthetase  49.53 
 
 		 542 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.511865 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0605  AMP-dependent synthetase and ligase  53.48 
 
 		 516 aa  545  1e-154  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.194166  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1316  AMP-dependent synthetase and ligase  52.21 
 
 		 546 aa  546  1e-154  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.561388  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1165  putative acyl-CoA synthetase  49.53 
 
 		 542 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431504  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2733  AMP-dependent synthetase and ligase  52.14 
 
 		 542 aa  546  1e-154  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.996251  normal  0.088635 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4293  putative acyl-CoA synthetase  48.98 
 
 		 542 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0244741 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0759  putative acyl-CoA synthetase  48.61 
 
 		 542 aa  544  1e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153349  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4934  putative acyl-CoA synthetase  48.98 
 
 		 542 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.115365  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0495  AMP-dependent synthetase and ligase  47.67 
 
 		 553 aa  539  9.999999999999999e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.61838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2455  putative acyl-CoA synthetase  48.6 
 
 		 542 aa  537  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.680464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1315  AMP-dependent synthetase and ligase  48.26 
 
 		 965 aa  533  1e-150  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1180  AMP-dependent synthetase and ligase  49.35 
 
 		 534 aa  528  1e-149  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.941071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0617  putative acyl-CoA synthetase  48.97 
 
 		 534 aa  527  1e-148  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.317505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0212  AMP-dependent synthetase and ligase  49.53 
 
 		 539 aa  523  1e-147  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.240297 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0094  AMP-dependent synthetase and ligase  47.03 
 
 		 544 aa  519  1e-146  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  51.02 
 
 		 544 aa  503  1e-141  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1228  AMP-dependent synthetase and ligase  45.79 
 
 		 540 aa  500  1e-140  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2982  AMP-dependent synthetase and ligase  46.04 
 
 		 537 aa  501  1e-140  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.874572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2108  AMP-dependent synthetase and ligase  47.19 
 
 		 539 aa  500  1e-140  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3660  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.47 
 
 		 537 aa  489  1e-137  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00222723  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4136  AMP-dependent synthetase and ligase  48.04 
 
 		 587 aa  491  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.679053  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3649  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.28 
 
 		 537 aa  486  1e-136  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3316  AMP-dependent synthetase and ligase  43.71 
 
 		 537 aa  488  1e-136  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000368323  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1771  AMP-dependent synthetase and ligase  47.96 
 
 		 539 aa  487  1e-136  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301435  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1579  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.71 
 
 		 537 aa  485  1e-136  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000333435  normal  0.0479837 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3641  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.96 
 
 		 537 aa  482  1e-135  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3421  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.96 
 
 		 537 aa  482  1e-135  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000306697  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3382  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.96 
 
 		 537 aa  482  1e-135  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000971977  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3332  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.96 
 
 		 537 aa  482  1e-135  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000121528  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3690  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.96 
 
 		 537 aa  482  1e-135  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281571  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3738  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.15 
 
 		 537 aa  483  1e-135  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.739742  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2358  AMP-dependent synthetase and ligase  47.34 
 
 		 542 aa  481  1e-134  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.594651  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  45.03 
 
 		 565 aa  478  1e-133  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0767  AMP-dependent synthetase and ligase  46.43 
 
 		 542 aa  473  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3348  AMP-dependent synthetase and ligase  43.52 
 
 		 542 aa  473  1e-132  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2273  AMP-dependent synthetase and ligase  44.09 
 
 		 533 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5261  AMP-dependent synthetase and ligase  46.57 
 
 		 548 aa  464  1e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000293821 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2237  AMP-dependent synthetase and ligase  47.65 
 
 		 522 aa  465  1e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0159  AMP-dependent synthetase and ligase  43.67 
 
 		 544 aa  463  1e-129  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.109446  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.78 
 
 		 536 aa  454  1.0000000000000001e-126  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.894837  normal  0.430514 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3198  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.54 
 
 		 543 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.102582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3186  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.54 
 
 		 543 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.894285  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3248  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.54 
 
 		 543 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5711  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.5 
 
 		 546 aa  448  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>