More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5961 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5961  porin Gram-negative type  100 
 
 		 426 aa  845    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116317  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5927  porin  69.84 
 
 		 431 aa  581  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1088  porin  52.14 
 
 		 414 aa  362  7.0000000000000005e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0610  porin Gram-negative type  49.09 
 
 		 400 aa  360  2e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4252  porin  52.18 
 
 		 385 aa  360  3e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73857  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2014  porin  46.79 
 
 		 454 aa  313  2.9999999999999996e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  45.73 
 
 		 387 aa  305  8.000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1085  porin Gram-negative type  46.19 
 
 		 381 aa  305  8.000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.923155  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  42.05 
 
 		 349 aa  247  3e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3158  porin  39.24 
 
 		 368 aa  239  6.999999999999999e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  38.46 
 
 		 348 aa  219  7.999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  37.91 
 
 		 339 aa  214  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  38.46 
 
 		 355 aa  203  6e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4383  putative porin precursor transmembrane protein  35.76 
 
 		 355 aa  195  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  36.79 
 
 		 362 aa  194  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3680  porin  37.16 
 
 		 366 aa  192  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.218397  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  34.98 
 
 		 351 aa  189  7e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  39.23 
 
 		 348 aa  189  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  35.13 
 
 		 362 aa  187  4e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  35.85 
 
 		 344 aa  176  5e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3210  porin Gram-negative type  34.58 
 
 		 375 aa  170  6e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.114966  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5627  porin  35.13 
 
 		 372 aa  159  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0464814  normal  0.0831491 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3605  OmpC family outer membrane porin  31.04 
 
 		 355 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000104312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  33.58 
 
 		 374 aa  146  6e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  32.95 
 
 		 338 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  34.26 
 
 		 369 aa  136  6.0000000000000005e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0713  porin  32.46 
 
 		 358 aa  134  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.788227 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2423  porin  30.84 
 
 		 357 aa  127  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0610665 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  31.09 
 
 		 335 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  29.72 
 
 		 344 aa  122  8e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  31.13 
 
 		 360 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  31.97 
 
 		 354 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  30.47 
 
 		 370 aa  117  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  32.15 
 
 		 363 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  32.15 
 
 		 363 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  29.69 
 
 		 350 aa  114  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  32.58 
 
 		 449 aa  114  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1374  porin  29.82 
 
 		 368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  30.82 
 
 		 389 aa  111  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  31.9 
 
 		 363 aa  111  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  31.9 
 
 		 363 aa  111  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  28.57 
 
 		 392 aa  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  28.57 
 
 		 392 aa  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  31.9 
 
 		 363 aa  111  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  31.65 
 
 		 363 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  31.93 
 
 		 359 aa  110  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  30.51 
 
 		 367 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  30.25 
 
 		 373 aa  108  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  32.44 
 
 		 363 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  31.99 
 
 		 363 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  27.88 
 
 		 344 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  31 
 
 		 351 aa  101  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  30.26 
 
 		 363 aa  102  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  28.27 
 
 		 352 aa  102  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  30.03 
 
 		 393 aa  102  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  30.1 
 
 		 358 aa  101  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  31 
 
 		 392 aa  101  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  32.36 
 
 		 335 aa  100  6e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0216  hypothetical protein  41.43 
 
 		 220 aa  100  7e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  30.29 
 
 		 352 aa  98.2  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  30.29 
 
 		 352 aa  98.2  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  30.09 
 
 		 402 aa  97.4  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  30 
 
 		 375 aa  97.1  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  26.85 
 
 		 327 aa  97.1  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  28.6 
 
 		 357 aa  96.7  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  30.4 
 
 		 363 aa  96.3  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  30.4 
 
 		 363 aa  96.3  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0880  porin  29.26 
 
 		 361 aa  96.3  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0359628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  27.4 
 
 		 344 aa  95.9  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  29.19 
 
 		 353 aa  95.9  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  31.83 
 
 		 361 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  30.13 
 
 		 363 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  28.46 
 
 		 353 aa  94.4  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  29.91 
 
 		 356 aa  93.6  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  29.52 
 
 		 383 aa  93.6  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  26.88 
 
 		 372 aa  93.6  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4436  porin  29.68 
 
 		 383 aa  93.6  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.412738 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  27.16 
 
 		 344 aa  93.2  8e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  30.28 
 
 		 356 aa  92.8  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5359  porin  29.24 
 
 		 376 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.292845  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1795  porin  30.54 
 
 		 362 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  28.53 
 
 		 368 aa  91.7  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  26.81 
 
 		 398 aa  91.3  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3529  porin  29.87 
 
 		 376 aa  89.4  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327335 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  30.96 
 
 		 387 aa  88.6  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1520  outer membrane porin OpcP  27.88 
 
 		 374 aa  88.6  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.86077  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4558  porin  30.71 
 
 		 360 aa  87  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1287  outer membrane porin  27.62 
 
 		 374 aa  87  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.236633  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1353  outer membrane porin OpcP  27.55 
 
 		 376 aa  86.3  9e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.666158  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  27.84 
 
 		 340 aa  86.3  9e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0615  putative outer membrane porin  27.55 
 
 		 376 aa  86.3  9e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0954  putative outer membrane porin  27.55 
 
 		 376 aa  86.3  9e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0337  putative outer membrane porin  27.55 
 
 		 376 aa  86.3  9e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3237  outer membrane protein (porin)  29.77 
 
 		 356 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133992  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  32.23 
 
 		 354 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1378  porin  32.67 
 
 		 354 aa  85.9  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0478872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2476  outer membrane porin precursor  27.62 
 
 		 374 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1214  outer membrane porin  27.62 
 
 		 374 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3809  porin  28.07 
 
 		 392 aa  85.9  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.261808  normal  0.302186 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  29.7 
 
 		 340 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>