More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5882 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5882  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 325 aa  654    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  64.8 
 
 		 323 aa  424  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.22 
 
 		 334 aa  203  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4934  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 314 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3226  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 314 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1567  LysR family transcriptional regulator  40.44 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6263  LysR family transcriptional regulator  40.44 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6739  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5968  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 316 aa  168  9e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.443129  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2682  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5634  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 325 aa  160  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249387 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.09 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 306 aa  142  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  32.26 
 
 		 331 aa  139  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 332 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 324 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 		 319 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  30.19 
 
 		 320 aa  132  9e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.51 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 336 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 320 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 309 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 316 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 345 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  30.98 
 
 		 318 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 328 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 306 aa  124  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 325 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  29.82 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 299 aa  119  9e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 299 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1501  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.56 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 312 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 329 aa  116  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 312 aa  113  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 341 aa  112  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  30.46 
 
 		 339 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  30.94 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 302 aa  108  9.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 333 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 303 aa  107  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 309 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 308 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 324 aa  102  7e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 310 aa  102  8e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 292 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 320 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 324 aa  100  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0503  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 320 aa  99.4  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  29.04 
 
 		 329 aa  99  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 308 aa  98.2  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  29.04 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 306 aa  98.6  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  29.04 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 313 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 332 aa  97.1  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 319 aa  96.7  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 308 aa  96.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 317 aa  96.3  7e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  27.9 
 
 		 297 aa  96.3  7e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 308 aa  95.9  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 304 aa  95.5  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 306 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 295 aa  94  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  29.24 
 
 		 301 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.87 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 307 aa  94  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 308 aa  93.6  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>