49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5818 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5818  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  100 
 
 		 350 aa  679    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1140  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  30.39 
 
 		 291 aa  93.2  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5083  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  31.67 
 
 		 310 aa  89.4  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0680  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  26.87 
 
 		 304 aa  89  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4343  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  29.26 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0252  Type IV secretory pathway AvhB6 protein  27 
 
 		 328 aa  80.1  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0868  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  24.29 
 
 		 345 aa  71.6  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5005  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.39 
 
 		 314 aa  71.6  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0328089  normal  0.438653 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7531  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  26.35 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0782422  normal  0.0598355 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0006  conjugal transfer protein  23.34 
 
 		 333 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.623118 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0164  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.47 
 
 		 385 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.745375 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2654  putative type IV secretion system protein VirB6/TraH  27.68 
 
 		 389 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.254116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6503  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  25.52 
 
 		 386 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4441  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.65 
 
 		 376 aa  62.8  0.000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.418646  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4850  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.76 
 
 		 383 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3316  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.76 
 
 		 383 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08210  conjugal transfer protein TraA  25.56 
 
 		 316 aa  62  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1757  putative type IV secretion system protein VirB6  25.78 
 
 		 384 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.281645 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4559  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  25 
 
 		 345 aa  60.8  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.901253  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4199  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.76 
 
 		 383 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.742871 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0498  VirB6 family type IV secretion system protein  40.96 
 
 		 1468 aa  59.3  0.00000009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4174  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  25.64 
 
 		 336 aa  58.9  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.277813  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0451  putative type IV secretion system protein VirB6/TraH  27.45 
 
 		 385 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.918848  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0064  type IV secretion system protein VirB6  25.26 
 
 		 347 aa  58.5  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.375866  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0860  VirB6 family type IV secretion system protein  25.21 
 
 		 1169 aa  58.5  0.0000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.921754  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0058  type IV secretion system protein VirB6  25.26 
 
 		 347 aa  58.5  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5024  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  22.5 
 
 		 327 aa  57.8  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.001184  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0530  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  38.55 
 
 		 1444 aa  55.8  0.000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0038  putative conjugal transfer protein  22.97 
 
 		 350 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0861  VirB6 family type IV secretion system protein  38.03 
 
 		 839 aa  55.5  0.000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0157  hypothetical protein  20.58 
 
 		 346 aa  55.5  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6328  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  25.13 
 
 		 365 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0175  hypothetical protein  19.55 
 
 		 346 aa  54.3  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0862  type IV secretion system protein VirB6  36.71 
 
 		 873 aa  50.4  0.00004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7349  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  20.91 
 
 		 332 aa  49.7  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.149767 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0176  hypothetical protein  24.84 
 
 		 1562 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9816  type IV secretion protein AvhB6  24.41 
 
 		 342 aa  48.9  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1484  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.21 
 
 		 342 aa  48.9  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0855  hypothetical protein  36.9 
 
 		 992 aa  48.1  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2439  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  24.24 
 
 		 386 aa  47.8  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.589519 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4373  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  22.17 
 
 		 298 aa  47  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.803128 
 
 
-
 
NC_002978  WD0857  type IV secretion system protein VirB6  34.38 
 
 		 851 aa  47  0.0005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3525  type IV secretion system protein VirB6  23.27 
 
 		 295 aa  46.6  0.0007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3708  hypothetical protein  34.57 
 
 		 391 aa  45.1  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0451943  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0856  hypothetical protein  43.75 
 
 		 795 aa  44.7  0.003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6401  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  23.6 
 
 		 342 aa  43.9  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0449  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  22.17 
 
 		 379 aa  43.5  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0124171  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2658  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  20.95 
 
 		 303 aa  43.1  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0260661  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0854  hypothetical protein  31.17 
 
 		 1242 aa  42.7  0.009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.814929  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>