More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5676 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5676  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 312 aa  637    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.727841  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1393  dihydrodipicolinate synthetase  92.63 
 
 		 312 aa  574  1.0000000000000001e-163  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3342  dihydrodipicolinate synthetase  92.63 
 
 		 312 aa  569  1e-161  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0058629  normal  0.508652 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3437  dihydrodipicolinate synthetase  78.14 
 
 		 310 aa  498  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0930984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1167  putative dihydrodipicolinate synthetase  67.74 
 
 		 314 aa  413  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0631  dihydrodipicolinate synthetase  42.02 
 
 		 314 aa  259  5.0000000000000005e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000301226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5282  dihydrodipicolinate synthetase  38.74 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.695799 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6740  dihydrodipicolinate synthetase  37.75 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1566  dihydrodipicolinate synthetase  37.75 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6264  dihydrodipicolinate synthetase  37.75 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4933  dihydrodipicolinate synthetase  37.75 
 
 		 307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3227  dihydrodipicolinate synthetase  37.75 
 
 		 307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.535768 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3377  dihydrodipicolinate synthetase  37.46 
 
 		 311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0071  dihydrodipicolinate synthase  36.6 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3161  dihydrodipicolinate synthetase  36.27 
 
 		 315 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0466092 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2683  dihydrodipicolinate synthetase  35.1 
 
 		 308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.728371  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02728  dihydrodipicolinate synthetase family protein (AFU_orthologue; AFUA_6G00110)  34.64 
 
 		 309 aa  162  8.000000000000001e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.753115  normal  1 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02600  dihydrodipicolinate synthase DapA, putative  36.12 
 
 		 383 aa  159  4e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.474557  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0601  dihydrodipicolinate synthetase  33.77 
 
 		 308 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1603  dihydrodipicolinate synthetase  33 
 
 		 337 aa  133  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6215  dihydrodipicolinate synthetase  31.74 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0687  dihydrodipicolinate synthetase  32.3 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0101529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6384  dihydrodipicolinate synthetase  31.06 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6617  dihydrodipicolinate synthetase  31.06 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.242372 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0929  dihydrodipicolinate synthetase  29.51 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.626944 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5966  dihydrodipicolinate synthase  27.8 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0566  dihydrodipicolinate synthase  27.69 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.427592 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1537  dihydrodipicolinate synthase  26.95 
 
 		 298 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2548  Dihydrodipicolinate synthase  27.16 
 
 		 371 aa  101  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6292  dihydrodipicolinate synthase  26.95 
 
 		 298 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.454745 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6951  dihydrodipicolinate synthase  27.52 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4271  dihydrodipicolinate synthetase  27.53 
 
 		 310 aa  97.4  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1281  dihydrodipicolinate synthetase  25.81 
 
 		 298 aa  96.3  5e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.168862  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1435  dihydrodipicolinate synthetase  28.94 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.655893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2258  dihydrodipicolinate synthase  29.27 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.269277  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3337  dihydrodipicolinate synthetase  28.63 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.426658  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2368  dihydrodipicolinate synthetase  29.41 
 
 		 301 aa  91.7  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3705  dihydrodipicolinate synthetase  25.81 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0168037  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5586  dihydrodipicolinate synthetase  28.11 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.285938  normal  0.789314 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2640  dihydrodipicolinate synthase  32.17 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311988 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8494  dihydrodipicolinate synthase  27.03 
 
 		 313 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.515104  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0147  dihydrodipicolinate synthase  28.19 
 
 		 291 aa  89.7  5e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5472  dihydrodipicolinate synthetase  27.8 
 
 		 306 aa  89.7  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1492  dihydrodipicolinate synthase  26.54 
 
 		 291 aa  89.7  6e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.944504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2097  dihydrodipicolinate synthase  29.3 
 
 		 297 aa  89.4  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.143233  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0415  N-acetylneuraminate lyase  24.51 
 
 		 295 aa  89.4  7e-17  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.275578  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5089  dihydrodipicolinate synthase  28.63 
 
 		 298 aa  89  8e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00525746 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3520  N-acetylneuraminate lyase  23.51 
 
 		 297 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0303093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4686  dihydrodipicolinate synthetase  28.81 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.749909 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3637  N-acetylneuraminate lyase  24.41 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1908  dihydrodipicolinate synthase  30.12 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3699  N-acetylneuraminate lyase  24.41 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3602  N-acetylneuraminate lyase  24.41 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03085  N-acetylneuraminate lyase  23.18 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.616118  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0481  N-acetylneuraminate lyase  23.18 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2150  dihydrodipicolinate synthetase  25.72 
 
 		 330 aa  87.4  3e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0494  dihydrodipicolinate synthetase  25.9 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.78772  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3707  N-acetylneuraminate lyase  23.18 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0487465  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1179  dihydrodipicolinate synthase  27.92 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000302619 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3551  N-acetylneuraminate lyase  23.18 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.35374  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0481  N-acetylneuraminate lyase  23.18 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4542  N-acetylneuraminate lyase  23.18 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3170  dihydrodipicolinate synthase  27.3 
 
 		 323 aa  87.4  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0819147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3413  N-acetylneuraminate lyase  23.18 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0759607  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03036  hypothetical protein  23.18 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5401  dihydrodipicolinate synthase  27.92 
 
 		 301 aa  87  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0312051  normal  0.474311 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  30.67 
 
 		 313 aa  86.7  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5982  dihydrodipicolinate synthase  27.92 
 
 		 300 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.700449  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3530  N-acetylneuraminate lyase  24.08 
 
 		 297 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.224809  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2095  dihydrodipicolinate synthase  27.92 
 
 		 300 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3532  N-acetylneuraminate lyase  24.08 
 
 		 297 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3702  dihydrodipicolinate synthetase  26.64 
 
 		 301 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1396  dihydrodipicolinate synthase  25.58 
 
 		 313 aa  86.3  7e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.158147  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1666  dihydrodipicolinate synthase  26.32 
 
 		 301 aa  85.9  8e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.458011  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1479  dihydrodipicolinate synthetase  27.49 
 
 		 304 aa  85.9  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319674  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0667  dihydrodipicolinate synthase  29.56 
 
 		 332 aa  85.5  9e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.448308  decreased coverage  0.00548285 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3586  dihydrodipicolinate synthase  26.69 
 
 		 297 aa  85.9  9e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2602  dihydrodipicolinate synthase  30.89 
 
 		 296 aa  85.5  9e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2579  dihydrodipicolinate synthase  25 
 
 		 303 aa  85.5  9e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2036  dihydrodipicolinate synthetase  28.28 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3432  dihydrodipicolinate synthase  28 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0454  dihydrodipicolinate synthetase  27.42 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0330317 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2262  dihydrodipicolinate synthase  29.49 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2113  dihydrodipicolinate synthase  27.6 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296264  hitchhiker  0.00390104 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3706  dihydrodipicolinate synthetase  28.94 
 
 		 295 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2005  dihydrodipicolinate synthase  27.6 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.672271  hitchhiker  0.000000182643 
 
 
-
 
NC_003296  RS05369  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  30.26 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.288036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1010  dihydrodipicolinate synthase  27.63 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0924  dihydrodipicolinate synthase  27.63 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2132  dihydrodipicolinate synthase  27.6 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.769991  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1337  dihydrodipicolinate synthase  26.62 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.642823 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1929  dihydrodipicolinate synthase  28.21 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2961  dihydrodipicolinate synthase  31.09 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0979  dihydrodipicolinate synthase  30.83 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0699558  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1458  dihydrodipicolinate synthase  27.34 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.370783  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1568  dihydrodipicolinate synthetase  29.34 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1484  dihydrodipicolinate synthase  26.59 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853225  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0185  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  31.06 
 
 		 336 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0039  N-acetylneuraminate lyase, putative  23.79 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2198  dihydrodipicolinate synthase  30 
 
 		 300 aa  82.4  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0796408  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>