136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5593 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5593  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  100 
 
 
128 aa  265  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.876476  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1442  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  44.55 
 
 
131 aa  108  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3856  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  44.04 
 
 
131 aa  108  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.850718  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3804  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  44.04 
 
 
131 aa  108  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0419  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  45.54 
 
 
132 aa  105  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.820444  normal  0.478902 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4837  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.94 
 
 
124 aa  97.8  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1419  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40.35 
 
 
139 aa  95.1  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.903205  hitchhiker  0.000000225635 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5046  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  41.59 
 
 
124 aa  92.8  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1548  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.32 
 
 
123 aa  90.1  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal  0.189147 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3297  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40.54 
 
 
122 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1191  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.52 
 
 
123 aa  89.4  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.928225  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3356  hypothetical protein  39.09 
 
 
129 aa  88.2  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0217164  normal  0.0851639 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1218  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.79 
 
 
123 aa  88.2  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.413916  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1697  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.79 
 
 
123 aa  88.2  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.342973  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1669  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.6 
 
 
123 aa  86.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.540785  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4872  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.79 
 
 
123 aa  86.3  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583204  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1607  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.66 
 
 
123 aa  86.3  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.363316  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4549  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.52 
 
 
118 aa  86.7  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.357845  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2003  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.38 
 
 
141 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0568392 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1629  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.79 
 
 
123 aa  85.1  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4603  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.05 
 
 
123 aa  84  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1500  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.74 
 
 
136 aa  83.6  9e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.033811  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0127  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.64 
 
 
145 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.857324 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2168  hypothetical protein  40 
 
 
118 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.327259  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0840  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40 
 
 
118 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1425  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  44.9 
 
 
139 aa  81.6  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.324597  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.14 
 
 
115 aa  82  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107279  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06993  hypothetical protein  38.18 
 
 
131 aa  80.5  0.000000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1706  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.4 
 
 
130 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3597  hypothetical protein  40.37 
 
 
137 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0067  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.72 
 
 
131 aa  79  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000951  gfa-like protein  33.87 
 
 
131 aa  79  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0919  hypothetical protein  38.66 
 
 
207 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1760  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.36 
 
 
149 aa  78.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.119906 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0084  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.5 
 
 
131 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2384  hypothetical protein  38.66 
 
 
212 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1823  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.36 
 
 
149 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.921331  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4268  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.83 
 
 
131 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.36 
 
 
149 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00304839 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1513  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.36 
 
 
149 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1763  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.36 
 
 
149 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0328446 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0088  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.5 
 
 
131 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0087  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.83 
 
 
131 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4109  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.94 
 
 
115 aa  77  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.055952  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1697  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  45.26 
 
 
128 aa  77  0.00000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.066667  normal  0.902632 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2117  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.64 
 
 
141 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0449559  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1478  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35 
 
 
137 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0087  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.61 
 
 
131 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1576  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39 
 
 
134 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.899394  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2138  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.11 
 
 
141 aa  76.6  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0648  hypothetical protein  39.18 
 
 
151 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3374  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.64 
 
 
122 aa  75.5  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0084  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35 
 
 
131 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1551  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.21 
 
 
147 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4074  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.14 
 
 
115 aa  74.3  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0256  hypothetical protein  38.74 
 
 
115 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920993  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.83 
 
 
134 aa  73.9  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.141179 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2693  hypothetical protein  38.74 
 
 
115 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2465  hypothetical protein  38.74 
 
 
115 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2417  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.5 
 
 
115 aa  73.9  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3305  hypothetical protein  36.04 
 
 
115 aa  73.6  0.0000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0278022  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2692  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.9 
 
 
156 aa  73.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2052  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.94 
 
 
115 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.404123  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2663  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.94 
 
 
115 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.692714  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1052  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.14 
 
 
134 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0753  hypothetical protein  37.84 
 
 
115 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.222044  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0081  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.17 
 
 
131 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2807  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.91 
 
 
116 aa  72  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0278877  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_004310  BR2040  hypothetical protein  36.04 
 
 
144 aa  72  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288241  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1962  hypothetical protein  35.45 
 
 
135 aa  71.6  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.421765  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5991  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.71 
 
 
115 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0741  hypothetical protein  37.84 
 
 
115 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0878  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.14 
 
 
146 aa  70.9  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5355  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.55 
 
 
115 aa  70.5  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.922702  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2056  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.29 
 
 
116 aa  70.5  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.240914  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_9728  predicted protein  35.83 
 
 
130 aa  70.1  0.000000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03740  hypothetical protein  49.3 
 
 
130 aa  70.1  0.000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.183645  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2588  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.61 
 
 
115 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3500  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.71 
 
 
115 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.108548 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2164  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
119 aa  70.1  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1704  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.64 
 
 
119 aa  69.7  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2565  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.43 
 
 
119 aa  68.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2716  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.61 
 
 
115 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1544  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  35.83 
 
 
390 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.170767 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0635  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.71 
 
 
115 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.379764  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0081  hypothetical protein  37.36 
 
 
109 aa  67.8  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1372  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.07 
 
 
133 aa  68.2  0.00000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.636035  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2158  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.4 
 
 
116 aa  68.2  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0585647  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5543  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.23 
 
 
117 aa  67.8  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2699  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.23 
 
 
115 aa  67.4  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.176555  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0612  hypothetical protein  47.95 
 
 
104 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03248  hypothetical protein  34.62 
 
 
145 aa  66.6  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1878  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.16 
 
 
98 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4402  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.19 
 
 
119 aa  66.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.302745  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0219  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.03 
 
 
134 aa  66.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.655327  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2193  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35 
 
 
149 aa  65.5  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2724  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.71 
 
 
134 aa  64.7  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0248  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.89 
 
 
134 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286799  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4183  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.71 
 
 
149 aa  63.9  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0947549 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0922  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.05 
 
 
134 aa  62.8  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.446844 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>