More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5506 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5506  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  100 
 
 
293 aa  594  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  35.84 
 
 
292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  40.34 
 
 
300 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  40.34 
 
 
300 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1323  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  39.71 
 
 
287 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.198758  normal  0.707681 
 
 
-
 
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  39.13 
 
 
296 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.89 
 
 
292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4002  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.78 
 
 
293 aa  161  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0279  gluconolactonase  37.55 
 
 
295 aa  160  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.27578  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  32.87 
 
 
288 aa  160  3e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  39.92 
 
 
291 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.83 
 
 
299 aa  158  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  37.19 
 
 
289 aa  158  1e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  33.33 
 
 
288 aa  157  2e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2370  senescence marker protein-30 (SMP-30)  35.27 
 
 
290 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0343069  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.75 
 
 
296 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  33.8 
 
 
294 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.03 
 
 
309 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1362  Xylono-1,4-lactonase  34.66 
 
 
294 aa  148  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4143  gluconolactonase  35.35 
 
 
291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670498  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5175  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.04 
 
 
296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0979633  normal  0.105367 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1592  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.52 
 
 
300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1567  senescence marker protein-30 (SMP-30)  35.38 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.382911  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2637  senescence marker protein-30 family protein  35.41 
 
 
290 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0164591  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.48 
 
 
281 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0183  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.18 
 
 
316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0284148  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2994  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.24 
 
 
304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412095  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0220  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.74 
 
 
311 aa  145  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2584  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.16 
 
 
304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1170  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  34.42 
 
 
293 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.482172  normal  0.0648021 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  32.87 
 
 
290 aa  145  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  34.04 
 
 
291 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2001  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.82 
 
 
302 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00903181  hitchhiker  0.0000000314659 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1974  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.34 
 
 
302 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.18647  hitchhiker  0.00196761 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0235  gluconolactonase  39.39 
 
 
323 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.98 
 
 
289 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3108  gluconolactonase  37.01 
 
 
303 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0128132  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1188  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.14 
 
 
292 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227591  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.94 
 
 
293 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.39 
 
 
293 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  35.42 
 
 
294 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  37.01 
 
 
308 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2088  hypothetical protein  35.34 
 
 
300 aa  142  5e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000545594 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0165  gluconolactonase  36.92 
 
 
316 aa  142  5e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  35.02 
 
 
309 aa  142  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1204  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.04 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2571  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.33 
 
 
299 aa  142  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.233694  normal  0.0110739 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.74 
 
 
569 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2755  hypothetical protein  34.97 
 
 
303 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.334703  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.71 
 
 
302 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2084  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  39.92 
 
 
300 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.206563  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0514  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.56 
 
 
294 aa  138  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3453  gluconolactonase  33.11 
 
 
297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2591  gluconolactonase  34.71 
 
 
312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000189317  normal  0.0284024 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0419  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.14 
 
 
296 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.740885  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0353  putative senescence marker protein-30 (SMP-30)  34.41 
 
 
295 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000291446  hitchhiker  0.0000011261 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  35.38 
 
 
296 aa  136  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  31.16 
 
 
546 aa  136  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41751  predicted protein  29.82 
 
 
328 aa  136  5e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0000000044531  hitchhiker  0.0048622 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00122  regucalcin  33.33 
 
 
303 aa  136  5e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235017  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  32.04 
 
 
300 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.47 
 
 
295 aa  135  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0479  senescence marker protein-30 (SMP-30)  34.47 
 
 
312 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0122  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.98 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271646  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0840  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.01 
 
 
311 aa  132  5e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17570  gluconolactonase  32.35 
 
 
280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0137637  normal  0.639926 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0453  gluconolactonase  34.62 
 
 
289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.93 
 
 
301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.93 
 
 
301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4476  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.45 
 
 
290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0784664  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0568  regucalcin family protein  34.2 
 
 
291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2681  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.2 
 
 
574 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5444  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.65 
 
 
295 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00675978 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2611  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.34 
 
 
309 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.170386 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2014  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.43 
 
 
289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.169753  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0519  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  28.03 
 
 
285 aa  129  7.000000000000001e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.530056  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  31.71 
 
 
300 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0186  gluconolactonase  35.85 
 
 
311 aa  128  9.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4591  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.39 
 
 
300 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00253275 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0747  senescence marker protein-30 (SMP-30)  33.45 
 
 
284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3407  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.27 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13947  normal  0.0742686 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1381  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.31 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.759773  normal  0.429128 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0358  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.14 
 
 
305 aa  126  5e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.60058  normal  0.0997512 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.5 
 
 
302 aa  125  6e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  30.28 
 
 
300 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  30.66 
 
 
303 aa  125  9e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.39 
 
 
312 aa  125  9e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2356  senescence marker protein-30 family protein  34.43 
 
 
311 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1143  gluconolactonase  35.42 
 
 
311 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.68325  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1058  senescence marker protein-30 family protein  35.42 
 
 
311 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2162  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.41 
 
 
330 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.15283  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5221  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  32.04 
 
 
300 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5638  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.04 
 
 
300 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700082  normal  0.0168857 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5597  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.71 
 
 
300 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0724481  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3322  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.8 
 
 
294 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  30.85 
 
 
300 aa  123  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0622  senescence marker protein-30 family protein  35.42 
 
 
311 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.389128  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0845  senescence marker protein-30 family protein  35.42 
 
 
311 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0604  gluconolactonase  33.58 
 
 
288 aa  123  4e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.148481  normal  0.0638316 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1810  senescence marker protein-30 family protein  35.42 
 
 
311 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>