More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5379 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 395 aa  801    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  65.85 
 
 		 401 aa  521  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  63.29 
 
 		 390 aa  492  9.999999999999999e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  61.35 
 
 		 391 aa  484  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  55.56 
 
 		 388 aa  444  1e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  54.22 
 
 		 399 aa  408  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  48.45 
 
 		 388 aa  395  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  49.32 
 
 		 390 aa  375  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  46.58 
 
 		 389 aa  366  1e-100  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  45.22 
 
 		 389 aa  362  5.0000000000000005e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  47.15 
 
 		 389 aa  361  1e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  44.56 
 
 		 389 aa  359  4e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  43.78 
 
 		 389 aa  319  5e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  41.78 
 
 		 391 aa  313  3.9999999999999997e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  39.95 
 
 		 390 aa  305  9.000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  44.47 
 
 		 381 aa  299  5e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  41.51 
 
 		 396 aa  291  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  41.78 
 
 		 398 aa  290  4e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  42.19 
 
 		 379 aa  287  2e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  42.55 
 
 		 379 aa  287  2.9999999999999996e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  38.69 
 
 		 407 aa  285  7e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  42.55 
 
 		 376 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  39.49 
 
 		 390 aa  279  7e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  38.59 
 
 		 390 aa  277  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  39.85 
 
 		 386 aa  274  2.0000000000000002e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3268  hypothetical protein  44.02 
 
 		 387 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.781038 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  37.21 
 
 		 395 aa  262  8e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  40.38 
 
 		 399 aa  242  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  34.38 
 
 		 393 aa  217  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  33.51 
 
 		 402 aa  187  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 		 395 aa  183  5.0000000000000004e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  32.44 
 
 		 387 aa  182  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  32.72 
 
 		 402 aa  179  7e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  31.09 
 
 		 395 aa  172  7.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 		 390 aa  171  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  31.13 
 
 		 395 aa  171  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  32.18 
 
 		 393 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 		 389 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  31.11 
 
 		 395 aa  167  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 		 392 aa  167  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  31.94 
 
 		 390 aa  164  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  31.7 
 
 		 387 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 		 410 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  31.88 
 
 		 395 aa  163  6e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 		 390 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 		 395 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 397 aa  162  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  30.35 
 
 		 390 aa  160  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 		 392 aa  156  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  31.25 
 
 		 406 aa  155  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  31.67 
 
 		 392 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  30.53 
 
 		 394 aa  153  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 		 397 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  29.62 
 
 		 390 aa  150  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 		 395 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 		 412 aa  146  8.000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  31.9 
 
 		 392 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  31.93 
 
 		 388 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  31.93 
 
 		 388 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 		 426 aa  144  3e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  27.64 
 
 		 392 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  29.6 
 
 		 392 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 		 414 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  30.22 
 
 		 390 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 		 423 aa  138  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 		 392 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 		 413 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 390 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 		 391 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  31.56 
 
 		 390 aa  136  5e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  31.3 
 
 		 390 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 		 392 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 		 390 aa  134  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  31.73 
 
 		 368 aa  132  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  28.08 
 
 		 392 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  29.78 
 
 		 393 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 		 390 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 		 400 aa  129  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 		 390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 		 391 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5038  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 		 398 aa  125  9e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 		 413 aa  123  5e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 		 390 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 399 aa  121  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 		 391 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 		 390 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  30.88 
 
 		 396 aa  116  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 401 aa  111  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 390 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  26.5 
 
 		 406 aa  109  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  30.14 
 
 		 396 aa  108  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 		 384 aa  108  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 		 395 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4295  Extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 		 392 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.3 
 
 		 397 aa  106  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.74 
 
 		 399 aa  104  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4821  putative ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  25.45 
 
 		 416 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.675554 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5186  Extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 425 aa  102  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 		 437 aa  98.6  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  24.04 
 
 		 396 aa  97.4  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>