More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5355 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5355  2-nitropropane dioxygenase NPD  100 
 
 
328 aa  665    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.660089  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6053  2-nitropropane dioxygenase, NPD  83.95 
 
 
335 aa  567  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483236  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1075  2-nitropropane dioxygenase, NPD  79.01 
 
 
328 aa  545  1e-154  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.192705  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5146  putative 2-nitropropane dioxygenase  81.79 
 
 
334 aa  543  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199752  normal  0.0588296 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3001  2-nitropropane dioxygenase, NPD  79.01 
 
 
328 aa  543  1e-153  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.152083  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0363  2-nitropropane dioxygenase NPD  78.95 
 
 
325 aa  538  9.999999999999999e-153  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3013  2-nitropropane dioxygenase NPD  78.02 
 
 
324 aa  534  1e-151  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.95223  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1401  2-nitropropane dioxygenase NPD  79.5 
 
 
324 aa  536  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3732  2-nitropropane dioxygenase, NPD  77.71 
 
 
324 aa  533  1e-150  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  76.25 
 
 
324 aa  518  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  0.493902 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6828  2-nitropropane dioxygenase NPD  63.69 
 
 
325 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.670939  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4367  2-nitropropane dioxygenase NPD  62.46 
 
 
325 aa  404  1.0000000000000001e-112  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4142  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.33 
 
 
332 aa  404  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.480237  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4067  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.33 
 
 
332 aa  404  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4296  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.33 
 
 
332 aa  404  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.458916  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0738  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.11 
 
 
325 aa  401  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.11052  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2151  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.19 
 
 
332 aa  394  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28800  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  59.19 
 
 
324 aa  388  1e-107  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.135482 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2021  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.95 
 
 
331 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.01256  normal  0.586253 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0826  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.94 
 
 
332 aa  390  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.289165  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4576  2-nitropropane dioxygenase, NPD  57.14 
 
 
330 aa  388  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.403113  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.57 
 
 
331 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.0477625 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2031  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.68 
 
 
342 aa  387  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3609  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.86 
 
 
323 aa  383  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4186  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.41 
 
 
329 aa  382  1e-105  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1008  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.92 
 
 
323 aa  369  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.75 
 
 
330 aa  367  1e-100  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.259631  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5534  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.87 
 
 
323 aa  367  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1638  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.79 
 
 
326 aa  364  1e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.397206  normal  0.560122 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3599  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.95 
 
 
334 aa  362  5.0000000000000005e-99  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.465464 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1248  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.48 
 
 
326 aa  362  7.0000000000000005e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.955135  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3073  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56 
 
 
327 aa  360  1e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.479839  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51080  putative dioxygenase  58.95 
 
 
328 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000609604 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0800  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.76 
 
 
325 aa  359  4e-98  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4359  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.33 
 
 
328 aa  358  6e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255712  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3833  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.81 
 
 
324 aa  357  9.999999999999999e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5434  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.28 
 
 
323 aa  356  1.9999999999999998e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295794  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4180  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.35 
 
 
339 aa  326  3e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.25904 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1855  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.27 
 
 
327 aa  325  8.000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.798128  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6901  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.71 
 
 
328 aa  324  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4138  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.56 
 
 
324 aa  322  8e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_29975  predicted protein  49.69 
 
 
346 aa  269  5e-71  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.448266  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0964  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.35 
 
 
319 aa  250  3e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0729206  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08801  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G09600)  52.96 
 
 
269 aa  249  4e-65  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.196554  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1182  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.04 
 
 
322 aa  248  7e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG03300  2-nitropropane dioxygenase, putative  43.27 
 
 
340 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1839  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.94 
 
 
319 aa  239  5.999999999999999e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0098  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.01 
 
 
313 aa  215  7e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.718222  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00985  putative dioxygenase  39.48 
 
 
314 aa  212  5.999999999999999e-54  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7295  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.08 
 
 
311 aa  201  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0612  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.05 
 
 
323 aa  199  3.9999999999999996e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000694328  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1358  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  38.46 
 
 
316 aa  199  7.999999999999999e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000252963  normal  0.0405419 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2074  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.94 
 
 
315 aa  197  3e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000655776  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.7 
 
 
319 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1587  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.75 
 
 
309 aa  196  6e-49  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000431839  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  39.1 
 
 
326 aa  194  1e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1725  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.61 
 
 
313 aa  192  8e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000021316  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04811  conserved hypothetical protein  38.14 
 
 
278 aa  192  9e-48  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.336266  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1852  2-nitropropane dioxygenase-like protein  36.11 
 
 
317 aa  191  2e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00272263  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1035  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.01 
 
 
317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0997484  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2356  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.84 
 
 
386 aa  188  1e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1178  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  35.24 
 
 
316 aa  185  7e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000736816  hitchhiker  0.00901561 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3672  2-nitropropane dioxygenase  36.42 
 
 
311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0431  trans-2-enoyl-ACP reductase II  36.31 
 
 
321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1989  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.79 
 
 
325 aa  178  9e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.563999 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0346  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  36.79 
 
 
319 aa  177  2e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.182837  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0311  dioxygenase  36.39 
 
 
321 aa  176  4e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3819  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  36.62 
 
 
315 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000661973  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0126  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  36.84 
 
 
314 aa  172  5e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0317277  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.84 
 
 
314 aa  172  5e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0565011  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2390  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.46 
 
 
314 aa  171  1e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0521943  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2605  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.54 
 
 
342 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152274  normal  0.24366 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0640  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.5 
 
 
316 aa  169  6e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000697959  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1222  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.56 
 
 
305 aa  169  7e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.925622 
 
 
-
 
NC_002950  PG1416  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  37.05 
 
 
313 aa  168  1e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.578712 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11150  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  36 
 
 
323 aa  168  1e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5586  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.87 
 
 
305 aa  167  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.658342  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2806  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.68 
 
 
353 aa  167  2e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.180087  decreased coverage  0.0002175 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6837  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.87 
 
 
330 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.670939  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2858  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.66 
 
 
316 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10270  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  37.19 
 
 
320 aa  165  8e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0212117  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0580  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.19 
 
 
312 aa  159  7e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3064  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.64 
 
 
311 aa  158  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2062  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.84 
 
 
369 aa  158  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.22 
 
 
338 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3844  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.71 
 
 
315 aa  155  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0946  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.26 
 
 
313 aa  154  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00349563  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01050  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  34.73 
 
 
314 aa  154  2.9999999999999998e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.250641 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2734  putative 2-nitropropane dioxygenase  36.61 
 
 
319 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2607  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.6 
 
 
353 aa  153  4e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1591  dioxygenase  33.12 
 
 
318 aa  153  4e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.600793  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3754  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.86 
 
 
354 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1526  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.12 
 
 
355 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172251  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1665  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.92 
 
 
326 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1729  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.23 
 
 
326 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1612  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.23 
 
 
326 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.135465  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3873  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.49 
 
 
336 aa  144  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.154933 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43560  predicted protein  32.2 
 
 
361 aa  142  9.999999999999999e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3829  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.24 
 
 
351 aa  141  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.609391  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0758  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.72 
 
 
331 aa  139  7e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>