More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5228 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 262 aa  526  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  78.04 
 
 		 254 aa  370  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1653  GntR family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 238 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 233 aa  151  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  39.61 
 
 		 243 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 256 aa  107  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 247 aa  105  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  31.8 
 
 		 249 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  30.65 
 
 		 227 aa  102  8e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 262 aa  102  8e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 262 aa  102  8e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 262 aa  101  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  32.77 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 254 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 229 aa  98.2  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 255 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  34.22 
 
 		 240 aa  97.4  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 238 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 239 aa  97.1  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 		 226 aa  97.4  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 255 aa  97.1  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 265 aa  96.7  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 255 aa  95.5  7e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 255 aa  95.5  7e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  30.22 
 
 		 258 aa  95.5  7e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 238 aa  95.5  8e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  34.98 
 
 		 233 aa  95.1  9e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 234 aa  95.1  9e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 265 aa  94.7  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 233 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 233 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  29.58 
 
 		 234 aa  94.4  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 233 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 229 aa  94  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 217 aa  94  2e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 		 217 aa  93.6  3e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 229 aa  93.6  3e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 238 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 238 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 267 aa  92.8  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 230 aa  92.8  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 		 228 aa  92.8  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  37.04 
 
 		 293 aa  92.4  7e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  34.55 
 
 		 239 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  33.17 
 
 		 240 aa  92  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 234 aa  92  9e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  35.11 
 
 		 232 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 232 aa  91.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  33.17 
 
 		 240 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 217 aa  91.3  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  32.49 
 
 		 225 aa  92  1e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1713  transcriptional regulator, GntR family  34.87 
 
 		 219 aa  91.7  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.725183  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 241 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 240 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1174  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 241 aa  90.9  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1104  transcriptional regulator, GntR family  29.36 
 
 		 266 aa  90.1  3e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 222 aa  89.7  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 233 aa  89.4  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 225 aa  89.4  6e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 243 aa  89  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 220 aa  89  7e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0453  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 202 aa  88.6  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 222 aa  89  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84517 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 247 aa  89  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 230 aa  88.2  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 231 aa  87.8  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 		 216 aa  87.8  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  31.47 
 
 		 216 aa  87.8  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 241 aa  87.8  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 219 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 219 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0405  transcriptional regulator, GntR family  31.41 
 
 		 219 aa  87.4  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 220 aa  87.4  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5905  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 244 aa  86.7  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17540  transcriptional regulator, GntR family  28.02 
 
 		 224 aa  86.3  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.615531  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  31.73 
 
 		 222 aa  86.7  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 232 aa  86.7  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  31.75 
 
 		 231 aa  86.7  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 213 aa  86.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 223 aa  86.7  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  29.36 
 
 		 254 aa  86.3  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 255 aa  86.3  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 242 aa  85.9  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 223 aa  85.9  6e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  29.96 
 
 		 221 aa  85.9  7e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 234 aa  85.9  7e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 239 aa  85.9  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 240 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5240  transcriptional regulator, GntR family  30.89 
 
 		 227 aa  85.5  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 255 aa  85.5  9e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 235 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 234 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 219 aa  85.1  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 396 aa  85.1  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 241 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 219 aa  85.1  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  33.89 
 
 		 263 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>