More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5227 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_5227  Histone deacetylase  100 
 
 
342 aa  702    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0416  histone deacetylase superfamily protein  88.01 
 
 
342 aa  622  1e-177  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1654  histone deacetylase superfamily protein  60.77 
 
 
341 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6484  acetylpolyamine aminohydrolase  58.65 
 
 
341 aa  391  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0674  histone deacetylase superfamily protein  58.94 
 
 
346 aa  378  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1504  histone deacetylase superfamily  57.18 
 
 
341 aa  378  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.170648  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2856  histone deacetylase superfamily protein  55.56 
 
 
342 aa  368  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2066  histone deacetylase superfamily protein  51.75 
 
 
342 aa  346  3e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.229511  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3648  histone deacetylase superfamily protein  44.54 
 
 
337 aa  299  5e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1621  histone deacetylase superfamily protein  45.22 
 
 
357 aa  298  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46230  acetylpolyamine aminohydrolase  45.11 
 
 
346 aa  278  8e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.352014  normal  0.0157531 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3930  acetylpolyamine aminohydrolase  45.4 
 
 
346 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3834  histone deacetylase superfamily protein  44.48 
 
 
361 aa  274  1.0000000000000001e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0123  histone deacetylase superfamily protein  43.44 
 
 
342 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2035  histone deacetylase superfamily protein  44.67 
 
 
340 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12661  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1145  histone deacetylase superfamily protein  45.61 
 
 
340 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.391107 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4392  histone deacetylase superfamily protein  45.32 
 
 
340 aa  272  7e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1226  histone deacetylase superfamily protein  45.43 
 
 
340 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.300327 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0773  histone deacetylase superfamily protein  45.43 
 
 
340 aa  271  9e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493705  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1254  histone deacetylase superfamily protein  45.43 
 
 
340 aa  271  9e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.910745  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0414  acetylpolyamine aminohydrolase  42.82 
 
 
344 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174233  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1133  histone deacetylase superfamily protein  45.61 
 
 
340 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5631  histone deacetylase superfamily protein  42.69 
 
 
341 aa  271  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.576277  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5340  histone deacetylase superfamily  41.98 
 
 
347 aa  268  7e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.863251  hitchhiker  0.000438214 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04190  acetylpolyamine aminohydrolase  42.23 
 
 
344 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0133  histone deacetylase superfamily protein  42.27 
 
 
347 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.758877 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5249  histone deacetylase superfamily protein  41.69 
 
 
347 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.122072  normal  0.307512 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1679  putative acetylpolyamine aminohydrolase  45.91 
 
 
340 aa  266  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0250  acetylpolyamine aminohydrolase  45.91 
 
 
340 aa  266  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.730977  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3895  histone deacetylase superfamily protein  43.2 
 
 
341 aa  265  7e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1768  deacetylase  45.61 
 
 
340 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.895977  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0420  histone deacetylase superfamily protein  43.3 
 
 
353 aa  264  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5389  histone deacetylase superfamily protein  41.69 
 
 
347 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.382979  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1098  putative acetylpolyamine aminohydrolase  45.61 
 
 
340 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0943175  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1265  putative acetylpolyamine aminohydrolase  45.61 
 
 
340 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.739183  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0096  putative acetylpolyamine aminohydrolase  45.61 
 
 
340 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.271818  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0328  putative acetylpolyamine aminohydrolase  45.61 
 
 
340 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.249659  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3527  acetylpolyamine aminohydrolase  43.44 
 
 
344 aa  259  4e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2062  histone deacetylase superfamily protein  45.91 
 
 
340 aa  258  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1309  acetylpolyamine aminohydrolase  48.17 
 
 
341 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1164  acetylpolyamine aminohydrolase  44.44 
 
 
340 aa  258  1e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.027109  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1157  acetylpolyamine aminohydrolase  48.17 
 
 
341 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.470234  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1148  deacetylases  48.17 
 
 
341 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2219  acetylpolyamine aminohydrolase  48.17 
 
 
340 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0703  acetylpolyamine aminohydrolase  48.17 
 
 
340 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1020  histone deacetylase superfamily protein  42.65 
 
 
368 aa  252  5.000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.283226  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2077  acetylpolyamine aminohydrolase  48.01 
 
 
340 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0145419  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2537  acetylpolyamine aminohydrolase  48.01 
 
 
340 aa  251  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2199  histone deacetylase superfamily protein  42.44 
 
 
343 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4260  histone deacetylase superfamily  41.69 
 
 
341 aa  249  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1176  histone deacetylase superfamily protein  43.15 
 
 
342 aa  247  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2137  histone deacetylase superfamily protein  42.9 
 
 
358 aa  246  3e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00662532 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1612  histone deacetylase superfamily protein  46.22 
 
 
341 aa  246  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.992447  hitchhiker  0.000235913 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1645  histone deacetylase superfamily  42.9 
 
 
345 aa  245  6e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3171  histone deacetylase superfamily protein  43.44 
 
 
344 aa  242  7e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.583419 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2707  histone deacetylase superfamily protein  41.5 
 
 
359 aa  241  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0331733  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2841  histone deacetylase superfamily protein  43.9 
 
 
344 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.540777 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2450  histone deacetylase superfamily protein  42.07 
 
 
356 aa  239  5.999999999999999e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.191096  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0475  histone deacetylase superfamily  38.42 
 
 
343 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4525  histone deacetylase superfamily  42.4 
 
 
341 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0601361 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3254  histone deacetylase superfamily protein  42.94 
 
 
345 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.936877  normal  0.964119 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3112  Histone deacetylase  40.99 
 
 
343 aa  235  1.0000000000000001e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.919523  normal  0.582775 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3805  histone deacetylase superfamily protein  43.75 
 
 
346 aa  233  3e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1078  histone deacetylase superfamily protein  43.84 
 
 
346 aa  233  4.0000000000000004e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5104  histone deacetylase superfamily protein  43.52 
 
 
345 aa  232  6e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00214422 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2947  histone deacetylase superfamily protein  42.36 
 
 
345 aa  231  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.367372 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0946  acetylpolyamine aminohydrolase  46.04 
 
 
340 aa  231  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0414216  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4692  Histone deacetylase  43.39 
 
 
353 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0375  histone deacetylase superfamily  40.56 
 
 
354 aa  218  8.999999999999998e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.239274  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3178  histone deacetylase superfamily protein  38.87 
 
 
578 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1145  histone deacetylase superfamily  38.85 
 
 
582 aa  194  1e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1813  histone deacetylase superfamily protein  36.94 
 
 
577 aa  192  6e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0789  histone deacetylase superfamily protein  32.69 
 
 
325 aa  170  4e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1181  histone deacetylase superfamily protein  31.55 
 
 
315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.298276  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43919  predicted protein  32.77 
 
 
407 aa  152  5.9999999999999996e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3248  histone deacetylase superfamily protein  45.89 
 
 
369 aa  150  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000895974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1341  putative acetylpolyamine aminohydrolase  39.65 
 
 
380 aa  149  9e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.320568  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2656  putative acetylpolyamine aminohydrolase  44.34 
 
 
371 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15260  putative acetylpolyamine aminohydrolase  38.75 
 
 
380 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0390858  hitchhiker  0.0000000000262427 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1949  histone deacetylase superfamily protein  41.35 
 
 
346 aa  146  6e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0417  Histone deacetylase  39.21 
 
 
340 aa  145  1e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0109  histone deacetylase superfamily  39.82 
 
 
334 aa  144  3e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.39401 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0378  histone deacetylase superfamily protein  47.17 
 
 
365 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316614  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0616  histone deacetylase superfamily protein  40.99 
 
 
370 aa  142  9e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5232  histone deacetylase superfamily protein  41.18 
 
 
369 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.428227 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0801  deacetylase / acetylpolyamine aminohydrolase  39.84 
 
 
379 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2206  Histone deacetylase  37.99 
 
 
344 aa  139  4.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6148  histone deacetylase superfamily protein  41.18 
 
 
369 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.7122  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1931  histone deacetylase superfamily protein  41.18 
 
 
369 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.206813  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1919  histone deacetylase superfamily protein  40.93 
 
 
369 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1954  histone deacetylase superfamily protein  41.18 
 
 
369 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00466177  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4349  histone deacetylase superfamily protein  43.48 
 
 
373 aa  138  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.360906 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2459  histone deacetylase superfamily protein  39.84 
 
 
379 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.08307 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1276  histone deacetylase superfamily protein  42.2 
 
 
370 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1860  Histone deacetylase  40.85 
 
 
341 aa  133  3.9999999999999996e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0555119  normal  0.0138498 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2111  histone deacetylase family protein  45.6 
 
 
340 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0676  histone deacetylase superfamily protein  30.56 
 
 
344 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.401062  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1341  histone deacetylase superfamily protein  45.6 
 
 
373 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0145717 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0563  histone deacetylase superfamily  39.21 
 
 
335 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.349825  normal  0.347907 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1947  histone deacetylase superfamily  41.58 
 
 
343 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>