More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5205 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_5205  hypothetical protein  100 
 
 
321 aa  644    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.419234  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3346  hypothetical protein  74.53 
 
 
321 aa  487  1e-137  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0146351  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3996  hypothetical protein  74.53 
 
 
321 aa  487  1e-137  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.96574  normal  0.364357 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4634  hypothetical protein  71.74 
 
 
322 aa  461  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.898459  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0879  hypothetical protein  67.18 
 
 
322 aa  442  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.381567 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3994  hypothetical protein  61.18 
 
 
322 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.189336 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0579  hypothetical protein  50.65 
 
 
322 aa  321  9.000000000000001e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.444417  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0521  hypothetical protein  50 
 
 
326 aa  311  1e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1018  twin-arginine translocation pathway signal  48.94 
 
 
328 aa  299  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2413  hypothetical protein  45.11 
 
 
325 aa  293  3e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.325014  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1292  hypothetical protein  51.69 
 
 
325 aa  291  7e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0982133  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1184  hypothetical protein  48.48 
 
 
356 aa  288  9e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000425301  normal  0.947085 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0462  hypothetical protein  49.67 
 
 
345 aa  287  2e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.170176 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0453  hypothetical protein  49.67 
 
 
345 aa  286  2e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.533416  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0982  hypothetical protein  48.94 
 
 
328 aa  282  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.160235  normal  0.0842772 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3359  hypothetical protein  45.57 
 
 
331 aa  278  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0779  hypothetical protein  47.68 
 
 
360 aa  277  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0596  hypothetical protein  46.36 
 
 
336 aa  276  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.642014  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0855  hypothetical protein  46.96 
 
 
353 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.898803 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0784  hypothetical protein  47.3 
 
 
328 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0489  hypothetical protein  46.53 
 
 
344 aa  273  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5472  hypothetical protein  48.48 
 
 
330 aa  273  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3194  hypothetical protein  43.55 
 
 
318 aa  273  3e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3508  hypothetical protein  45.25 
 
 
320 aa  271  9e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3459  hypothetical protein  45.72 
 
 
324 aa  270  2.9999999999999997e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1070  hypothetical protein  43.99 
 
 
332 aa  268  7e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.530289  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5118  hypothetical protein  43.61 
 
 
320 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.534032 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2991  hypothetical protein  48 
 
 
333 aa  268  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.36978  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3145  hypothetical protein  48 
 
 
333 aa  265  8.999999999999999e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.261814  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5108  extra-cytoplasmic solute receptor  46.13 
 
 
326 aa  264  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000000351886  normal  0.964391 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1312  hypothetical protein  40.19 
 
 
320 aa  263  2e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5035  hypothetical protein  45.7 
 
 
339 aa  263  3e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3163  hypothetical protein  44.26 
 
 
334 aa  262  4.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000218374 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1145  hypothetical protein  45.09 
 
 
325 aa  262  6e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0228  hypothetical protein  42.37 
 
 
328 aa  260  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5244  hypothetical protein  44.95 
 
 
322 aa  259  4e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0902  hypothetical protein  41.43 
 
 
320 aa  259  5.0000000000000005e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0987  hypothetical protein  41.43 
 
 
320 aa  259  5.0000000000000005e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.172167  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5438  hypothetical protein  43.73 
 
 
326 aa  259  6e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4323  hypothetical protein  43.73 
 
 
344 aa  256  3e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.957408  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1715  hypothetical protein  44.14 
 
 
320 aa  256  3e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.786272  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4972  hypothetical protein  45.79 
 
 
328 aa  255  6e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.345918  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4609  extra-cytoplasmic solute receptor  43.48 
 
 
328 aa  255  7e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.636278 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2023  hypothetical protein  43.08 
 
 
327 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2409  hypothetical protein  43.89 
 
 
322 aa  252  5.000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.417331  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2981  hypothetical protein  43.89 
 
 
322 aa  251  8.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2205  hypothetical protein  41.89 
 
 
324 aa  251  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0725118 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3937  hypothetical protein  43.91 
 
 
328 aa  250  3e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.178831  normal  0.0313351 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2869  hypothetical protein  43.21 
 
 
330 aa  249  3e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3546  hypothetical protein  43.21 
 
 
330 aa  249  4e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0909589  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4624  hypothetical protein  44.56 
 
 
327 aa  249  5e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3830  hypothetical protein  43.58 
 
 
330 aa  249  5e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.956859  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5221  Bug family extra-cytoplasmic solute receptor  42.76 
 
 
347 aa  249  6e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0710  hypothetical protein  39.87 
 
 
328 aa  248  7e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2142  hypothetical protein  43.87 
 
 
332 aa  248  9e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.980907  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4438  extra-cytoplasmic solute receptor  40.82 
 
 
329 aa  248  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000369974  normal  0.285012 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5112  hypothetical protein  43.21 
 
 
325 aa  247  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.386337  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0828  hypothetical protein  42.24 
 
 
335 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.136447  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0835  hypothetical protein  44.03 
 
 
351 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0180096  normal  0.0225936 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0790  hypothetical protein  44.59 
 
 
328 aa  247  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5894  extra-cytoplasmic solute receptor  41.64 
 
 
358 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2113  hypothetical protein  41.61 
 
 
318 aa  246  3e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.723108  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3827  hypothetical protein  42.23 
 
 
330 aa  246  4.9999999999999997e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4271  hypothetical protein  42.86 
 
 
339 aa  246  4.9999999999999997e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1141  hypothetical protein  40.76 
 
 
322 aa  245  6e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3974  hypothetical protein  42.23 
 
 
328 aa  245  6.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.406148 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0869  hypothetical protein  42.91 
 
 
339 aa  245  9e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3324  hypothetical protein  42.23 
 
 
328 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0025587  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1913  hypothetical protein  43.05 
 
 
333 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0165718  hitchhiker  0.00808178 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5741  hypothetical protein  43.81 
 
 
339 aa  244  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.286317  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3716  hypothetical protein  42.91 
 
 
334 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.128099  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3884  hypothetical protein  42.28 
 
 
328 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3178  hypothetical protein  39.51 
 
 
328 aa  244  1.9999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000137109 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4279  hypothetical protein  42.91 
 
 
356 aa  244  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.877893  normal  0.56539 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5146  hypothetical protein  39.57 
 
 
327 aa  243  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0987531  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4611  hypothetical protein  41.89 
 
 
349 aa  243  3e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0842  hypothetical protein  42.23 
 
 
325 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1657  hypothetical protein  40.61 
 
 
331 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.129303  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1033  hypothetical protein  42.57 
 
 
325 aa  241  9e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.829997  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5278  extra-cytoplasmic solute receptor  44.1 
 
 
331 aa  240  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.777708  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0257  hypothetical protein  42.57 
 
 
334 aa  240  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3809  hypothetical protein  42.62 
 
 
310 aa  241  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5589  hypothetical protein  45.43 
 
 
335 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1931  hypothetical protein  39.82 
 
 
329 aa  239  4e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2095  hypothetical protein  42.76 
 
 
324 aa  239  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0200  hypothetical protein  41.89 
 
 
349 aa  239  5e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3250  hypothetical protein  43.92 
 
 
330 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.268792 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3678  hypothetical protein  40.98 
 
 
327 aa  239  5.999999999999999e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2416  hypothetical protein  41.34 
 
 
323 aa  238  1e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2776  hypothetical protein  41.16 
 
 
332 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.918758  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0823  hypothetical protein  38.73 
 
 
325 aa  238  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0213458 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3791  hypothetical protein  40.92 
 
 
320 aa  237  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0801  hypothetical protein  43.24 
 
 
323 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.618864  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5382  extra-cytoplasmic solute receptor  38.96 
 
 
331 aa  236  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.203559  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4004  hypothetical protein  41.89 
 
 
339 aa  236  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.506172  normal  0.0371737 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1818  hypothetical protein  42.42 
 
 
326 aa  236  4e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00429449 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4389  hypothetical protein  42.91 
 
 
321 aa  236  5.0000000000000005e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2429  hypothetical protein  39.51 
 
 
326 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0161  hypothetical protein  40.88 
 
 
330 aa  236  6e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0143  hypothetical protein  40.88 
 
 
330 aa  236  6e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.627963 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>