More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5202 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_0032  DNA topoisomerase III  64.99 
 
 		 908 aa  1107    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0066  DNA topoisomerase III  65.85 
 
 		 877 aa  1110    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5202  DNA topoisomerase III  100 
 
 		 980 aa  2009    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221506  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0884  DNA topoisomerase III  75.51 
 
 		 975 aa  1497    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979089 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0898  DNA topoisomerase III  42.86 
 
 		 869 aa  679    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0139  DNA topoisomerase III  63.11 
 
 		 869 aa  1095    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.968276  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0306  DNA topoisomerase III  64.6 
 
 		 889 aa  1099    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1780  DNA topoisomerase III  60.93 
 
 		 920 aa  1055    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.778999 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0018  DNA topoisomerase III  61.12 
 
 		 839 aa  1027    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.143927 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3683  DNA topoisomerase III  65.54 
 
 		 876 aa  1106    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3412  DNA topoisomerase III  66.12 
 
 		 896 aa  1098    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210579  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3146  DNA topoisomerase III  65.25 
 
 		 865 aa  1103    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186369  normal  0.583492 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0265  DNA topoisomerase III  71.07 
 
 		 879 aa  1258    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.948213  normal  0.0296543 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0343  DNA topoisomerase III  63.11 
 
 		 869 aa  1095    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0401  DNA topoisomerase  43.62 
 
 		 851 aa  636    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0152197  decreased coverage  0.0000578583 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6481  DNA topoisomerase III  65.02 
 
 		 865 aa  1098    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.987815 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0146  DNA topoisomerase III  63.11 
 
 		 869 aa  1095    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2348  DNA topoisomerase III  63.11 
 
 		 869 aa  1095    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0396  DNA topoisomerase III  56.8 
 
 		 846 aa  976    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0125  DNA topoisomerase III  63 
 
 		 891 aa  1095    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0155  DNA topoisomerase III  63.11 
 
 		 906 aa  1095    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3955  DNA topoisomerase III  74.43 
 
 		 1002 aa  1518    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.236337  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4713  DNA topoisomerase III  76.82 
 
 		 992 aa  1538    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000244341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4419  DNA topoisomerase III  64.95 
 
 		 888 aa  1103    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0873603 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0099  DNA topoisomerase III  60.33 
 
 		 854 aa  1028    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2081  DNA topoisomerase III  61.78 
 
 		 876 aa  1058    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.795726  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3569  DNA topoisomerase III  66.35 
 
 		 891 aa  1103    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3127  DNA topoisomerase III  65.61 
 
 		 865 aa  1106    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.588519  normal  0.127052 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2517  DNA topoisomerase III  65.25 
 
 		 865 aa  1103    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2271  DNA topoisomerase III  63.11 
 
 		 869 aa  1095    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2810  DNA topoisomerase III  63.11 
 
 		 869 aa  1095    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3177  DNA topoisomerase III  74.01 
 
 		 920 aa  1362    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.272894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3990  DNA topoisomerase III  76.21 
 
 		 981 aa  1498    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.250381  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2998  DNA topoisomerase III  46.91 
 
 		 939 aa  713    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.535221  normal  0.170765 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3068  DNA topoisomerase III  65.14 
 
 		 865 aa  1103    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3185  DNA topoisomerase III  65.14 
 
 		 865 aa  1102    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3130  DNA topoisomerase III  65.25 
 
 		 865 aa  1103    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.81773  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0229  DNA topoisomerase III  68.34 
 
 		 876 aa  1200    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00108901 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3339  DNA topoisomerase III  76.31 
 
 		 981 aa  1511    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4627  DNA topoisomerase III  76.72 
 
 		 982 aa  1498    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.957836  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3360  DNA topoisomerase III  65.77 
 
 		 876 aa  1110    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.96718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3963  DNA topoisomerase III  75.92 
 
 		 990 aa  1508    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.107223  normal  0.0620528 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0033  putative DNA topoisomerase III  37.82 
 
 		 815 aa  536  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.448865  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1803  DNA topoisomerase III  42.74 
 
 		 754 aa  520  1e-146  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0752  DNA topoisomerase III  40.3 
 
 		 701 aa  499  1e-140  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0611429  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0974  DNA topoisomerase III  37.04 
 
 		 799 aa  502  1e-140  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1853  DNA topoisomerase III  39.87 
 
 		 695 aa  483  1e-134  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.989434  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1814  DNA topoisomerase III  38.63 
 
 		 746 aa  479  1e-133  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000049095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6109  DNA topoisomerase III  39.02 
 
 		 867 aa  466  1e-129  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0497  DNA topoisomerase  41.08 
 
 		 686 aa  440  9.999999999999999e-123  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.167665  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2001  DNA topoisomerase III  39.38 
 
 		 721 aa  436  1e-121  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0468853  normal  0.227685 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0349  DNA topoisomerase  38.21 
 
 		 689 aa  435  1e-120  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.26912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4786  DNA topoisomerase III  39.14 
 
 		 729 aa  433  1e-120  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000176541  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3176  DNA topoisomerase III  38.96 
 
 		 873 aa  412  1e-113  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1451  DNA topoisomerase III  39.44 
 
 		 620 aa  409  1.0000000000000001e-112  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000215899  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0485  DNA topoisomerase III  38.2 
 
 		 729 aa  403  1e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0361  DNA topoisomerase III  38.35 
 
 		 729 aa  404  1e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0351  DNA topoisomerase III  38.35 
 
 		 729 aa  404  1e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0347  DNA topoisomerase III  38.5 
 
 		 729 aa  403  1e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0375  DNA topoisomerase III  38.35 
 
 		 729 aa  404  1e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0418  DNA topoisomerase III  38.35 
 
 		 729 aa  404  1e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.198302 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0474  DNA topoisomerase III  37.8 
 
 		 729 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0431  DNA topoisomerase III  37.65 
 
 		 729 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128239  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3236  DNA topoisomerase  34.86 
 
 		 777 aa  396  1e-109  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4887  DNA topoisomerase III  38.05 
 
 		 729 aa  399  1e-109  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0922  DNA topoisomerase III  36.06 
 
 		 722 aa  393  1e-108  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0356  DNA topoisomerase III  37.44 
 
 		 729 aa  395  1e-108  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0358  DNA topoisomerase III  37.05 
 
 		 729 aa  393  1e-107  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.89538  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1489  DNA topoisomerase III  36.14 
 
 		 731 aa  389  1e-106  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2520  DNA topoisomerase III  37.89 
 
 		 697 aa  385  1e-105  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1760  DNA topoisomerase III  35.7 
 
 		 731 aa  382  1e-104  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3223  DNA topoisomerase III  36.18 
 
 		 730 aa  376  1e-102  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1318  DNA topoisomerase III  34.56 
 
 		 805 aa  374  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000791242  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0104  DNA topoisomerase III  33.91 
 
 		 675 aa  367  1e-100  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000375285 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0272  DNA topoisomerase III  33.06 
 
 		 707 aa  364  4e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.369574 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3602  DNA topoisomerase III  37.03 
 
 		 719 aa  359  1.9999999999999998e-97  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2289  DNA topoisomerase III  33.02 
 
 		 768 aa  355  2e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2624  DNA topoisomerase III  33.81 
 
 		 718 aa  353  7e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2044  DNA topoisomerase type IA central domain protein  37.19 
 
 		 608 aa  341  2.9999999999999998e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0995937  hitchhiker  0.00726991 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1341  DNA topoisomerase III  34.19 
 
 		 712 aa  342  2.9999999999999998e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1495  DNA topoisomerase III  33.79 
 
 		 697 aa  339  1.9999999999999998e-91  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0210844 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1940  DNA topoisomerase III  32.93 
 
 		 714 aa  336  1e-90  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08242e-41 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1767  DNA topoisomerase III  32.52 
 
 		 714 aa  335  2e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.181202  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1984  DNA topoisomerase III  33.06 
 
 		 714 aa  335  2e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1911  DNA topoisomerase III  33.06 
 
 		 714 aa  336  2e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.129988  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1767  DNA topoisomerase III  32.93 
 
 		 714 aa  335  3e-90  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.258845  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1905  DNA topoisomerase III  32.93 
 
 		 714 aa  335  3e-90  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000492134  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3433  DNA topoisomerase III  32.93 
 
 		 714 aa  335  3e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000032124  hitchhiker  0.00000000499159 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2011  DNA topoisomerase III  33.06 
 
 		 714 aa  335  3e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00587828  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1744  DNA topoisomerase III  32.93 
 
 		 714 aa  334  5e-90  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.129964  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1725  DNA topoisomerase III  32.7 
 
 		 714 aa  333  9e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0147593  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1822  DNA topoisomerase type IA central domain protein  33.75 
 
 		 573 aa  328  3e-88  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1472  DNA topoisomerase III  33.47 
 
 		 714 aa  328  4.0000000000000003e-88  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000939771  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2322  DNA topoisomerase III  33.58 
 
 		 711 aa  324  5e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0191867  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2281  DNA topoisomerase III  33.58 
 
 		 711 aa  324  5e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00290966  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3021  DNA topoisomerase  32.71 
 
 		 689 aa  317  5e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  33.39 
 
 		 744 aa  314  4.999999999999999e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1542  DNA topoisomerase III  31.83 
 
 		 645 aa  313  7.999999999999999e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1612  DNA topoisomerase III  32.12 
 
 		 680 aa  313  1e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2823  DNA topoisomerase III  31.82 
 
 		 671 aa  312  2e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.172324  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>