More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5051 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_5051  50S ribosomal protein L15  100 
 
 
143 aa  271  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0977317  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0494  50S ribosomal protein L15P  88.11 
 
 
143 aa  249  8.000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420062  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0339  ribosomal protein L15  83.92 
 
 
143 aa  239  6e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.126422  hitchhiker  0.00264264 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1041  50S ribosomal protein L15  86.72 
 
 
143 aa  228  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.140448  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0620  50S ribosomal protein L15  87.5 
 
 
143 aa  227  4e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.163377  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4224  ribosomal protein L15  84.62 
 
 
143 aa  226  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000785273  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0400  50S ribosomal protein L15  84.38 
 
 
143 aa  224  5.0000000000000005e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0392  50S ribosomal protein L15  84.38 
 
 
143 aa  224  5.0000000000000005e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0068073  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2306  ribosomal protein L15  85.31 
 
 
143 aa  218  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.494607  normal  0.411857 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3930  50S ribosomal protein L15  81.25 
 
 
144 aa  210  4.9999999999999996e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0346  50S ribosomal protein L15  74.13 
 
 
144 aa  206  8e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.187663  normal  0.0708986 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3466  50S ribosomal protein L15  74.13 
 
 
144 aa  206  8e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.0772589 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2740  50S ribosomal protein L15  74.13 
 
 
144 aa  206  8e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0509969  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0367  50S ribosomal protein L15  74.13 
 
 
144 aa  206  8e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.293833  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0295  50S ribosomal protein L15  74.13 
 
 
144 aa  204  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000417234  normal  0.0653765 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0333  50S ribosomal protein L15  74.13 
 
 
144 aa  204  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0239722  decreased coverage  0.00345429 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0286  50S ribosomal protein L15  74.13 
 
 
144 aa  204  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154043  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3049  50S ribosomal protein L15  74.13 
 
 
144 aa  203  7e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0903585  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3625  50S ribosomal protein L15  72.03 
 
 
144 aa  203  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000359726  hitchhiker  0.0000000000162231 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3150  50S ribosomal protein L15  73.43 
 
 
144 aa  202  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0138753  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2613  50S ribosomal protein L15  73.43 
 
 
144 aa  202  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.305611  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3757  50S ribosomal protein L15  73.43 
 
 
144 aa  202  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0366066  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1943  50S ribosomal protein L15  73.43 
 
 
144 aa  202  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.37846  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3785  50S ribosomal protein L15  73.43 
 
 
144 aa  202  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.468805  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0268  50S ribosomal protein L15  73.43 
 
 
144 aa  202  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.366477  normal  0.0148786 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3497  50S ribosomal protein L15  73.43 
 
 
144 aa  202  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3727  50S ribosomal protein L15  73.43 
 
 
144 aa  202  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00477937  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3424  50S ribosomal protein L15  81.12 
 
 
143 aa  201  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.200413 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2820  50S ribosomal protein L15  69.93 
 
 
144 aa  197  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.355582  normal  0.252798 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0786  ribosomal protein L15  71.83 
 
 
143 aa  192  1e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00496718  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0424  50S ribosomal protein L15P  70.63 
 
 
144 aa  187  2.9999999999999997e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.41995  normal  0.220664 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3160  50S ribosomal protein L15  71.88 
 
 
144 aa  185  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3298  50S ribosomal protein L15  71.88 
 
 
144 aa  185  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3319  50S ribosomal protein L15  67.83 
 
 
145 aa  184  5e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0472148  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3278  50S ribosomal protein L15  70.31 
 
 
143 aa  180  6e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.1219  hitchhiker  0.000182201 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3000  50S ribosomal protein L15  70.31 
 
 
143 aa  178  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0225964  normal  0.0517579 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2931  50S ribosomal protein L15  68.75 
 
 
143 aa  177  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000484025 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0338  50S ribosomal protein L15  64.34 
 
 
144 aa  176  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000670307  unclonable  0.0000000454999 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0298  50S ribosomal protein L15P  62.68 
 
 
144 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000286334  hitchhiker  0.00000213592 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2306  ribosomal protein L15  60.56 
 
 
144 aa  166  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000818267  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0413  50S ribosomal protein L15  56.34 
 
 
144 aa  165  2e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0388  50S ribosomal protein L15  56.34 
 
 
144 aa  165  2e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2150  ribosomal protein L15  59.15 
 
 
144 aa  160  5.0000000000000005e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0266224  normal  0.13167 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0314  ribosomal protein L15  59.86 
 
 
144 aa  160  6e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0194387  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0072  50S ribosomal protein L15  62.5 
 
 
146 aa  159  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.461938  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0356  50S ribosomal protein L15  59.15 
 
 
143 aa  155  1e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000022076  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1835  50S ribosomal protein L15  59.15 
 
 
143 aa  155  1e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380683  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0069  50S ribosomal protein L15  63.71 
 
 
146 aa  154  4e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0534535  hitchhiker  0.000000000000915919 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0477  50S ribosomal protein L15  54.93 
 
 
144 aa  151  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0978  50S ribosomal protein L15  58.45 
 
 
144 aa  151  4e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00708309  hitchhiker  0.00387669 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4257  ribosomal protein L15  56.34 
 
 
144 aa  150  7e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000785215  unclonable  0.00000000000230267 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3505  ribosomal protein L15  57.04 
 
 
144 aa  149  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000855163  hitchhiker  0.0000000902196 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0601  50S ribosomal protein L15  57.04 
 
 
144 aa  148  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000630291  normal  0.89254 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0839  50S ribosomal protein L15  54.93 
 
 
146 aa  148  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3895  50S ribosomal protein L15  57.04 
 
 
144 aa  148  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000614268  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0302  50S ribosomal protein L15  57.04 
 
 
144 aa  148  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000713012  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2155  50S ribosomal protein L15  57.75 
 
 
144 aa  147  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156798  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0440  50S ribosomal protein L15P  55.63 
 
 
144 aa  147  6e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.124289  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2305  ribosomal protein L15  58.45 
 
 
143 aa  146  9e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356329  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00749  50S ribosomal protein L15  56.34 
 
 
144 aa  145  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001723  LSU ribosomal protein L15p (L27Ae)  56.34 
 
 
144 aa  145  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000210638  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0346  50S ribosomal protein L15  55.94 
 
 
145 aa  145  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0516  50S ribosomal protein L15  55.94 
 
 
145 aa  145  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.061752  unclonable  0.0000000000147617 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0342  ribosomal protein L15  55 
 
 
142 aa  145  3e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000342315  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0620  ribosomal protein L15  56.34 
 
 
144 aa  145  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.527453  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0177  50S ribosomal protein L15  55.63 
 
 
144 aa  144  5e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000150023  hitchhiker  0.000371203 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1008  50S ribosomal protein L15  54.93 
 
 
144 aa  144  6e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00101008  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4525  50S ribosomal protein L15  55.63 
 
 
144 aa  143  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000156874  hitchhiker  0.000171514 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4299  50S ribosomal protein L15  56.34 
 
 
144 aa  143  8.000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000187384  unclonable  0.0000000000528735 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0167  50S ribosomal protein L15  55.63 
 
 
144 aa  142  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000446148  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0203  50S ribosomal protein L15  54.93 
 
 
144 aa  142  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000239677  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0250  50S ribosomal protein L15  54.23 
 
 
144 aa  141  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0218  50S ribosomal protein L15  54.23 
 
 
144 aa  141  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000450664  unclonable  0.0000000000146358 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0213  50S ribosomal protein L15  54.23 
 
 
144 aa  141  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00106088  hitchhiker  0.00699839 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0218  50S ribosomal protein L15  54.23 
 
 
144 aa  141  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000246437  hitchhiker  0.00000000104256 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4671  50S ribosomal protein L15  54.23 
 
 
144 aa  141  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000428583  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3803  50S ribosomal protein L15  53.52 
 
 
144 aa  141  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000421274  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3982  50S ribosomal protein L15  52.82 
 
 
144 aa  140  4e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.442954  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0219  50S ribosomal protein L15  53.52 
 
 
144 aa  140  4e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000749249  hitchhiker  0.000103744 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4037  50S ribosomal protein L15  53.52 
 
 
144 aa  140  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000806157  unclonable  0.00000000000213103 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3740  50S ribosomal protein L15  53.52 
 
 
144 aa  140  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000697996  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4151  50S ribosomal protein L15  53.52 
 
 
144 aa  140  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000273601  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0215  50S ribosomal protein L15  53.52 
 
 
144 aa  140  4e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000332243  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0339  50S ribosomal protein L15  54.23 
 
 
144 aa  140  5e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.003773  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0232  50S ribosomal protein L15  54.23 
 
 
144 aa  140  8e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000110741  unclonable  0.00000829235 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00957  50S ribosomal protein L15  54.93 
 
 
144 aa  139  9e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550522  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0189  50S ribosomal protein L15  54.23 
 
 
144 aa  139  9e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620711  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0452  50S ribosomal protein L15  55.94 
 
 
147 aa  139  9.999999999999999e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.37926  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2353  ribosomal protein L15  61.97 
 
 
144 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.124321  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0424  50S ribosomal protein L15  53.52 
 
 
144 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.107671  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0513  50S ribosomal protein L15  55.24 
 
 
147 aa  137  3.9999999999999997e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.155544  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3596  50S ribosomal protein L15  53.52 
 
 
144 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0211093  normal  0.0248646 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03103  hypothetical protein  53.52 
 
 
144 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00739395  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3686  50S ribosomal protein L15  53.52 
 
 
144 aa  137  4.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000602287  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3788  50S ribosomal protein L15  53.52 
 
 
144 aa  137  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.209885  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4624  50S ribosomal protein L15  53.52 
 
 
144 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00028401  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3617  50S ribosomal protein L15  53.52 
 
 
144 aa  137  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00159971  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3690  50S ribosomal protein L15  53.52 
 
 
144 aa  137  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153727  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3617  50S ribosomal protein L15  53.52 
 
 
144 aa  137  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0210768  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3784  50S ribosomal protein L15  53.52 
 
 
144 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000013362  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>