More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5035 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_5035  hypothetical protein  100 
 
 
339 aa  682  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0779  hypothetical protein  82.68 
 
 
360 aa  533  1e-150  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0596  hypothetical protein  77.61 
 
 
336 aa  526  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.642014  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0462  hypothetical protein  80.39 
 
 
345 aa  520  1e-146  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.170176 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0489  hypothetical protein  73.81 
 
 
344 aa  518  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0453  hypothetical protein  80.39 
 
 
345 aa  520  1e-146  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.533416  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3145  hypothetical protein  69.39 
 
 
333 aa  443  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.261814  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2991  hypothetical protein  69.23 
 
 
333 aa  432  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.36978  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0869  hypothetical protein  54.05 
 
 
339 aa  352  7e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3937  hypothetical protein  56.31 
 
 
328 aa  347  1e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.178831  normal  0.0313351 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5589  hypothetical protein  54.2 
 
 
335 aa  344  1e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3546  hypothetical protein  53.77 
 
 
330 aa  341  1e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0909589  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2869  hypothetical protein  51.96 
 
 
330 aa  340  2e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3671  extra-cytoplasmic solute receptor  55.13 
 
 
334 aa  338  6e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4624  hypothetical protein  50.76 
 
 
327 aa  332  8e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0828  hypothetical protein  51.96 
 
 
335 aa  329  5e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.136447  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4609  extra-cytoplasmic solute receptor  50.3 
 
 
328 aa  328  6e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.636278 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5565  hypothetical protein  55.41 
 
 
335 aa  319  5e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.517724  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2092  twin-arginine translocation pathway signal  50 
 
 
331 aa  318  6e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.061194  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4213  extra-cytoplasmic solute receptor  49.7 
 
 
326 aa  315  5e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1078  hypothetical protein  51.6 
 
 
344 aa  308  7e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.058258  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0994  hypothetical protein  51.6 
 
 
341 aa  308  8e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1635  hypothetical protein  47.58 
 
 
333 aa  307  1e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.345549  normal  0.902401 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0847  hypothetical protein  49.39 
 
 
331 aa  307  1e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.318374  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3983  extra-cytoplasmic solute receptor  49.09 
 
 
328 aa  308  1e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0104878 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5574  extra-cytoplasmic solute receptor  51.46 
 
 
330 aa  306  4e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0646  hypothetical protein  46.47 
 
 
334 aa  303  2e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4821  hypothetical protein  47.54 
 
 
330 aa  302  6e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3324  hypothetical protein  49.85 
 
 
328 aa  301  8e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0025587  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1316  hypothetical protein  48.2 
 
 
334 aa  301  8e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.293847  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2796  hypothetical protein  49.04 
 
 
336 aa  300  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.309219  normal  0.544833 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5382  extra-cytoplasmic solute receptor  46.39 
 
 
331 aa  300  3e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.203559  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3974  hypothetical protein  49.55 
 
 
328 aa  300  3e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.406148 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3664  hypothetical protein  49.68 
 
 
324 aa  300  3e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4286  extra-cytoplasmatic solute receptor  48.79 
 
 
353 aa  298  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5112  hypothetical protein  50.49 
 
 
325 aa  297  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.386337  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4389  hypothetical protein  49.35 
 
 
321 aa  296  3e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0823  hypothetical protein  44.86 
 
 
325 aa  296  4e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0213458 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1906  hypothetical protein  50.16 
 
 
325 aa  295  7e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375062  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1691  hypothetical protein  48.2 
 
 
331 aa  294  2e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0161  hypothetical protein  46.75 
 
 
330 aa  293  2e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0143  hypothetical protein  46.75 
 
 
330 aa  293  2e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1026  hypothetical protein  48.66 
 
 
333 aa  293  4e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.346833  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4004  hypothetical protein  51.48 
 
 
339 aa  292  5e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.506172  normal  0.0371737 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4229  twin-arginine translocation pathway signal  45.43 
 
 
335 aa  292  5e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.467764  normal  0.364318 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3949  hypothetical protein  47.04 
 
 
339 aa  292  6e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187886  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5894  extra-cytoplasmic solute receptor  44.78 
 
 
358 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2113  hypothetical protein  46.81 
 
 
318 aa  291  1e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.723108  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5849  hypothetical protein  50.81 
 
 
330 aa  291  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2898  hypothetical protein  48.08 
 
 
334 aa  289  5e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000220815  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5273  extra-cytoplasmic solute receptor  46.34 
 
 
322 aa  289  5e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal  0.0608959 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3614  hypothetical protein  48.05 
 
 
355 aa  289  6e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.380289  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4334  twin-arginine translocation pathway signal  45.97 
 
 
335 aa  289  6e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0464074 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0080  hypothetical protein  45.92 
 
 
343 aa  288  8e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.141434 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5146  hypothetical protein  43.11 
 
 
327 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0987531  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4876  extra-cytoplasmic solute receptor  47.87 
 
 
328 aa  288  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.748926  normal  0.754985 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2872  hypothetical protein  46.67 
 
 
334 aa  287  2e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.446965 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4511  hypothetical protein  47.35 
 
 
337 aa  287  2e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0843  hypothetical protein  49.18 
 
 
323 aa  287  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0159621  normal  0.161906 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2117  hypothetical protein  44.92 
 
 
327 aa  287  2e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.299705  normal  0.290671 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3884  hypothetical protein  47.13 
 
 
328 aa  286  3e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1197  hypothetical protein  47.17 
 
 
324 aa  286  3e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2753  hypothetical protein  46.27 
 
 
327 aa  286  4e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0378897 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4957  hypothetical protein  46.79 
 
 
331 aa  285  5e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0102082  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1868  hypothetical protein  44.54 
 
 
330 aa  285  5e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0638  twin-arginine translocation pathway signal  44.41 
 
 
330 aa  286  5e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5278  extra-cytoplasmic solute receptor  46.62 
 
 
331 aa  285  6e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.777708  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4047  extra-cytoplasmic solute receptor  42.34 
 
 
329 aa  285  7e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364236  normal  0.64466 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4323  hypothetical protein  42.43 
 
 
344 aa  285  8e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.957408  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0200  hypothetical protein  46.36 
 
 
349 aa  284  2e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2776  hypothetical protein  43.99 
 
 
332 aa  284  2e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.918758  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0801  hypothetical protein  48.37 
 
 
323 aa  283  2e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.618864  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0842  hypothetical protein  44.66 
 
 
325 aa  283  2e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1017  hypothetical protein  47.25 
 
 
304 aa  283  2e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.221773 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7860  hypothetical protein  45.18 
 
 
324 aa  284  2e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0191  hypothetical protein  46.82 
 
 
335 aa  284  2e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2095  hypothetical protein  47.88 
 
 
324 aa  284  2e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4853  extra-cytoplasmic solute receptor  48.86 
 
 
314 aa  283  3e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0565268  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1041  hypothetical protein  48.21 
 
 
327 aa  283  3e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1121  hypothetical protein  48.21 
 
 
325 aa  283  3e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.237862  normal  0.618143 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4972  hypothetical protein  47.06 
 
 
328 aa  282  5e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.345918  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5438  hypothetical protein  44 
 
 
326 aa  282  5e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1815  hypothetical protein  43.91 
 
 
325 aa  282  5e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00540737  normal  0.0160042 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3178  hypothetical protein  45.7 
 
 
328 aa  282  7e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000137109 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3791  hypothetical protein  47.02 
 
 
320 aa  282  7e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6278  hypothetical protein  48.37 
 
 
322 aa  281  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000130922  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0797  hypothetical protein  47.37 
 
 
386 aa  280  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3558  hypothetical protein  46.56 
 
 
327 aa  280  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2142  hypothetical protein  43.37 
 
 
332 aa  280  3e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.980907  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5741  hypothetical protein  42.9 
 
 
339 aa  280  3e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.286317  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2597  hypothetical protein  47.28 
 
 
331 aa  280  3e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0909173  normal  0.221055 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0116  hypothetical protein  43.64 
 
 
331 aa  279  5e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0099  hypothetical protein  43.64 
 
 
331 aa  279  5e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.361253  normal  0.47407 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5370  extra-cytoplasmic solute receptor  47.96 
 
 
322 aa  278  7e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.114035  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2537  hypothetical protein  46.53 
 
 
329 aa  278  8e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1708  hypothetical protein  44.44 
 
 
322 aa  278  1e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  4.67968e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0843  hypothetical protein  42.9 
 
 
324 aa  278  1e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.593129  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4385  hypothetical protein  44.89 
 
 
323 aa  277  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.944912  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3135  hypothetical protein  47.21 
 
 
326 aa  277  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.82433  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5896  hypothetical protein  44.66 
 
 
332 aa  277  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.971815  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>