124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4997 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4997  putative transcriptional regulator  100 
 
 
222 aa  456  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1289  hypothetical protein  52.43 
 
 
253 aa  228  5e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1043  hypothetical protein  51.94 
 
 
223 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0030  hypothetical protein  51.94 
 
 
223 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0384  hypothetical protein  51.94 
 
 
223 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1579  hypothetical protein  51.94 
 
 
223 aa  226  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.145631  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1494  hypothetical protein  51.94 
 
 
223 aa  226  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1200  hypothetical protein  51.94 
 
 
223 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108281  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0077  transcriptional regulator  51.94 
 
 
246 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.53122  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1452  putative transcriptional regulator  52.8 
 
 
217 aa  223  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.293298  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1246  putative transcriptional regulator  49.25 
 
 
203 aa  211  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.628425 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0435  putative transcriptional regulator  52.53 
 
 
199 aa  208  5e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.341746  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0888  putative transcriptional regulator  47.8 
 
 
211 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0995  hypothetical protein  46.31 
 
 
206 aa  198  5e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1711  putative transcriptional regulator  47.12 
 
 
210 aa  198  7e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.42173  normal  0.540015 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1048  putative transcriptional regulator  45.81 
 
 
207 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4804  putative transcriptional regulator  46.53 
 
 
210 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000646734 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3358  putative transcriptional regulator  46 
 
 
220 aa  195  5.000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0338727  normal  0.270871 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0915  putative transcriptional regulator  44.66 
 
 
218 aa  195  6e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.949391 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5538  putative transcriptional regulator  47.52 
 
 
209 aa  194  6e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.912326  normal  0.622551 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1011  putative transcriptional regulator  45.77 
 
 
207 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1080  putative transcriptional regulator  45.27 
 
 
207 aa  192  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0896  putative transcriptional regulator  47.12 
 
 
207 aa  192  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.610602 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1018  putative transcriptional regulator  45.27 
 
 
210 aa  191  6e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0091  hypothetical protein  45.5 
 
 
205 aa  190  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3176  transcriptional regulator  44.17 
 
 
206 aa  190  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1113  putative transcriptional regulator  44.78 
 
 
207 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2998  transcriptional regulator  44.17 
 
 
206 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00441752  normal  0.169259 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3079  transcriptional regulator  44.17 
 
 
206 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0625169  normal  0.749503 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4136  hypothetical protein  45.41 
 
 
214 aa  189  2.9999999999999997e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3788  hypothetical protein  45.41 
 
 
222 aa  189  2.9999999999999997e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3278  putative transcriptional regulator  45.27 
 
 
207 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0971152 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2786  putative transcriptional regulator  44.66 
 
 
208 aa  188  7e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.788805 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0018  putative transcriptional regulator  44.93 
 
 
214 aa  187  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3584  hypothetical protein  44.17 
 
 
206 aa  184  8e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2239  hypothetical protein  41.18 
 
 
205 aa  178  4.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001755  predicted transcriptional regulator  39.3 
 
 
206 aa  178  7e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0263515  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00716  hypothetical protein  38.81 
 
 
204 aa  176  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0028  transcriptional regulator  43.65 
 
 
217 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.572077  normal  0.204969 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4801  putative transcriptional regulator  38.89 
 
 
207 aa  159  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000472031 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0414  putative transcriptional regulator  29.17 
 
 
219 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0425  putative transcriptional regulator  28.7 
 
 
219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.973468  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4354  transcriptional regulator  29.03 
 
 
228 aa  110  1.0000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.898255 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1733  transcriptional regulator  31.28 
 
 
214 aa  110  2.0000000000000002e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.86463 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3070  transcriptional regulator, TrmB  28.29 
 
 
215 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.272047 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3451  putative transcriptional regulator  29.19 
 
 
217 aa  106  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.225926  hitchhiker  0.00000000543336 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1570  putative transcriptional regulator  32.16 
 
 
219 aa  104  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.417601  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03001  regulatory proteins, AsnC family protein  29.65 
 
 
215 aa  103  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.764788 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0423  transcriptional regulator  30.81 
 
 
227 aa  102  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.956901  normal  0.107177 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2284  transcriptional regulator  30.92 
 
 
214 aa  100  2e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.123055 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3558  putative transcriptional regulator  26.24 
 
 
210 aa  100  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4686  DeoR family transcriptional regulator  23.15 
 
 
210 aa  93.2  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000645179  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3726  putative transcriptional regulator  30.2 
 
 
212 aa  93.2  3e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110577  hitchhiker  0.00164762 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5102  transcriptional regulator, DeoR family  23.15 
 
 
210 aa  92.8  4e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4828  DeoR family transcriptional regulator  22.66 
 
 
210 aa  91.7  9e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00756639  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4669  DeoR family transcriptional regulator  22.66 
 
 
210 aa  91.7  9e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5193  DeoR family transcriptional regulator  22.66 
 
 
210 aa  91.7  9e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.076054  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3238  putative transcriptional regulator  29.85 
 
 
211 aa  91.3  9e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.990793 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0136  transcriptional regulator, DeoR family  23.65 
 
 
210 aa  91.7  9e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.790585  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5064  transcriptional regulator, DeoR family  22.66 
 
 
210 aa  91.7  9e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5097  DeoR family transcriptional regulator  22.17 
 
 
210 aa  90.1  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0402  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 
214 aa  90.1  2e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5103  transcriptional regulator, DeoR family  23.65 
 
 
210 aa  89.4  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.411801  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2060  MarR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
235 aa  87  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000547125  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0795  putative transcriptional regulator  28.5 
 
 
234 aa  87.4  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.164821  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4781  putative transcriptional regulator  22.66 
 
 
210 aa  86.7  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1166  putative transcriptional regulator  30.05 
 
 
221 aa  84.3  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0961  putative transcriptional regulator  26.42 
 
 
225 aa  83.2  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.189509  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13330  predicted transcriptional regulator  28.29 
 
 
238 aa  81.6  0.000000000000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.763143  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2175  transcriptional regulator TrmB  30.35 
 
 
203 aa  80.9  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.168136  normal  0.574645 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0303  transcriptional regulator, TrmB  27.83 
 
 
209 aa  80.9  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.320797  normal  0.117195 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0707  transcriptional regulator, TrmB  26.79 
 
 
209 aa  78.6  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2275  putative transcriptional regulator  28.09 
 
 
237 aa  75.5  0.0000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00171437  normal  0.131971 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2543  putative transcriptional regulator  29.5 
 
 
199 aa  73.9  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2493  putative transcriptional regulator  25.38 
 
 
211 aa  73.9  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0117208  normal  0.769487 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2341  putative transcriptional regulator  25.59 
 
 
270 aa  73.2  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.265482 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21960  predicted transcriptional regulator  26.82 
 
 
275 aa  70.1  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153457  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0414  putative transcriptional regulator  23.38 
 
 
220 aa  69.7  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.802259  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2382  regulatory protein ArsR  24.88 
 
 
274 aa  68.6  0.00000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.307498  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1356  putative transcriptional regulator  25.23 
 
 
248 aa  67.8  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2549  transcriptional regulator  27.84 
 
 
240 aa  67  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.12553  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2262  putative transcriptional regulator  26.2 
 
 
253 aa  67  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.148405 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2510  putative transcriptional regulator  26.05 
 
 
236 aa  65.5  0.0000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1139  putative transcriptional regulator  22.06 
 
 
252 aa  63.2  0.000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.140272  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2387  transcriptional regulator protein-like protein  26.49 
 
 
250 aa  63.5  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.328356  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1629  putative transcriptional regulator  31.08 
 
 
213 aa  62  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.346983  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1134  putative transcriptional regulator  27.23 
 
 
273 aa  61.2  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.767556  normal  0.0484804 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2435  transcriptional regulator  28.12 
 
 
238 aa  59.3  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.412292  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2480  transcriptional regulator  28.12 
 
 
238 aa  59.3  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.337028  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2063  putative transcriptional regulator  23.88 
 
 
280 aa  59.3  0.00000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2918  putative transcriptional regulator  26.73 
 
 
265 aa  58.2  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14610  predicted transcriptional regulator  25.45 
 
 
245 aa  58.2  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.330701  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2471  transcriptional regulator  26.25 
 
 
238 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4139  putative transcriptional regulator  28.43 
 
 
207 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.936463  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16120  transcriptional regulator  28.23 
 
 
269 aa  55.5  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.778634  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11480  predicted transcriptional regulator  26.76 
 
 
209 aa  55.1  0.0000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.902569  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1973  putative transcriptional regulator  25.12 
 
 
254 aa  53.5  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.490943 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2441  putative transcriptional regulator  25.97 
 
 
244 aa  53.1  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.47008  normal  0.125946 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1844  putative transcriptional regulator  21.8 
 
 
271 aa  50.8  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000755788 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3678  putative transcriptional regulator  24.52 
 
 
245 aa  48.9  0.00006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.12072  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>