More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4990 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4990  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 230 aa  452  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0359  two component transcriptional regulator  87.72 
 
 		 236 aa  395  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.274157  normal  0.104876 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3600  two component transcriptional regulator  82.91 
 
 		 235 aa  380  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2289  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  68.14 
 
 		 231 aa  308  4e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000420296  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0042  two component transcriptional regulator  65.93 
 
 		 231 aa  306  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.189828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3248  two component transcriptional regulator  65.79 
 
 		 232 aa  304  9.000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2502  two-component response regulator of kdp operon  68.86 
 
 		 234 aa  303  1.0000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1312  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.79 
 
 		 232 aa  303  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.1865 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1872  DNA-binding response regulator KdpE  66.67 
 
 		 234 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1088  DNA-binding response regulator KdpE  66.67 
 
 		 234 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0779  DNA-binding response regulator KdpE  66.67 
 
 		 234 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.97246  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1254  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  66.67 
 
 		 234 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00667548  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0371  DNA-binding response regulator KdpE  66.67 
 
 		 234 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1397  DNA-binding response regulator KdpE  66.67 
 
 		 232 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.089264  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1246  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  66.67 
 
 		 232 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3370  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.81 
 
 		 234 aa  300  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3023  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.81 
 
 		 234 aa  300  2e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1025  DNA-binding response regulator KdpE  65.79 
 
 		 234 aa  298  5e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0741  DNA-binding transcriptional activator KdpE  63.27 
 
 		 225 aa  296  2e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000675118  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3087  response regulator transcription regulator protein  65.93 
 
 		 234 aa  295  3e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0720  DNA-binding transcriptional activator KdpE  63.56 
 
 		 225 aa  296  3e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0669037  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  63.27 
 
 		 225 aa  295  4e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0716  DNA-binding transcriptional activator KdpE  63.27 
 
 		 225 aa  295  4e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0593355  normal  0.505732 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1244  DNA-binding transcriptional activator KdpE  64.47 
 
 		 229 aa  295  4e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00224308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0787  DNA-binding transcriptional activator KdpE  62.83 
 
 		 225 aa  295  5e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00651  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with KdpD  62.83 
 
 		 225 aa  294  7e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00642  hypothetical protein  62.83 
 
 		 225 aa  294  7e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0555  DNA-binding transcriptional activator KdpE  62.39 
 
 		 225 aa  294  7e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2962  DNA-binding transcriptional activator KdpE  62.83 
 
 		 225 aa  294  7e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0860  DNA-binding transcriptional activator KdpE  62.67 
 
 		 225 aa  293  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0750  DNA-binding transcriptional activator KdpE  62.67 
 
 		 225 aa  293  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.358042  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0824  DNA-binding transcriptional activator KdpE  62.22 
 
 		 225 aa  292  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0770111 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0810  DNA-binding transcriptional activator KdpE  62.22 
 
 		 225 aa  292  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0994  two component transcriptional regulator  65.35 
 
 		 232 aa  292  3e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2307  two component transcriptional regulator  65.35 
 
 		 232 aa  291  4e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1672  two component transcriptional regulator  65.35 
 
 		 232 aa  291  4e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.193412  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2284  two component transcriptional regulator  65.35 
 
 		 232 aa  291  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1206  two component transcriptional regulator  62.39 
 
 		 225 aa  291  7e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00352252 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2053  two component transcriptional regulator  64.32 
 
 		 232 aa  291  8e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.745879 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2931  DNA-binding transcriptional activator KdpE  63.68 
 
 		 229 aa  290  1e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2322  two component transcriptional regulator  64.91 
 
 		 232 aa  290  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521655  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2200  two component transcriptional regulator  64.91 
 
 		 232 aa  290  1e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0763  DNA-binding transcriptional activator KdpE  61.78 
 
 		 225 aa  289  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1126  DNA-binding transcriptional activator KdpE  63.23 
 
 		 226 aa  289  3e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.296902  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1214  DNA-binding transcriptional activator KdpE  62.67 
 
 		 226 aa  289  3e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1079  two component transcriptional regulator  61.67 
 
 		 230 aa  286  2e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5611  two component transcriptional regulator  64.04 
 
 		 232 aa  286  2e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0731674  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3557  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  66.82 
 
 		 230 aa  281  7.000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3578  DNA-binding transcriptional activator KdpE  63.51 
 
 		 209 aa  280  2e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.693422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1155  DNA-binding transcriptional activator KdpE  63.51 
 
 		 209 aa  280  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.232679  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1102  DNA-binding transcriptional activator KdpE  63.51 
 
 		 209 aa  280  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000603864  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1666  two component transcriptional regulator  59.21 
 
 		 230 aa  278  4e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3504  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.28 
 
 		 248 aa  272  3e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10580  Response regulator  58.41 
 
 		 229 aa  264  8.999999999999999e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5920  two component transcriptional regulator  58.37 
 
 		 247 aa  261  6.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2274  two component transcriptional regulator  57.96 
 
 		 231 aa  256  2e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3482  two component transcriptional regulator  55.51 
 
 		 231 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2213  DNA binding response regulator KdpE  56.41 
 
 		 231 aa  248  5e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4157  winged helix family two component transcriptional regulator  55.95 
 
 		 231 aa  248  8e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3729  two component transcriptional regulator  55.95 
 
 		 231 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1711  two component transcriptional regulator  55.95 
 
 		 231 aa  246  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  55.56 
 
 		 230 aa  245  4e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3636  two-component response regulator KdpE  57.14 
 
 		 230 aa  244  6e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.9171  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4029  two component transcriptional regulator  54.63 
 
 		 241 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.871415 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4253  two component transcriptional regulator  57.21 
 
 		 228 aa  241  7e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43340  two-component response regulator KdpE  55.8 
 
 		 230 aa  241  9e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807414  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2246  KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE  53.74 
 
 		 230 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.683582  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3104  two component transcriptional regulator  56.83 
 
 		 233 aa  238  5e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.317177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0942  two component transcriptional regulator, winged helix family  56 
 
 		 231 aa  238  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0532517  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1875  response regulator receiver  52.68 
 
 		 230 aa  238  6.999999999999999e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.72432  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.56 
 
 		 231 aa  237  1e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102691  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1159  two component transcriptional regulator  55.41 
 
 		 230 aa  235  4e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2540  two component transcriptional regulator  55.41 
 
 		 228 aa  234  7e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5960  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.86 
 
 		 226 aa  234  8e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.891848  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1172  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.7 
 
 		 235 aa  233  1.0000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4088  response regulator receiver  50.88 
 
 		 231 aa  233  2.0000000000000002e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1269  two component transcriptional regulator  54.15 
 
 		 228 aa  232  3e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2927  two component transcriptional regulator  54.5 
 
 		 228 aa  231  6e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3122  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.7 
 
 		 235 aa  231  6e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0891  two component transcriptional regulator  56 
 
 		 231 aa  231  7.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.391375  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1196  two component transcriptional regulator  51.77 
 
 		 240 aa  230  2e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4763  two component transcriptional regulator  51.35 
 
 		 230 aa  228  5e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.96205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1222  two component transcriptional regulator  52.44 
 
 		 235 aa  226  2e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2842  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.21 
 
 		 235 aa  225  6e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6070  two component response regulator  53.78 
 
 		 228 aa  224  9e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1708  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.35 
 
 		 228 aa  223  2e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.476364 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1791  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.23 
 
 		 240 aa  223  2e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000442123 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0450  two component transcriptional regulator  57.83 
 
 		 232 aa  223  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.153023  normal  0.103513 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2437  two component transcriptional regulator  52.89 
 
 		 233 aa  223  2e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4649  two component transcriptional regulator  51.35 
 
 		 230 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.424735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2379  two component transcriptional regulator  56.05 
 
 		 250 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.524484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11045  transcriptional regulatory protein kdpE  50 
 
 		 226 aa  220  9.999999999999999e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24530  Response regulator KdpE  51.34 
 
 		 232 aa  218  5e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0689152  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3077  two component transcriptional regulator  48.44 
 
 		 227 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5029  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.91 
 
 		 225 aa  215  4e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0742  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 245 aa  215  5.9999999999999996e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3050  two component transcriptional regulator  51.56 
 
 		 224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.519152  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1587  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.56 
 
 		 231 aa  212  2.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1884  response regulator receiver protein  48.25 
 
 		 244 aa  212  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.365735  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2262  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 231 aa  212  3.9999999999999995e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>