More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4935 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
389 aa  803    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  75.45 
 
 
392 aa  619  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  74.23 
 
 
387 aa  615  1e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  73.04 
 
 
387 aa  607  9.999999999999999e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  44.04 
 
 
388 aa  358  7e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  40.71 
 
 
401 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.57 
 
 
425 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 
472 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  25.41 
 
 
480 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
385 aa  140  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
385 aa  140  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 
398 aa  139  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
403 aa  137  3.0000000000000003e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  29.62 
 
 
385 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 
407 aa  131  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 
411 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 
386 aa  129  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
390 aa  129  9.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  26.08 
 
 
379 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 
380 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  28.35 
 
 
386 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  25.55 
 
 
377 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.97 
 
 
392 aa  126  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 
411 aa  126  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 
378 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  29.29 
 
 
398 aa  125  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 
385 aa  124  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
410 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 
386 aa  122  9.999999999999999e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.84 
 
 
397 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  21.8 
 
 
423 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
371 aa  120  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
415 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  26.32 
 
 
410 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
397 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 
394 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
394 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  20.91 
 
 
408 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
397 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
397 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 
386 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
397 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 
388 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 
374 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.67 
 
 
517 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 
382 aa  114  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
377 aa  114  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 
382 aa  113  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.36 
 
 
395 aa  113  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  27.23 
 
 
376 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
378 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.07 
 
 
399 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.21 
 
 
376 aa  110  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.21 
 
 
404 aa  109  8.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
384 aa  109  9.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.55 
 
 
407 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
409 aa  108  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  23.99 
 
 
392 aa  107  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  23.67 
 
 
496 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
411 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 
374 aa  107  5e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  27.85 
 
 
389 aa  106  7e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.0284097 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  24.48 
 
 
409 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  25.35 
 
 
392 aa  106  7e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.73 
 
 
519 aa  106  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
407 aa  106  9e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 
364 aa  106  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
378 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
382 aa  105  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  24.36 
 
 
409 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.45 
 
 
395 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  23.7 
 
 
410 aa  104  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
405 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  23.97 
 
 
394 aa  104  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
382 aa  103  5e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  29.03 
 
 
406 aa  103  7e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.19 
 
 
403 aa  102  8e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 
397 aa  102  9e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  27.51 
 
 
438 aa  102  9e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 
381 aa  102  1e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 
372 aa  102  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 
373 aa  102  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 
441 aa  102  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4698  extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
366 aa  102  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.026016  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 
386 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  29.24 
 
 
375 aa  100  3e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.88 
 
 
396 aa  100  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 
412 aa  100  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  22.81 
 
 
419 aa  100  4e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  25.87 
 
 
373 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
377 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.14 
 
 
512 aa  100  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.71 
 
 
399 aa  100  5e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
383 aa  100  6e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  27.34 
 
 
382 aa  99.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  24.61 
 
 
409 aa  99.8  8e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
410 aa  99.4  9e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
461 aa  99.4  9e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
461 aa  99.4  9e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 
382 aa  99.4  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>