156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4925 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4925  hypothetical protein  100 
 
 
142 aa  277  3e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  7.15814e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0246  hypothetical protein  77.3 
 
 
144 aa  224  3e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.163595  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0328  hypothetical protein  79.58 
 
 
142 aa  216  1e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.038975 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0263  hypothetical protein  79.58 
 
 
142 aa  208  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0112116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0268  hypothetical protein  79.58 
 
 
142 aa  208  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  4.76461e-06 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0193  hypothetical protein  76.76 
 
 
142 aa  202  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115967  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3804  hypothetical protein  73.94 
 
 
142 aa  200  5e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  2.16317e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0381  hypothetical protein  77.46 
 
 
142 aa  199  9e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.905108  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2979  hypothetical protein  72.54 
 
 
140 aa  197  5e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2569  hypothetical protein  72.54 
 
 
140 aa  197  5e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.83321 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2740  hypothetical protein  72.54 
 
 
140 aa  196  9e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4233  hypothetical protein  69.5 
 
 
146 aa  185  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.225935 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0307  putative transmembrane protein  72.54 
 
 
142 aa  184  3e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716288 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2830  hypothetical protein  71.83 
 
 
140 aa  179  8e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179032  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2969  hypothetical protein  71.13 
 
 
140 aa  177  3e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0580  hypothetical protein  64.79 
 
 
138 aa  175  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3376  hypothetical protein  64.79 
 
 
138 aa  173  9e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0317356  hitchhiker  7.30541e-10 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3744  hypothetical protein  63.64 
 
 
140 aa  168  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.440818 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2728  hypothetical protein  62.94 
 
 
140 aa  167  4e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2584  hypothetical protein  62.24 
 
 
140 aa  166  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.681885  hitchhiker  4.77128e-12 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0175  hypothetical protein  62.24 
 
 
140 aa  165  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0553  hypothetical protein  62.94 
 
 
140 aa  165  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.65595  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0658  hypothetical protein  62.24 
 
 
140 aa  165  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.431582  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0625  hypothetical protein  62.24 
 
 
140 aa  165  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0579  hypothetical protein  61.54 
 
 
140 aa  163  6e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.584359  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0366  hypothetical protein  63.38 
 
 
147 aa  162  1e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1225  hypothetical protein  63.38 
 
 
147 aa  162  1e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2449  hypothetical protein  63.38 
 
 
140 aa  162  2e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.906177  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3411  hypothetical protein  63.38 
 
 
138 aa  162  2e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3446  hypothetical protein  63.38 
 
 
138 aa  162  2e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.600198  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2636  hypothetical protein  63.38 
 
 
138 aa  162  2e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3446  hypothetical protein  63.38 
 
 
140 aa  162  2e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0381  hypothetical protein  70.99 
 
 
131 aa  158  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.314635  normal  0.174306 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1215  hypothetical protein  62.68 
 
 
140 aa  158  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34192  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0258  hypothetical protein  59.29 
 
 
141 aa  155  1e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0236  hypothetical protein  61.7 
 
 
141 aa  141  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0281  hypothetical protein  57.75 
 
 
138 aa  142  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.440714  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3722  hypothetical protein  57.75 
 
 
136 aa  137  4e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3934  hypothetical protein  52.11 
 
 
142 aa  134  6e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0461  hypothetical protein  51.03 
 
 
141 aa  131  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.335384  normal  0.121945 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4772  hypothetical protein  51.03 
 
 
141 aa  131  4e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.338274  normal  0.685574 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46050  hypothetical protein  50 
 
 
142 aa  130  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0464  hypothetical protein  51.03 
 
 
141 aa  130  8e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00424113 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0431  hypothetical protein  50.34 
 
 
141 aa  129  2e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2425  transmembrane protein  54.23 
 
 
137 aa  127  6e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0228  hypothetical protein  51.05 
 
 
139 aa  122  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0689  hypothetical protein  48.95 
 
 
140 aa  122  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.885793  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2413  hypothetical protein  46.53 
 
 
168 aa  118  2e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4570  hypothetical protein  50 
 
 
142 aa  117  4e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0603  hypothetical protein  49.3 
 
 
142 aa  116  1e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0802  hypothetical protein  53.47 
 
 
140 aa  115  2e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.994643  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0881  hypothetical protein  45.39 
 
 
141 aa  115  2e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.569107  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5103  hypothetical protein  55.24 
 
 
142 aa  114  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.605175  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08470  hypothetical protein  52.78 
 
 
140 aa  113  7e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.78452e-07 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4625  hypothetical protein  41.13 
 
 
148 aa  113  8e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0702  hypothetical protein  53.52 
 
 
137 aa  112  1e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0831  hypothetical protein  46.1 
 
 
141 aa  111  4e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0547  hypothetical protein  46.43 
 
 
142 aa  110  9e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01598  hypothetical protein  44.37 
 
 
142 aa  107  6e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0431  hypothetical protein  50 
 
 
140 aa  107  8e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0111877 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0474  hypothetical protein  51.75 
 
 
137 aa  102  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1496  hypothetical protein  40.71 
 
 
146 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0864427 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1248  hypothetical protein  44.22 
 
 
151 aa  98.6  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.236375 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1862  hypothetical protein  42.25 
 
 
144 aa  98.2  3e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.521367  normal  0.897697 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2151  hypothetical protein  42.96 
 
 
144 aa  97.4  6e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1493  hypothetical protein  47.55 
 
 
140 aa  96.3  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1774  hypothetical protein  40 
 
 
146 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.151606  normal  0.251617 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1490  hypothetical protein  48.28 
 
 
140 aa  95.5  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1495  hypothetical protein  40 
 
 
146 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.44802  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4259  hypothetical protein  41.1 
 
 
178 aa  94.4  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.781218 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4297  hypothetical protein  39.29 
 
 
143 aa  93.6  7e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.818431  normal  0.0309723 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1258  hypothetical protein  42.25 
 
 
140 aa  92.4  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3475  hypothetical protein  41.26 
 
 
177 aa  91.7  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3568  hypothetical protein  40 
 
 
143 aa  90.9  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0558336  normal  0.555029 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1825  hypothetical protein  41.43 
 
 
144 aa  90.1  9e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0349545 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01813  hypothetical protein  40.69 
 
 
148 aa  89.7  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0118637  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3618  hypothetical protein  39.72 
 
 
148 aa  89.7  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1040  hypothetical protein  40 
 
 
141 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0855  hypothetical protein  39.16 
 
 
178 aa  88.2  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.275391  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2065  hypothetical protein  39.01 
 
 
178 aa  87  8e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.101889  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1985  hypothetical protein  39.01 
 
 
178 aa  86.3  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0427  hypothetical protein  37.32 
 
 
146 aa  85.5  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1270  hypothetical protein  38.89 
 
 
141 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0384  hypothetical protein  39.44 
 
 
186 aa  85.9  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0211901 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2533  hypothetical protein  38.89 
 
 
141 aa  85.5  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3933  hypothetical protein  43.15 
 
 
178 aa  85.5  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1259  hypothetical protein  41.26 
 
 
148 aa  84.7  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0162  hypothetical protein  36.62 
 
 
140 aa  84.3  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0779497  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3452  UPF0093 membrane protein  38.73 
 
 
145 aa  84  7e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0299  hypothetical protein  37.06 
 
 
146 aa  83.6  8e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0172  hypothetical protein  40.41 
 
 
150 aa  81.3  4e-15  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.445067  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0151  hypothetical protein  40.41 
 
 
150 aa  81.3  4e-15  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1325  hypothetical protein  41.73 
 
 
125 aa  81.3  4e-15  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0175884  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1925  hypothetical protein  40.43 
 
 
149 aa  81.3  5e-15  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.975462  normal  0.614491 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0293  hypothetical protein  35 
 
 
143 aa  80.5  6e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0394  hypothetical protein  35.21 
 
 
146 aa  80.5  6e-15  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.776643  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3572  hypothetical protein  38.19 
 
 
175 aa  80.5  8e-15  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0398  hypothetical protein  39.37 
 
 
172 aa  80.1  9e-15  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.85997  normal  0.904592 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0112  hypothetical membrane spanning protein  42.96 
 
 
139 aa  80.1  9e-15  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0391  hypothetical protein  31.97 
 
 
140 aa  80.1  1e-14  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>