More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4859 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  66.67 
 
 
552 aa  706    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4135  DNA ligase, ATP-dependent  65.85 
 
 
571 aa  717    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3873  ATP-dependent DNA ligase  65.79 
 
 
567 aa  712    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.537943 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  67.64 
 
 
551 aa  734    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  65.84 
 
 
562 aa  728    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  67.03 
 
 
552 aa  707    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  76.07 
 
 
559 aa  825    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  75.27 
 
 
563 aa  805    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  66.85 
 
 
552 aa  709    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  67.86 
 
 
552 aa  711    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 
551 aa  1089    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  67.09 
 
 
553 aa  691    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  78.05 
 
 
566 aa  833    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  75.54 
 
 
559 aa  817    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  62.43 
 
 
542 aa  637    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  58.36 
 
 
558 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  57.47 
 
 
558 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  56.64 
 
 
561 aa  589  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  52.78 
 
 
584 aa  544  1e-153  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  53.19 
 
 
544 aa  536  1e-151  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  52.48 
 
 
552 aa  535  1e-150  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  47.73 
 
 
533 aa  505  9.999999999999999e-143  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  47.72 
 
 
530 aa  493  9.999999999999999e-139  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  46.38 
 
 
530 aa  482  1e-135  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  51.08 
 
 
534 aa  484  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  50.63 
 
 
534 aa  480  1e-134  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  46.13 
 
 
538 aa  470  1.0000000000000001e-131  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  50.63 
 
 
532 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  50.18 
 
 
533 aa  464  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  47.11 
 
 
532 aa  462  1e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  50.36 
 
 
533 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  46.28 
 
 
535 aa  459  9.999999999999999e-129  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  50.72 
 
 
535 aa  461  9.999999999999999e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  47.64 
 
 
532 aa  450  1e-125  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  45.07 
 
 
554 aa  427  1e-118  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  44.62 
 
 
551 aa  422  1e-117  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  37.43 
 
 
546 aa  402  1e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  37.79 
 
 
546 aa  398  1e-109  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  37.25 
 
 
546 aa  397  1e-109  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  37.32 
 
 
545 aa  382  1e-105  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  41.92 
 
 
514 aa  341  2.9999999999999998e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0032  ATP-dependent DNA ligase  39.96 
 
 
536 aa  330  3e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1470  ATP dependent DNA ligase  41.26 
 
 
542 aa  326  9e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997789  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  40.38 
 
 
574 aa  324  3e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  40.17 
 
 
568 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  40.07 
 
 
570 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  42.75 
 
 
522 aa  317  3e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  40.07 
 
 
572 aa  310  4e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0462  ATP-dependent DNA ligase  39.21 
 
 
594 aa  310  5e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4898  ATP-dependent DNA ligase  39.96 
 
 
539 aa  305  1.0000000000000001e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  36.62 
 
 
622 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0803  ATP-dependent DNA ligase  37.28 
 
 
541 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.117454 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4044  ATP-dependent DNA ligase  38.76 
 
 
539 aa  303  7.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0915  ATP-dependent DNA ligase  37.28 
 
 
541 aa  302  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137062  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  38.19 
 
 
550 aa  300  3e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  39.47 
 
 
532 aa  298  1e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0751  ATP-dependent DNA ligase  38.61 
 
 
578 aa  296  5e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.280099 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  41.63 
 
 
648 aa  296  7e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  42.35 
 
 
630 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3432  ATP dependent DNA ligase  36.79 
 
 
576 aa  290  3e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0304262  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3237  ATP dependent DNA ligase  35.71 
 
 
613 aa  289  8e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.330095  normal  0.222492 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  37.7 
 
 
531 aa  288  2e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6007  ATP-dependent DNA ligase  36.4 
 
 
539 aa  288  2.9999999999999996e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4617  ATP-dependent DNA ligase  35.85 
 
 
622 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3561  ATP dependent DNA ligase  35.49 
 
 
614 aa  286  7e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.147448 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2804  ATP-dependent DNA ligase  38.19 
 
 
537 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414276  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0553  ATP-dependent DNA ligase  38.93 
 
 
561 aa  281  2e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00668  DNA ligase  30.68 
 
 
576 aa  243  5e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.60466  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  31.73 
 
 
576 aa  210  4e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.02 
 
 
1017 aa  205  1e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  26.62 
 
 
567 aa  154  5e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.67 
 
 
552 aa  152  2e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.42 
 
 
548 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.01 
 
 
509 aa  147  6e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  32.11 
 
 
527 aa  145  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  26.12 
 
 
568 aa  144  5e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  28.82 
 
 
547 aa  143  8e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.1 
 
 
553 aa  143  9.999999999999999e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.27 
 
 
550 aa  141  3.9999999999999997e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.54 
 
 
610 aa  140  4.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.26 
 
 
539 aa  139  1e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.64 
 
 
592 aa  139  1e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.77 
 
 
522 aa  138  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.32 
 
 
562 aa  139  2e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.64 
 
 
556 aa  137  4e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  30.32 
 
 
546 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.39 
 
 
592 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  36.25 
 
 
519 aa  129  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  34.71 
 
 
509 aa  125  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  33.43 
 
 
503 aa  122  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.86 
 
 
510 aa  122  9.999999999999999e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  31.1 
 
 
508 aa  122  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  29.22 
 
 
507 aa  121  3e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000184866 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.29 
 
 
531 aa  121  3e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  26.75 
 
 
583 aa  119  9.999999999999999e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  33.44 
 
 
507 aa  117  5e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  27.41 
 
 
584 aa  117  6e-25  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  26.51 
 
 
584 aa  117  6e-25  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  31.34 
 
 
513 aa  116  8.999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.43 
 
 
594 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>