More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4703 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 368 aa  739    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  67.34 
 
 		 371 aa  497  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  61.89 
 
 		 370 aa  471  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  61.19 
 
 		 370 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  61.19 
 
 		 370 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  61.85 
 
 		 367 aa  459  9.999999999999999e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  61.54 
 
 		 368 aa  441  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  59.78 
 
 		 374 aa  442  1e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  59.78 
 
 		 374 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  60.5 
 
 		 373 aa  436  1e-121  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  58.29 
 
 		 377 aa  433  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  58.56 
 
 		 377 aa  434  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  47.45 
 
 		 379 aa  330  3e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  46.83 
 
 		 378 aa  323  4e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  39.11 
 
 		 383 aa  241  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  40.8 
 
 		 382 aa  229  5e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  37.87 
 
 		 383 aa  223  6e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  36.93 
 
 		 375 aa  211  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  32.63 
 
 		 385 aa  202  6e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  32.63 
 
 		 385 aa  202  6e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  34.49 
 
 		 398 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  34.07 
 
 		 377 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  33.61 
 
 		 386 aa  195  8.000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  34.1 
 
 		 395 aa  194  3e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  32.51 
 
 		 385 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 377 aa  191  2.9999999999999997e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  32.96 
 
 		 374 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 		 382 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  31.4 
 
 		 392 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  31.5 
 
 		 403 aa  182  9.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  31.15 
 
 		 380 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  31.1 
 
 		 384 aa  174  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  31.28 
 
 		 378 aa  173  3.9999999999999995e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  32.18 
 
 		 411 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  32.18 
 
 		 411 aa  169  7e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  31.69 
 
 		 385 aa  169  9e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  32.68 
 
 		 385 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  32.38 
 
 		 382 aa  166  5e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  31.4 
 
 		 385 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  32.52 
 
 		 382 aa  166  9e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  32.58 
 
 		 472 aa  165  9e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  32.52 
 
 		 382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  31.79 
 
 		 384 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  31.3 
 
 		 408 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  33.05 
 
 		 423 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  32.58 
 
 		 480 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  29.94 
 
 		 383 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 		 386 aa  156  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.42 
 
 		 388 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  31.51 
 
 		 408 aa  151  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  31.9 
 
 		 386 aa  149  5e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  30.49 
 
 		 342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  32.1 
 
 		 378 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  32.07 
 
 		 394 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  29.11 
 
 		 383 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  28.91 
 
 		 383 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  31.28 
 
 		 372 aa  145  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  32.07 
 
 		 363 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  32.12 
 
 		 393 aa  141  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  31.12 
 
 		 388 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  31.12 
 
 		 388 aa  140  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 		 386 aa  139  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 		 425 aa  138  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  31.5 
 
 		 381 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2392  extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 		 380 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  29.44 
 
 		 426 aa  133  6e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 		 383 aa  132  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  30.23 
 
 		 382 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  30.83 
 
 		 391 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  30.73 
 
 		 382 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 		 379 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 		 416 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  28.43 
 
 		 388 aa  124  3e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 		 416 aa  123  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  24.65 
 
 		 386 aa  115  2.0000000000000002e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1014  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.49 
 
 		 370 aa  114  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0676014 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 		 382 aa  114  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  27.09 
 
 		 497 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0364  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.69 
 
 		 390 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1431  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.01 
 
 		 380 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 		 384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.83 
 
 		 425 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  25.22 
 
 		 539 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.45 
 
 		 517 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 		 387 aa  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 		 380 aa  103  3e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  22.41 
 
 		 386 aa  103  5e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  26.9 
 
 		 434 aa  101  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.39 
 
 		 512 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  25.72 
 
 		 438 aa  100  4e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00418  hypothetical protein  24.86 
 
 		 380 aa  99.4  8e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.303098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  28.81 
 
 		 437 aa  97.8  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 403 aa  97.1  4e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 		 387 aa  96.7  7e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  36.88 
 
 		 592 aa  96.3  7e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 		 381 aa  95.5  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.96 
 
 		 496 aa  95.9  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 		 415 aa  95.5  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 		 394 aa  95.9  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 379 aa  94  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>