More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4699 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
272 aa  530  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82.09 
 
 
278 aa  411  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.88 
 
 
274 aa  402  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.54 
 
 
279 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  70.41 
 
 
279 aa  362  4e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.89 
 
 
281 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.66 
 
 
279 aa  357  9e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  69.66 
 
 
289 aa  350  1e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  69.66 
 
 
289 aa  350  1e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  69.66 
 
 
279 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  68.91 
 
 
279 aa  345  5e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.04 
 
 
281 aa  341  7e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.04 
 
 
281 aa  341  7e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.04 
 
 
281 aa  341  7e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.66 
 
 
281 aa  340  1e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  69.66 
 
 
278 aa  340  2e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.66 
 
 
278 aa  340  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445054  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.66 
 
 
278 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.708074  normal  0.0941502 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.29 
 
 
278 aa  338  7e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2634  Fis family transcriptional regulator  75.46 
 
 
275 aa  337  9.999999999999999e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.02 
 
 
275 aa  332  4e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  65.4 
 
 
274 aa  330  1e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.02 
 
 
275 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.19 
 
 
279 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.19 
 
 
279 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1731  transmembrane ABC transporter protein  70.08 
 
 
272 aa  323  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0271867  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.02 
 
 
275 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.05 
 
 
278 aa  315  5e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00468579  normal  0.67881 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.05 
 
 
278 aa  315  7e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000044635 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.64 
 
 
275 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.64 
 
 
275 aa  311  9e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  65.78 
 
 
276 aa  306  3e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  65.78 
 
 
276 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.22 
 
 
274 aa  304  1.0000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0565  polyamine ABC transporter, permease protein  65.91 
 
 
273 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4612  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  67.05 
 
 
273 aa  300  1e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.950111 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  61.29 
 
 
275 aa  292  3e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.6 
 
 
270 aa  278  5e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.98 
 
 
272 aa  275  6e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.98 
 
 
272 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.62 
 
 
284 aa  264  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.27 
 
 
278 aa  263  3e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  56.3 
 
 
282 aa  262  4e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  50.18 
 
 
282 aa  262  4e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  56.3 
 
 
282 aa  261  6e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.3 
 
 
282 aa  261  6e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.42 
 
 
280 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475506  normal  0.0258331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3472  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  54.62 
 
 
275 aa  258  8e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.71 
 
 
275 aa  247  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
317 aa  246  3e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.964128  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3462  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
317 aa  246  3e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.52 
 
 
391 aa  244  9.999999999999999e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1886  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  46.62 
 
 
302 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0261044  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.62 
 
 
302 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
311 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.49 
 
 
337 aa  229  3e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.494716  normal  0.616088 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.91 
 
 
302 aa  222  6e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703183  decreased coverage  0.00406326 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.03 
 
 
261 aa  219  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.367092  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.98 
 
 
264 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.37 
 
 
261 aa  214  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.3 
 
 
284 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0329  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  47.54 
 
 
258 aa  208  8e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0303  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  48.17 
 
 
242 aa  204  1e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.102873  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  47.51 
 
 
279 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.77 
 
 
262 aa  195  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.76 
 
 
275 aa  194  1e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.79 
 
 
268 aa  191  1e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
265 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.496226  normal  0.414836 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.25 
 
 
266 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1815  ABC transporter permease  84.82 
 
 
118 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.132168  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.25 
 
 
265 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.887799  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 
264 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
266 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1611  spermidine/putrescine ABC transporter permease  50.41 
 
 
259 aa  179  4e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
276 aa  177  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.16 
 
 
597 aa  176  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1507  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  40.17 
 
 
264 aa  175  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375803  normal  0.0420414 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.56 
 
 
264 aa  172  6.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
269 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.55 
 
 
266 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  37.08 
 
 
267 aa  169  5e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
587 aa  169  5e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 
269 aa  169  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.45 
 
 
261 aa  168  8e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.9 
 
 
269 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.9 
 
 
268 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.9 
 
 
268 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.66 
 
 
591 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  37.6 
 
 
264 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
588 aa  166  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  36.93 
 
 
265 aa  166  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.33 
 
 
276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  37.44 
 
 
266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
265 aa  163  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
265 aa  162  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2209  putrescine ABC transporter permease  38.61 
 
 
264 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.052298  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.48 
 
 
264 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.07 
 
 
264 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.1 
 
 
269 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>