More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4640 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  100 
 
 		 305 aa  596  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4200  ribokinase  60.47 
 
 		 326 aa  332  4e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2130  ribokinase-like domain-containing protein  59.68 
 
 		 322 aa  285  9e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.250836 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  52.74 
 
 		 311 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  50.69 
 
 		 309 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  50 
 
 		 308 aa  251  7e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  50.34 
 
 		 308 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  52.05 
 
 		 311 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  52.05 
 
 		 311 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  51.19 
 
 		 309 aa  248  8e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  48.97 
 
 		 302 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  50.85 
 
 		 309 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  48.01 
 
 		 315 aa  240  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  40.82 
 
 		 309 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  45.76 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  47.81 
 
 		 305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  49.48 
 
 		 310 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  46.92 
 
 		 302 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  47.78 
 
 		 302 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  51.19 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  47.44 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  48.99 
 
 		 309 aa  229  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  47.12 
 
 		 305 aa  229  4e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  45.42 
 
 		 308 aa  228  7e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  48.81 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  43.62 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  44.26 
 
 		 312 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  44.33 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  39.8 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6608  ribokinase  51.54 
 
 		 308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.487327  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  39.46 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  42.91 
 
 		 310 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  51.54 
 
 		 308 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  51.54 
 
 		 308 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425434 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  45.27 
 
 		 321 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  45.81 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  43.62 
 
 		 306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  38.69 
 
 		 345 aa  216  5e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  48.24 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  45.1 
 
 		 295 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  46.62 
 
 		 302 aa  208  9e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  41.16 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  37.41 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0878  ribokinase  44.93 
 
 		 321 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0605401  normal  0.165576 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  40.85 
 
 		 317 aa  206  6e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  44.03 
 
 		 308 aa  205  8e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  41.69 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1871  ribokinase  48.11 
 
 		 324 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.215166  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  37.97 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1858  ribokinase  48.11 
 
 		 324 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  41.69 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  45.3 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  43.64 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0558  PfkB domain protein  41.16 
 
 		 295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  41.5 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  41.22 
 
 		 306 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  44.78 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  42.23 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  37.04 
 
 		 306 aa  196  3e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  42.38 
 
 		 308 aa  196  5.000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  42.38 
 
 		 308 aa  196  5.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  42.57 
 
 		 308 aa  195  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  42.05 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  39.59 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  38.59 
 
 		 307 aa  192  6e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  41.08 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  42.91 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  42.52 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  41.61 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  35.02 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  41.61 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  41.61 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2877  ribokinase-like domain-containing protein  47.02 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.98714  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  41.61 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  41.61 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  41.28 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  41.28 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  41.28 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  38.85 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2023  ribokinase  46.83 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  42.57 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  38.8 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  37.58 
 
 		 302 aa  186  6e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000942042  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  40.14 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  40.14 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  35.25 
 
 		 340 aa  185  9e-46  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  41.16 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  41.33 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  38.72 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  40.48 
 
 		 308 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  39.46 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  39.46 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  41.95 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2276  PfkB domain protein  44.11 
 
 		 307 aa  182  7e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.303585  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  35.81 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  38.85 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  38.85 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  36.12 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1818  ribokinase-like domain-containing protein  34.68 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.72818  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  40.6 
 
 		 309 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>