79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4578 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4578  protein of unknown function DUF88  100 
 
 
527 aa  1062    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.975373  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0028  protein of unknown function DUF88  35.36 
 
 
509 aa  249  7e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0344  protein of unknown function DUF88  36 
 
 
504 aa  249  1e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.752457  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1706  hypothetical protein  35.48 
 
 
507 aa  246  6.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.936741 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0056  protein of unknown function DUF88  43.48 
 
 
448 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3848  hypothetical protein  43.48 
 
 
461 aa  210  6e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1187  hypothetical protein  43.97 
 
 
418 aa  192  1e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.000000236385  decreased coverage  0.000174597 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3051  protein of unknown function DUF88  44.74 
 
 
418 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10856 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2484  hypothetical protein  39.92 
 
 
439 aa  172  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00113577  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3564  hypothetical protein  36.78 
 
 
415 aa  169  1e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0587  protein of unknown function DUF88  48.54 
 
 
240 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00000787089  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1289  protein of unknown function DUF88  50.31 
 
 
474 aa  162  1e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0260555  hitchhiker  0.00441203 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0546  protein of unknown function DUF88  30.95 
 
 
426 aa  140  7e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3189  hypothetical protein  26.69 
 
 
421 aa  89.4  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2205  hypothetical protein  24.91 
 
 
381 aa  88.6  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1072  hypothetical protein  30.28 
 
 
507 aa  87.8  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1072  hypothetical protein  30.28 
 
 
501 aa  87  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0492995  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1883  hypothetical protein  30.71 
 
 
477 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.148092  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0347  hypothetical protein  30.28 
 
 
483 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1798  hypothetical protein  30.28 
 
 
483 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1099  hypothetical protein  29.63 
 
 
472 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167735  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2113  hypothetical protein  29.58 
 
 
508 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.827349  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1168  hypothetical protein  29.58 
 
 
498 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.628977  normal  0.0240517 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0714  hypothetical protein  29.58 
 
 
498 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1193  hypothetical protein  29.58 
 
 
498 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1700  protein of unknown function DUF88  30.28 
 
 
564 aa  84  0.000000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0123455  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4302  hypothetical protein  29.58 
 
 
496 aa  84  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160322  normal  0.186883 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2999  protein of unknown function DUF88  30.22 
 
 
253 aa  82.8  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1190  protein of unknown function DUF88  27.65 
 
 
275 aa  82.8  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2905  protein of unknown function DUF88  30.22 
 
 
253 aa  82.4  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.489552  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2817  hypothetical protein  30.22 
 
 
253 aa  82  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.556577  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1940  hypothetical protein  28.12 
 
 
308 aa  81.3  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1734  hypothetical protein  28.12 
 
 
249 aa  79.7  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.322719 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3191  protein of unknown function DUF88  27.08 
 
 
478 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000122431  normal  0.16823 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0541  hypothetical protein  29.58 
 
 
440 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0775  hypothetical protein  27.08 
 
 
480 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.193151  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0980  protein of unknown function DUF88  25.65 
 
 
260 aa  77.4  0.0000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3120  hypothetical protein  25.6 
 
 
264 aa  75.1  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.462437  normal  0.0322119 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4412  hypothetical protein  24.86 
 
 
787 aa  62.4  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00112817  normal  0.0579767 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3445  hypothetical protein  24.86 
 
 
842 aa  61.6  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.132322 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04690  hypothetical protein  26.76 
 
 
412 aa  60.5  0.00000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0741  protein of unknown function DUF88  27.82 
 
 
251 aa  58.2  0.0000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.614685 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3705  protein of unknown function DUF88  23.08 
 
 
600 aa  57.4  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000821311  hitchhiker  0.0000382798 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4005  hypothetical protein  27.49 
 
 
263 aa  55.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.52012  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0180  hypothetical protein  30.39 
 
 
254 aa  54.3  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.124198  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2090  hypothetical protein  24.31 
 
 
268 aa  52.8  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0105  hypothetical protein  32.91 
 
 
236 aa  52.4  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4745  hypothetical protein  30.97 
 
 
246 aa  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1542  hypothetical protein  20.9 
 
 
272 aa  51.6  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3241  hypothetical protein  23.67 
 
 
789 aa  50.8  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000142022  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0048  hypothetical protein  30.53 
 
 
239 aa  50.4  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.665316  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2026  hypothetical protein  33.77 
 
 
270 aa  50.4  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0207  hypothetical protein  27.12 
 
 
194 aa  49.7  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00903203  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3535  hypothetical protein  30.97 
 
 
264 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.098439  normal  0.0144387 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0855  hypothetical protein  24.31 
 
 
183 aa  49.3  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000154365  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4909  hypothetical protein  20.97 
 
 
279 aa  48.5  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0665884  normal  0.351144 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0052  protein of unknown function DUF88  26.23 
 
 
470 aa  47.8  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.315794  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0169  hypothetical protein  30.67 
 
 
271 aa  47.8  0.0005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.654892  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1300  hypothetical protein  27.5 
 
 
162 aa  47.4  0.0006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3452  hypothetical protein  25.73 
 
 
282 aa  47.4  0.0006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1042  protein of unknown function DUF88  26.06 
 
 
378 aa  46.2  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.18689 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4482  hypothetical protein  31.65 
 
 
267 aa  46.6  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00290  hypothetical protein  29.09 
 
 
249 aa  47  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2410  hypothetical protein  25 
 
 
259 aa  47  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.727494  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0857  protein of unknown function DUF88  32.43 
 
 
275 aa  46.6  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2871  hypothetical protein  29.52 
 
 
240 aa  46.6  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.234327 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1459  hypothetical protein  26.67 
 
 
248 aa  45.8  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.360023  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0221  hypothetical protein  28.44 
 
 
193 aa  46.2  0.002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0110  hypothetical protein  26.67 
 
 
248 aa  45.8  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.151004 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3603  protein of unknown function DUF88  24.28 
 
 
259 aa  45.4  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162611  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1822  hypothetical protein  32.93 
 
 
275 aa  45.8  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.81231  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1404  protein of unknown function DUF88  24.42 
 
 
296 aa  45.1  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.516072  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0118  hypothetical protein  33.78 
 
 
286 aa  44.7  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.122838  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0482  hypothetical protein  29.76 
 
 
287 aa  44.3  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.790774  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0659  hypothetical protein  41.67 
 
 
262 aa  43.9  0.007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3395  hypothetical protein  24.05 
 
 
432 aa  43.9  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5232  hypothetical protein  40 
 
 
284 aa  43.9  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.682006 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3691  hypothetical protein  31.87 
 
 
272 aa  43.5  0.009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2071  hypothetical protein  27.27 
 
 
247 aa  43.5  0.01  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000154426  normal  0.408823 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>