More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4495 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4495  integrase family protein  100 
 
 
409 aa  833    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.338332  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  57.64 
 
 
445 aa  455  1e-127  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  53.73 
 
 
400 aa  430  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  54.21 
 
 
403 aa  431  1e-119  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  51.81 
 
 
420 aa  427  1e-118  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  53.32 
 
 
411 aa  422  1e-117  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  53.3 
 
 
403 aa  422  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  53.83 
 
 
406 aa  419  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  53.77 
 
 
413 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  54.42 
 
 
378 aa  418  1e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1577  integrase family protein  53.92 
 
 
407 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  53.58 
 
 
406 aa  411  1e-113  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  51.8 
 
 
421 aa  410  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  52.46 
 
 
405 aa  405  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2301  integrase family protein  55.42 
 
 
403 aa  404  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0308484  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  52.1 
 
 
407 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  53.6 
 
 
419 aa  401  9.999999999999999e-111  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  51.6 
 
 
404 aa  391  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  50.62 
 
 
404 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2643  phage integrase family protein  51.7 
 
 
413 aa  389  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.914723  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  49.63 
 
 
410 aa  385  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  50.62 
 
 
404 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3669  prophage CP4-like integrase  49.63 
 
 
462 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18314  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  50.12 
 
 
428 aa  375  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3112  integrase family protein  51.82 
 
 
412 aa  370  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.053252  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  47.28 
 
 
429 aa  367  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2704  Phage integrase  48.89 
 
 
404 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143842  hitchhiker  0.00000139825 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  48.1 
 
 
394 aa  352  5e-96  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3469  integrase family protein  47.16 
 
 
433 aa  345  1e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0478  integrase family protein  45.05 
 
 
427 aa  344  2e-93  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1143  phage integrase family protein  47.28 
 
 
412 aa  342  8e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0657  phage integrase family protein  46.4 
 
 
412 aa  339  5e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.907789  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2200  integrase family protein  46.97 
 
 
415 aa  338  8e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2428  phage integrase family protein  44.95 
 
 
398 aa  332  8e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0129894  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  44.3 
 
 
402 aa  323  3e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2830  phage integrase  43.96 
 
 
412 aa  323  4e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  43.03 
 
 
404 aa  319  6e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2460  phage integrase family protein  43.65 
 
 
413 aa  319  6e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.269087  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  42.79 
 
 
404 aa  318  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  42.79 
 
 
404 aa  318  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  45.94 
 
 
405 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1216  phage integrase family protein  45.5 
 
 
402 aa  317  2e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.190832  normal  0.145773 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1557  integrase family protein  46.17 
 
 
403 aa  317  3e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0662  phage integrase family protein  44.36 
 
 
417 aa  314  1.9999999999999998e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421315  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  42.32 
 
 
397 aa  314  1.9999999999999998e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2767  phage integrase family protein  43.92 
 
 
421 aa  313  2.9999999999999996e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00105965 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  44.79 
 
 
425 aa  313  4.999999999999999e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  43.04 
 
 
394 aa  310  2e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  43.04 
 
 
394 aa  310  2e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  43.98 
 
 
404 aa  305  7e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  42.75 
 
 
402 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  42.64 
 
 
394 aa  305  9.000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  42.78 
 
 
417 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  44.23 
 
 
404 aa  299  5e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  41.52 
 
 
395 aa  299  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  42.36 
 
 
402 aa  298  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  44.04 
 
 
407 aa  298  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  41.21 
 
 
404 aa  297  3e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  39.05 
 
 
404 aa  296  5e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  44.56 
 
 
391 aa  295  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  41.01 
 
 
396 aa  295  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  40.7 
 
 
404 aa  293  3e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  44.5 
 
 
404 aa  293  5e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  40.45 
 
 
404 aa  292  6e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  45.66 
 
 
401 aa  291  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  41.06 
 
 
394 aa  291  1e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  41.31 
 
 
394 aa  291  1e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  45.32 
 
 
402 aa  290  2e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  44.44 
 
 
404 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  44.33 
 
 
404 aa  290  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  44.44 
 
 
404 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  41.27 
 
 
396 aa  289  5.0000000000000004e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  45.06 
 
 
438 aa  289  6e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0294  phage integrase  43.65 
 
 
399 aa  289  8e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  44.09 
 
 
404 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  41.07 
 
 
409 aa  286  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  41.78 
 
 
396 aa  285  8e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0676  phage integrase family site specific recombinase  50.32 
 
 
303 aa  285  9e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.825642  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  38.78 
 
 
397 aa  285  9e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  39.54 
 
 
410 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  41.25 
 
 
412 aa  283  5.000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0757  integrase family protein  38.55 
 
 
419 aa  279  6e-74  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.731198  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  40.89 
 
 
402 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  40.46 
 
 
396 aa  277  3e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3163  integrase family protein  41.95 
 
 
429 aa  273  3e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0193699 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  38.21 
 
 
389 aa  273  4.0000000000000004e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  41.58 
 
 
389 aa  271  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3377  phage integrase family protein  43.71 
 
 
353 aa  272  1e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  40.38 
 
 
367 aa  269  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  41.12 
 
 
421 aa  269  5.9999999999999995e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  40.63 
 
 
419 aa  268  1e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  42.54 
 
 
402 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  40.49 
 
 
421 aa  268  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  40.24 
 
 
420 aa  267  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  37.5 
 
 
387 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.44 
 
 
422 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  40.89 
 
 
401 aa  266  5e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  36.99 
 
 
391 aa  265  1e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  40.29 
 
 
411 aa  264  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  40.73 
 
 
421 aa  263  3e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>